ارزیابی عملکرد روش های ‎‎dali ‎,‎blast ‎,‎ ‎h-tuple و ‎ ‎‎smith-waterman‎‎‎ ‎در مقایسه توالی‎ های زیستی با استفاده از ‎منحنی ‎$roc$‎

پایان نامه
چکیده

مقایسه‎‎ توالی های پروتئین ابزار مهمی است که می تواند باعث تشخیص عملکرد توالی ها و در نهایت منجر به طبقه بندی آنها گردد. این مقایسه ها می توانند از طریق ساختار و یا از طریق توالی پروتئین ها انجام پذیرند.‎‎ هم ترازی ساختاری‏، ابزار با ارزشی برای مقایسه پروتئین هایی با عملکرد مشابه است که از لحاظ توالی شباهت کمتری دارند و عملکرد آنها به آسانی به وسیله تکنیک های استاندارد هم تراز‎‎ی توالی کشف نمی شو‎‎د.‎‎ ‎‎روش ‎dali‎‎‎ یا هم‎ ترازی ماتریس های فاصله‏، روشی برای مقایسه ساختاری پروتئین و جستجوی پایگاه داده می باشد.‎‎‎‎‎‎ مقایسه توالی های زیستی و پیدا کردن میزان شباهت بین آنها‏، یکی از موضوعات مهم در علم بیوانفورماتیک است. سه روش زیر ساختارهای اولیه توالی ها را مقایسه و میزان شباهت آنها را بیان می کنند. روش ‎h-tuple‎، روش ابتکاری است که میزان شباهت دو توالی زیستی را تقریب می‎ زند.‎‎‎‎‎ الگوریتم ‎smith-waterman‎ ‎ شباهت بین دو توالی را یافته و امتیاز بهینه دقیق را محاسبه می کند.‎‎ blast ‎ نرم افزاری است که بر اساس یک الگوریتم ابتکاری و برنامه ریزی پویا، توالی های زیستی را مقایسه و تقریبی از میزان شباهت را مشخص می کند. ‎ ‎‎‎‎‎در نهایت‏، نمودار مشخصه عملکرد سیستم ‎roc)‎) با توجه به عملکرد درست و اشتباه روش های مقایسه، عملکرد آنها را بررسی می کند. ‎ در این پایان نامه روش های فوق را بر روی تعدادی توالی اجرا کرده و عملکرد آنها را با استفاده از ‎roc‎ مقایسه می کنیم. نتایج نشان می دهند که برای توالی های کوتاه الگوریتم ‎‎smith-‎waterman‎‎ و برای توالی های بلند روش ‎‎‎‎dali‎‎ کاراتر است. ‎ ‎

منابع مشابه

ارزیابی عملکرد روش های blast و h-tuple در مقایسه توالی های زیستی با استفاده از منحنی roc.

‎نمودار ‎‎مشخصه عملکرد سیستم roc)‎) با‎ ‎توجه‎ به عملکرد درست و اشتباه سیستم ‏(روش یا دسته بندی کننده)، کارایی ‎‎آن را ‎‎‎‎‎‎‎ نشان می ‎‎دهد. عملکرد درست و اشتباه سیستم‏‎‏، با توجه به وضعیت مشاهدات در واقعیت و پیش بینی که سیستم برای مشاهدات انجام می دهد بدست می آید. پس با توجه به وضعیت مشاهدات در واقعیت و وضعیتی که دسته بندی کننده پیش بینی می کند یک جدول 2×2 می سازیم. از این جدول دو نسبت مثبت د...

ارزیابی تصحیح اثر لبه در عملکرد روش های blast و h-tuple با استفاده از منحنی roc

هم ترازی بهینه یک ابزار ضروری جهت شناسایی عملکرد یک توالی زیستی برای زیست شناسان است. از جمله ابزار هایی که این هم ترازی بهینه و معنی داری آماری آن را محاسبه می کنند می توان به روش های ‎‎‎‎blast‎‎ و ‎‎‎‎ h-‎tuple‎‎اشاره کرد. تصحیح اثر لبه‏، روشی در بهبود معنی داری آماری هم ترازی بهینه می باشد. تصحیح اثر لبه در روش ‎‎‎‎blast‎‎ بررسی شده است. ما در این پایان نامه‏، تصحیح اثر لبه و تاثیر آن بر روش...

GPU Accelerated Smith-Waterman

We present a novel hardware implementation of the double affine Smith-Waterman (DASW) algorithm, which uses dynamic programming to compare and align genomic sequences such as DNA and proteins. We implement DASW on a commodity graphics card, taking advantage of the general purpose programmability of the graphics processing unit to leverage its cheap parallel processing power. The results demonst...

متن کامل

Optimizing Smith-Waterman Alignments

Mutual correlation between segments of DNA or protein sequences can be detected by Smith-Waterman local alignments. We present a statistical analysis of alignment of such sequences, based on a recent scaling theory. A new fidelity measure is introduced and shown to capture the significance of the local alignment, i.e., the extent to which the correlated subsequences are correctly identified. It...

متن کامل

A Smith-Waterman Systolic Cell

With an aim to understand the information encoded by DNA sequences, databases containing large amount of DNA sequence information are frequently compared and searched for matching or near-matching patterns. This kind of similarity calculation is known as sequence alignment. To date, the most popular algorithms for this operation are heuristic approaches such as BLAST and FASTA which give high s...

متن کامل

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه مازندران - دانشکده ریاضی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023