شناسایی ژن های پاسخ به تنش سرما در بافت تخمدان بادام (prunus dulcis mill.) با استفاده از rna-seq

بادام (prunus dulcis mill.) به عنوان یکی از مهمترین گیاهان خشکباری به سرمای زمستان به منظور نمو جوانه های میوه نیاز دارد. در هر حال یخ زدگی در آخر زمستان و ابتدای بهار منجر به صدمه به بافت های زایشی در این گیاه و در نتیجه کاهش میزان تولید می شود. علی رغم اهمیت شناخت تغییرات و تنظیمات ترنسکریپتوم تحت شرایط تنش سرما، دانش کمی راجع به ترنسکریپتوم بادام در دست می باشد. در این مطالعه ما از روش rna-seq به منظور مطالعه بافت مادگی بادام تحت تنش یخ-زدگی استفاده نمودیم. نتایج توالی یابی rna منجر به شناسایی بیش از 13 میلیون خوانش در کتابخانه های کنترل و تنش سرما در بافت مادگی بادام گردید. در حدود 40000 کانتیگ به صورت de novo در هر یک از کتابخانه های کنترل و تنش سرما همگذاری و تفسیر شدند. الگوی بیان ژن در بافت مادگی تغییر بیان 5112 ژن تحت تنش یخ زدگی را نشان داد. بررسی آنتولوژی ژن نشان داد که ژن های تغییر بیان یافته تحت تنش سرما در فرآیندهای سلولی و متابولیکی مختلف همچون فرآیند متابولیک ابرمولکول ها، بیوسنتز ریز مولکول ها، انتقال پیام و متابولیک کربوهیدرات ها درگیر هستند. الگوی بیان برخی از ژن های درگیر در فرآیندهای مذکور در بین ژنوتیپ های حساس و متحمل به سرمای بادام مورد مقایسه قرار گرفت، و نقش احتمالی برخی از این ژن ها در پاسخ و تحمل به یخ زدگی همچون pdpgk، pdprodh، pdtps و pddhfr–ts را نشان داد.