بـررسی رابطه فـیلوژنتـیکی بین گونه هــای وحشی بــادام ایران بــا استفاده از تـوالـی هــای its1-5.8s rdna-its2 و توالی های trnl کلروپلاستی

پایان نامه
چکیده

رابطه فیلوژنی بین 12 گونه وحشی prunus ، یک رقم زراعی بادام و یک رقم هلو، با استفاده از توالی های ناحیه its1-5.8s rdna-its2 ژن ریبوزومی و ناحیه trnl dna کلروپلاستی مورد ارزیابی قرار گرفت. توالی های نوکلئوتیدی حاصل از این بررسی در بانک ژن ncbi به کمک nucleotide blast مورد شناسایی قرار گرفتند. داده ها توسط برنامه clustal x هم ردیف شدند. میزان تناسب هم ردیفی ها با آنالیز فیلوژنیک به کمک روش آنالیز نقشه یابی حداکثر درست نمایی (lma) و با به کارگیری نرم افزار tree-puzzle-5.2براساس آنالیز چهار بخشی انجام گرفت. روش های حداکثر شباهت و نزدیکترین همسایگی به منظور آنالیز ماتریس داده های حاصل، توسط نرم افزار paup*4.0 beta استفاده گردیدند. علاوه بر این، برای بالا بردن دقت یکبار دیگر نیز داده ها با استفاده از نرم افزار mega مورد بررسی قرار گرفتند. فواصل ژنتیکی برای هرجفت از گونه ها مشخص شد و میانگین فاصله ژنتیکی در بین گونه ها تنها کمترین فاصله ژنتیکی را در داخل جنس نشان می دهد.

منابع مشابه

شناسایی 30 جدایه قارچ Metarhizium با استفاده از توالی ITS1-5/8S-ITS2

Metarhizium spp قارچبیمارگریاستکهدرکنترلزیستیطیف وسیعیازآفتهانقشداردوبرپایهویژگیهایتبارشناختی وملکولیشناساییمیگردد. توالیهایITS و5/ S8 ریبوزومی، برایشناساییگونههاوسویههای 30 جدایهیجمعآوریشده ازخاکهای شاهرودوشمالایرانبههمراه 10 توالیازگونه هایشناختهشدهبرایرسمدرختتبارشناختیمتارایزیومبه کاربردهشدند. صفاتنرخرشد،زهرآگینیوتعدادکنیدیهای تولیدیجدایههارویمحیطکشتPDA حاویقارچکشهای انتخابیاندازهگیریشدند. س...

متن کامل

Study on Phylogenetic Relationship among some of Iranian Wild Almond Species using Sequences of ITS1-5.8S rDNA-ITS2 Region and Chloroplastic trnL

Phylogenetic relations among 12 wild species of almonds, one cultivated almond and one species of peach were investigated by using of ITS1-5.8S rDNA-ITS2 sequences and trnL region of chloroplast DNA. To do this, maximum-parsimony and neighbor joining analysis adopted. Results of ITS data showed that studied species of Prunus only divided in two groups but incapable to separate different section...

متن کامل

Molecular Identification and Differentiation of Fasciola Isolates Using PCR- RFLP Method Based on Internal Transcribed Spacer (ITS1, 5.8S rDNA, ITS2)

BACKGROUND In this study, we used both ITS1 and ITS2 for molecular identification of Fasciola species. METHODS The region between 18S and 28S of ribosomal DNA was used in PCR-RFLP method for molecular identification of Fasciola species. Ninety trematodes of Fasciola were collected during abattoir inspection from livers of naturally infected sheep and cattle from Khorasan, East Azerbaijan, and...

متن کامل

Evolution of rDNA ITS1 and ITS2 sequences and RNA secondary structures within members of the fungal genera Grosmannia and Leptographium.

The two internal transcribed spacers (ITS) of the nuclear ribosomal (r) DNA tandem repeat were examined in ophiostomatoid fungi belonging to the genera Grosmannia and Leptographium and closely-related taxa. Although the DNA sequence of the ITS region evolves rapidly, core features of the RNA secondary structure of the ITS1 and ITS2 segments are conserved. The results demonstrate that structural...

متن کامل

Intraspecific Variation in Commiphora wightii Populations Based on Internal Transcribed Spacer (ITS1-5.8S-ITS2) Sequences of rDNA

Commiphora wightii is an endangered, endemic species found in the Thar Desert of Rajasthan, India and adjoining areas of Pakistan. The populations of this plant are rapidly dwindling due to overexploitation for their medicinally important resin. Analysis of nucleotide sequences of the internal transcribed spacer of rDNAs revealed low genetic diversity ( = 0.03905; w = 0.05418) and high popula...

متن کامل

Preliminary Identification and Typing of Pathogenic and Toxigenic Fusarium Species Using Restriction Digestion of ITS1-5.8S rDNA-ITS2 Region

BACKGROUND Fusarium species are capable of causing a wide range of crop plants infections as well as uncommon human infections. Many species of the genus produce mycotoxins, which are responsible for acute or chronic diseases in animals and humans. Identification of Fusaria to the species level is necessary for biological, epidemiological, pathological, and toxicological purposes. In this study...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه پیام نور - دانشگاه پیام نور استان تهران - دانشکده کشاورزی

کلمات کلیدی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023