بررسی پایداری صورت بندی های دسته ای از پپتیدهای نانوحلقه با اندازه های مختلف با روش تفکیک انرژی (پیوند هیدروژنی- اثر فوق مزدوج شدن و همبستگی الکترونی) و مطالعه یونش آن ها جهت مطالعه ساختار الکترونی

پایان نامه
چکیده

پپتید¬های حلقوی یک دسته رایج از ترکیبات¬اند که مشخصات ساختاری و بیولوژیکی ویژه دارند. این ترکیبات عملکرد¬های متفاوتی در اندام¬های زنده دارند. اغلب این ترکیبات از نظر بیولوژیکی فعال هستند. پپتید¬های حلقوی، با توجه به پیکربندی¬های منحصربه فرد خود به طور گسترده به عنوان مولکول¬های مدل برای پپتید¬های بزرگ تر در شیمی، بیوشیمی و شیمی دارویی استفاده می-شوند. ساختار این مولکول¬ها نشان دهنده عملکردشان است اما بسیاری از خواص ذاتی این مولکول های حیاتی توسط محیط اطرافشان پوشیده می¬شود، با این وجود ساختار و خواص مولکول¬های زیستی در فاز گازی به ما درک خواص ذاتی آن ها در صورت عدم وجود آشفتگی ناشی از تعاملات خود با محیطشان را می¬دهد. اطلاعات به دست آمده از فاز گازی می¬تواند بسیاری از پدیده های بیولوژیکی را با دنبال کردن خواص اساسی ترکیبات مولکولی پیش بینی کند. یکی از مهم ترین خواص فیزیکوشیمیایی مولکول¬های زیستی پتانسیل یونش آن هاست در میان روش های مختلف طیف سنجی فوتوالکترون یک روش قدرتمند برای تعیین انرژی یونش اتم ها و مولکول¬ها می باشد. در این کار روش برهم کنش پیکربندی- خوشه های سازگار شده برای بررسی ساختار الکترونی تعدادی از نانوحلقه¬های مهم زیستی شامل مجموعه ای از پپتیدهای حلقوی حاوی اسید آمینه گلایسین از 2تا ده واحد مونومری و 15 واحد مونومری در فاز گازی به کار برده شدند. همچنین روش اوربیتال¬های پیوندی طبیعی برای تجزیه و تحلیل نوارهای یونش در طیف فوتوالکترون هر مولکول استفاده شد. سپس با رسم نمودار تغییرات انرژی یونش بر حسب اندازه حلقه برای صورت¬¬بندی¬های مسطح و پایدار مشاهده شد که کمترین انرژی یونش مربوط به صورت¬¬بندی¬های پنج¬تایی و شش¬تایی است. پس از آن به بررسی پایداری صورت¬¬بندی¬های این ترکیبات براساس روش تفکیک انرژی (پیوند هیدروژنی- اثر فوق مزدوج شدن و همبستگی الکترونی) پرداخته شد. تجزیه و تحلیل پایداری نسبی صورت¬بندی¬ها نشان داد که پیوند هیدروژنی هیچ تأثیری بر پایداری این ترکیبات ندارد. بیش ترین اثر فوق مزدوج شدگی نیز در پپتید حلقوی دوتایی مشاهده شد در صورتی که مقدار این اثر برای پپتیدهای حلقوی سه¬تایی و چهارتایی نیز نزدیک به پپتید حلقوی دوتایی بود. در بخش نهایی این پایان¬نامه تغییرات انرژی پپتیدهای حلقوی مسطح و پایدار بر اساس متوسط انرژی هر واحد پپتیدی رسم و بررسی شد. برای مثال نمودار تغییرات متوسط انرژی هر واحد پپتیدی بر حسب اندازه حلقه برمبنای روش هارتری فاک نشان داد که پپتید حلقوی دوتایی کمترین میزان متوسط انرژی هر واحد پپتیدی را در میان پپتیدهای حلقوی مسطح و پایدار داراست.

منابع مشابه

بررسی ساختار و پایداری کمپلکس‌های کتکول با یون های نیترات و هیدروژن سولفات با مطالعه نظری پیوند هیدروژنی

در این پژوهش، مکانیسم تشکیل کمپلکس کتکول با یون های نیترات و هیدروژن سولفات با مطالعه <span style="font-size: 12.0pt; line-height: 90%; font-family: Zar; mso-ascii-font-family: 'Times New Roman Italic'; mso-hansi-f...

متن کامل

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

پیشگویی پیوند در شبکه های اجتماعی با استفاده از ترکیب دسته بندی کننده ها

Abstract Link prediction in social networks is one of the most important activities in analysis of such networks. The importance of link prediction in social networks is due to its dynamic nature. While members and their relationships (links) in such networks are continuously increasing, links may be missed due to various reasons. By predicting such links, the possibility of extension, compl...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده شیمی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023