جداسازی و شناسایی باکتری های اسید لاکتیک "ترخینه " با روش های مبتنی بر کشت و مولکولی و افتراق آنها با کمک تکنیک rep-pcr

ترخینه به عنوان غذایی تخمیری بر پایه ی محصولات غله ای-لبنی است، که در بعضی از کشور های دنیا از جمله ایران، ترکیه، مصر، عراق، یونان، مجارستان و فنلاند با نام های متفاوت نظیر ترهانا، کیشک، کوشوک، تلخونا و ... مصرف می گردد. ترخینه دارای ارزش تغذیه ای بالایی است و می توان از آن به عنوان منبع خوبی از پروتئین، ویتامین ها و مواد معدنی، اسیدهای چرب و اسید های آمینه آزاد استفاده کرد. مطابق تعریفی که فدراسیون بین المللی محصولات لبنی (idf) و سازمان جهانی استاندارد (iso) در سال 2008 ارائه نموده است، باکتری های اسید لاکتیک، باکتری هایی گرم مثبت، بدون حرکت، فاقد اسپور و کاتالاز منفی هستند، که قادر به ذوب ژلاتین و تولید اندول نمی باشند. در ارتباط با باکتری های اسید لاکتیک، تخمیر مهمترین روش متابولیسم آن ها است و به شدت ساکارولیتیک هستند، محصول نهایی عمده ی حاصل از مصرف کربوهیدرات، اسید لاکتیک می باشد. با توجه به اینکه کاربرد روش های فنوتیپی در شناسایی باکتری ها بسیار وقت گیر و طولانی است و نتایج حاصل عموما از دقت بالایی برخوردار نمی باشد و نمی تواند به طور کامل و دقیق باکتری ها را در سطح گونه تفکیک نماید، لذا بهتر است از تکنیک های مولکولی استفاده شود. نتایج حاصل از pcr و تعیین توالی نوکلئوتید های ژن 16s rrna، 23s rrna و یا فضای بین این دو بسیار دقیق، مطمئن و قابل اعتماد است. هدف از انجام این پژوهش بررسی ترخینه ی سنتی غرب ایران از نظر فلور باکتری های اسید لاکتیک و سپس بررسی تنوع درون گونه ای سویه های موجود می باشد، در نهایت ایزوله های شناسایی شده در قالب یک بانک بومی میکروبی برای تحقیقات آینده نگهداری خواهند شد. در نمونه برداری، 9 نمونه ترخینه از نقاط مختلف استان کرمانشاه تهیه شد و بعد از رقیق سازی و کشت، به منظور اطمینان از خالص سازی، هر ایزوله 3 بار کشت خطی داده شد. در ادامه رنگ آمیزی گرم و تست کاتالاز انجام پذیرفت و ایزوله هایی که گرم مثبت و کاتالاز منفی بودند، انتخاب شدند. خصوصیات مورفولوژیکی ایزوله ها زیر میکروسکوپ بررسی گردید وکوکسی بودن یا باسیل بودن آن ها تایید گردید و به دنبال آن آزمایش بیوشیمیایی و آزمایش تخمیر قند صورت پذیرفت. بر مبنای تست های بیوشیمیایی و تخمیر قند 75 ایزوله به 10 گروه تقسیم بندی شدند. از هر گروه چند ایزوله انتخاب و ژن ناحیه 16srrna آن ها به کمک پرایمر های عمومی با تکنیک pcr تکثیر داده شد. تنوع باکتری های اسید لاکتیک ترخینه به این صورت بود: لاکتوباسیلوس پلانتاروم (%33/25)، لاکتوباسیلوس فرمنتوم (%66/22)، لاکتوباسیلوس پنتوسوس (%12)، لاکتوباسیلوس برویس (%66/10)، لاکتوباسیلوس دیولیوورانس (%33/1)، انتروکوکوس فاسیوم (%33/9)، انتروکوکوس فکالیس (%33/9)، لویکونوستوک سیتریوم (%33/5)، پدیوکوکوس اسیدی لاکتیسی (%66/2)، پدیوکوکوس پنتوزاسئوس (%33/1). جهت تعیین تنوع درون گونه ای سویه های متعلق به لاکتوباسیلوس پلانتاروم و لاکتوباسیلوس برویس از تکنیک rep-pcr استفاده شد، که نشان دهنده ی تنوع بالای درون-گونه ای این دو گونه داشت.