مطالعه بیوانفورماتیکی ویژگی های ایمونوژنیک پروتئین های با بیان متأثر از آهن در باکتری acinetobacter baumannii

baumannii acinetobacter یک پاتوژن بیمارستانی با قدرت بیماری زایی در حال رشد است. این باکتری عفونت-های مقاوم به چندین آنتی بیوتیک ایجاد می کند و به درمان های دارویی و مواد ضد میکروبی به شدت مقاوم است. به همین علت نیاز روز افزونی به توسعه روش های جدید درمان بر علیه این پاتوژن نیاز است. سیستم های اکتساب آهن فاکتور های مهم ویرولانس این باکتری پاتوژن هستند. آنتی بادی بر علیه پروتئین های غشایی تحت تنظیم آهن (iromps) فعالیت باکتری سیدالی و اوپسونیزاسیون در شرایط in vitro از خود بروز داده اند. راه های جدید کشف واکسن از جمله واکسینولوژی معکوس امید بخش واکسن های جدیدی برای بیماری های مختلف هستند. در دسترس قرار گرفتن ژنوم این باکتری و ابزارهای بیو انفورماتیکی ایجاد یک رویکرد in silico برای شناسایی آنتی ژن های به صورت بالقوه ایمونوژن کرده است. این رویکرد ها اجازه انتخاب آنتی ژن های سیستماتیک را می دهد و پایه مطالعات آزمایشگاهی را فراهم می آورد و باعث کاهش بار کلونینگ و ارزیابی های بعد از آن می شود. اطلاعات به دست آمده از مطالعات پروتئومیکسی می توانند در طراحی واکسن ارزشمند باشند. بررسی مقایسه ای محتوای لیز سلولی و قطعات غشای خارجی سلول های اسینتوباکتر بومانی کشت یافته در شرایط فقر و غنای آهن منجر به کشف پروتئین هایی شد که بصورت مجزا تولید می شوند. هدف این مطالعه بررسی ایمنی زایی پروتئین های با بیان تحت تنظیم آهن جهت پیدا کردن یک ایمونوژن مناسب در اسینتوباکتر بومانی است که می تواند به عنوان یک کاندید واکسن مورد استفاده قرار بگیرد. در بین پروتئین های غشایی تحت تنظیم آهن ما یک غربال گری اولیه بر اساس میزان آب دوستی، انعطاف پذیری و پیچ های بتا، آنتی ژنیسیته کل و میزان محلول بودن پروتئین ها موجود در پروتئین ها انجام دادیم. یک فاکتور مهم تآثیر گذار در ایمنی زایی پروتئین-ها حضور اپیتوپ های سلول های b و t است. ما از مفهوم تراکم اپیتوپی برای انتخاب بهترین ایمونوژن استفاده کردیم. ساختار سه بعدی پروتئین های باقی مانده مدل سازی شد. اپیتوپ های خطی و فضایی سلول های b و اپیتوپ های سلول t متصل شونده به mhc-ii پیش بینی شد و پروتئین ها بر اساس محتوای اپیتوپی مورد مقایسه ایمنی زایی قرار گرفتند. با توجه به معیارهای ذکر شده ما آنتی ژنیسیته و ایمنی زایی کلی سلول ها را مقایسه کردیم و پروتئین caro را به عنوان یک ایمونوژن مناسب در a.baumannii معرفی می کنیم.