اثر کشسانی dna بر توالی آن در دو بعد
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده فیزیک
- نویسنده فرزانه شمدانی
- استاد راهنما فرشید محمدرفیعی بهاره شکیبا
- سال انتشار 1392
چکیده
مطالعه ً مولکول dna به عنوان حامل اطلاعات زیستی موجود زنده, همواره مورد توجه بوده است. این مولکول از زیر واحدهایی به نام نوکلئوتید ساخته می شود. وجود چهار نوع باز نیتروژنی در ساختار نوکلئوتیدی, اطلاعات وراثتی سلول را به وجود می آورد. برای بررسی خاصیت های مکانیکی dna مدل های مختلفی پیشنهاد شده است. یکی از آنها, مدل زنجیره ی کرم مانند wlc است که اولین بار برای توصیف مولکول های پلیمری نیمه انعطاف پذیر پیشنهاد شده است. نتایج آزمایشگاهی نشان می دهد که این مدل به خوبی می تواند رفتار dna های بلند در حد چند برابر طول ایستایی آن را توصیف کند. در سال ????, ویگینز و همکارانش با نشاندن یک رشته ی بلند dna بر روی سطح میکا, تابع توزیع خمش dna را برای فاصله های کوتاه, ? تا ?? نانومتر, اندازه گیری کردند. نتایج این آزمایش نشان می دهد که dna مقید بر روی صفحه ی میکا, بسیار نرمتر از پیش گویی های مدلwlc رفتار می کند. در این پایان نامه با توجه به ساختار ریز مولکول dna و در نظر گرفتن اثر توالی, پارامترهای گزارش شده در آزمایش ویگینز را مطالعه می کنیم. به عبارتی می خواهیم بدانیم اگر در مدل wlc اثر توالی وارد شود تا چه اندازه می تواند نتایج تجربی را توضیح دهد. با استفاده از شبیه سازی مونت کارلو توالی های مصنوعی متفاوت تولید می کنیم. dnaای با دو نوع سختی خمشی با تکه های نرم و سخت به طول l ? می سازیم. تکه های نرم و سخت را به صورت یک در میان کنار هم می چینیم. برای آزمایش های مختلف طول تکه ها را تغییر می دهیم. برای بررسی اثر توالی بر روی طول ایستایی dna مقید در صفحه از دو روش فاصله ی دو انتها و همبستگی زاویه ای استفاده می کنیم. نتایج به دست آمده نشان می دهد که توالی dna بر روی طول ایستایی تا?ثیر چندانی ندارد. در ادامه اثر توالی و اثر طول ایستایی را بر روی تابع توزیع خمش در فاصله ی مشخص l بررسی می کنیم. بنابر نتایج شبیه سازی, اثر توالی بر روی این تابع زمانی مهم می شود که l ? بزرگتر از طول l باشد. همچنین مشاهده می کنیم که طول ایستایی نیز بر روی تابع توزیع خمش مو?ثر است. برای مقایسه ی نتایج شبیه سازی و نتایج تجربی, توالی dna مربوط به آزمایش ویگینز و همکاران را می سازیم. نتایج شبیه سازی نشان می دهد مدل زنجیره ی کرم مانند وابسته به توالی sdwlc , می تواند تا حد خوبی نتایج تجربی را در اندازه گیری تابع توزیع خمش و تابع توزیع فاصله ی دو انتها توجیه کند.
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر توالی در کشسانی و حلقه زنی dnaهای کوتاه
اهمیت dna در علوم زیستی و نقش آن به عنوان مولکول حاوی رمز ژنتیک در موجودات زنده، سبب گردیده تا همواره مورد توجه دانشمندان قرار بگیرد. dna مولکول دو رشته ای مارپیچ، متشکل از توالی نوکلئوتیدها است. هر نوکلئوتید حاوی یک گروه باز نیتروژنی است که اطلاعات وراثتی سلول در دل نحوه ی چیدمان این جفت بازها نهفته است. ترکیب قند و گروه های فسفات اسکلت این مولکول را می سازند که ساختار جالب آن، باعث ا...
افزایش شکستگی DNA اسپرم انسان بعد از دو ساعت انکوباسیون
هدف: در این مطالعه میزان شکستگی DNA اسپرم انسانی بعد از آماده سازی بهروش Direct swim-up در زمانهای مختلف انکوباسیون بهوسیله تکنیک TUNEL مورد ارزیابی قرار گرفت تا بهترین زمان برای انکوباسیون اسپرمهای نرمال شسته شده برای استفاده در تکنیکهای کمک باروری (ART) بهدست آید. مواد و روشها: در این مطالعه آینده نگر، 21 نمونهی اسپرم نرمال مورد مطالعه قرار گرفت. از لام Makler chamber برای مطالعه تعد...
متن کاملمروری بر نسل دوم و سوم فناوری تعیین توالی DNA
تعیین توالی DNA از مهمترین دستاوردهای بشر محسوب میشود. امروزه روشهای متفاوتی جهت تعیین توالی نوکلئوتیدها به کار میرود. آشنایی با این دانش از ارکان اجتنابناپذیر پژوهشهای مرتبط با علم زیستشناسی است. تعیین توالی نوکلئوتیدها در گرایشهای پژوهشی و کاربردی گسترده مانند تشخیص بیماری، زیستفناوری، زیستشناسی جنایی و زیستشناسی سیستماتیک استفاده میشود که بهطور چشمگیری پژوهش و کشفیات در این زمین...
متن کاملکاربرد نانوسنسورهای گرافنی در توالی سنجی dna
تلاش برای کشف مشخصه های گوناگون سیستم های زیستی مهم ترین محرک توسعۀ تحقیقات در زمینۀ علوم پزشکی و زیست مولکولی به حساب می آید. آنالیز سریع، حساس، دقیق و مقرون به صرفۀ مولکول های زیستی اهمیت ویژه ای در تشخیص و درمان های بالینی دارند. پیشرفت های اخیر در تکنولوژی توالی سنجی dna سبب تحول گسترده ای در علوم و تحقیقات زیستی- پزشکی شده است. با پیدایش و توسعۀ نانو مواد، استفاده از این ساختارها در آشکارس...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان - دانشکده فیزیک
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023