بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA ازMHC کلاس II گاو
نویسندگان
چکیده مقاله:
پروتئین BoLA-DQA، ناحیه‌ای با چندشکلی بسیار بالا در کلاس MHC-II است که نقش مهمی در پاسخ‌های ایمنی، حساسیت و مقاومت به بیماری‌ها، واکسیناسیون و فاکتورهای تولیدی ایفا می‌کند. در این مقاله جنبه‌های تغییرپذیری ساختاری و فیلوژنتیک لوکوسBoLA-DQA شناسایی شد. توالی پروتئینی آلل‌های BoLA-DQA از پایگاه داده‌ها استخراج گردید. پلات تغییرپذیری برای 60 آلل با استفاده از روش آنتروپی پلات شانون از روی همردیفی توالی با الگوریتم ClustalW2 ترسیم و نواحی بسیار متغیر (HVRs) بررسی شد. سپس با همولوژی مدلینگ تحت تدابیر ویژه ساختارسوم پروتئین به‌دست آمده، بهینه‌سازی انرژی و اعتبار سنجی مدل انجام شد. نهایتا فیلوژنی، گروه‌بندی آللی و تخمین واگرایی تکاملی با استفاده از روش حداکثر درست‌نمائی انجام گرفت.جهت جستجوی مکاشفه‌ای درخت اولیه، الگوریتم‌های Neighbor-Joining و BioNJ برای ماتریکس فاصله جفتی با مدل JTT به کار برده شد. هفت ناحیهHVR و تعدادی نواحی نیمه متغیر در آنالیز تغییرپذیری به دست آمد که متغیرترین، ناحیه آمینواسیدی 93-90 بود. این HVR ها در همه تحت ساختارها پس از همولوژی مدلینگ پروتئین BoLA-DQA (با اعتبار5/97) قابل مشاهده بود. همچنین در آنالیز فیلوژنی، آلل‌ها در پنج خوشه گروه‌بندی گردید. ارزیابی تکاملی درخت نشان داد که رده‌های آللی قدیمی‌تر2103* و 2602* و جدیدتر احتمالا آلل 1204*، 0302* و 2207* می‌باشند. دستاوردهای مطالعه حاضر می‌تواند امر طراحی واکسن علیه بیماری‌های عفونی را تسهیل و از طریق پیش بینی فاکتورهای تولید بالا در گاو باعث تسهیل انتخاب شود.
منابع مشابه
مقایسه کاربرد دو روش درمانی فانکشنال و کلاس II الاستیک Edgewise در بیماران کلاس II اسکلتال
Various comparative studies have been conducted to investigate the effect of functional and fixed appliances in treatment of class II skeletal disorders. The aim of this study was to compare Bionator and Edgewise appliances associated with class II elastics in the treatment of class II skeletal patients, without extraction. Lateral cephalograms of 30 patients (16 girls, 14 boys), 10-13 years ol...
متن کاملبررسی Cranio-Cervical Posture در بیماران کلاس II و کلاس III اسکلتال
Statement of Problem: Craniocervical Posture is a factor in the development and function of Craniofacial Structure. Previous studies of different samples have demonstrated associations between craniocervical posture and craniofacial morphology.Purpose: This study aimed lo examine whether any significant association is evident or not between craniocervical posture and the occurrence of Class il ...
متن کاملبررسی و مقایسه تمایل محوری مزیودیستال دندان‌های خلفی در کلاس II اسکلتودنتال با کلاس I
Background and Aims: The main purpose of orthodontic treatment is normal positioning of teeth in three dimensional plans, including the mesiodistal inclination. In this study, mesiodistal axial inclination of posterior teeth in skeletal class II was evaluated and compared with that of posterior teeth in skeletal class I. Materials and Methods: Seventy-eight panoramic radiographs for subjects be...
متن کاملبررسی تغییرات رشدی اسکلتال و دنتال در مال اکلوژن کلاس II در گروه سنی 7 تا 12 سال
سابقه و هدف: با توجه به فراوانی نسبی افراد دارای مال اکلوژن کلاس II در جامعه، این مطالعه با هدف بررسی تغییرات رشدی دنتال و اسکلتال درمان الکوژن کلاس II در گروه سنی 7 تا 12 سال انجام گرفت.مواد و روشها: در این مطالعه توصیفی که با طراحی Longitudinal انجام گرفت تعداد 8 مدرسه به طور تصادفی در شهر تهران انتخاب و پس از معاینه 1886 دانش آموز 7 تا 12 ساله، 73 نفر بر اساس معیارهای ورود به مطالعه انتخاب ش...
متن کاملبررسی cranio-cervical posture در بیماران کلاس ii و کلاس iii اسکلتال
بیان مسأله: موقعیت (posture) سر و ستون گردنی(craniocervical posture) به عنوان عاملی مؤثر در رشد و نمو و عملکرد ساختارهای دندانی صورتی مطرح شده است. توجه به ارتباط بین posture کرانیوسرویکال و انواع مال اکلوژن ها و فرم سر و صورت ( مورفولوژی کرانیوفاسیال) می تواند در تصمیم گیری بهتر جهت درمان مال اکلوژن های مختلف مفید باشد.
متن کاملEvolution of the ovine MHC DQA region.
Southern hybridisation was used to define an apparent gene duplication event at the ovine DQA2 locus. Approximately 500 sheep from five different breeds were genotyped at their DQA1 and DQA2 loci. A subset of these were selected for further characterisation. Southern hybridisation of TaqI digested DNA revealed no DQA1 region in some sheep. It was also noted in these DQA1 null animals the DQA2 s...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 30 شماره 3
صفحات 34- 42
تاریخ انتشار 2017-09-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023