شناسایی، توالی یابی و طراحی آغازگرهای ریزماهواره ای انار

انار یکی از مهمترین میوه های مناطق نیمه گرمسیری است و ایران علاوه بر مرکز پیدایش و رویشگاه طبیعی انار، به عنوان مرکز تنوع آن نیز شناخته شده است. با توجه به اهمیت اقتصادی انار و شناخته شدن ایران به عنوان یکی از بزرگترین تولیدکنندگان این محصول توجه به تحقیقات بیشتر برای شناخت انارهای بومی و دسته بندی آنها ضروری به نظر می رسد. به دلیل کارآمد بودن نشانگرهای ریزماهواره ای در میان نشانگرهای ژنتیکی برای تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت های گیاهی، ریزماهواره ها برای گروه بندی ژنوتیپ های انار مناسب تشخیص داده شدند. به منظور طراحی آغازگرهای ریزماهواره ای در انار، از روش غنی سازی با استفاده از ذرات مغناطیسی بهینه شده توسط هامیلتون و همکاران (1999) استفاده شد. با استفاده از این روش دو کتابخانه غنی شده برای تکرارهای ریزماهواره ای 15(ag) و10(atg) در انار تهیه گردید. از تکنیک colony pcr به منظور انتخاب همسانه های مناسب جهت توالی یابی استفاده شد. از میان 43 همسانه که به خوبی توالی یابی شده بودند 32 همسانه دارای توالی های ریزماهواره ای (4/74%) شناسایی شدند که 25 جفت آغازگر ریزماهواره ای از آنها طراحی گردید (1/78%). کارایی جفت آغازگرهای طراحی شده در 20 ژنوتیپ انار ایران شامل 11 ژنوتیپ اهلی (4 ژنوتیپ صادراتی)، هفت ژنوتیپ وحشی و دو ژنوتیپ زینتی مورد بررسی قرار گرفت. تمام جفت آغازگرها، مکان های ریزماهواره ای را در ژنوتیپ های مورد نظر تکثیر کردند. از میان جفت آغازگرهای طراحی شده، 12جفت آغازگر تک شکل بوده و 11 جفت آغازگر در بین ژنوتیپ ها چند شکلی نشان دادند، دو جفت آغازگر دو مکان ژنی را تکثیر کردند در نهایت 11 جفت آغازگر چندشکل 13 مکان ژنی چندشکل را در ژنوتیپ های انار موردنظر تکثیر کردند.. همچنین دو جفت آغازگر نیز علی رغم تکثیر در تمامی نمونه ها باند اضافی زیادی ایجاد کردند به طوری که تشخیص باندهای اصلی مشکل بود و لذا از ادامه آزمایشات حذف شدند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزارهای power marker ver3.25 و mega3 انجام شد و درخت فیلوژنی مورد توافق رسم گردید. با توجه به نتایج بدست آمده از این تجزیه و تحلیل ها، میانگین تعداد آلل های جفت آغازگرهای چندشکل در این مطالعه 38/3 و میانگین pic بدست آمده 433/0 بود. پنج ژنوتیپ مورد بررسی در این دندروگرام هر یک بطور جداگانه در یک گروه قرار گرفتند و 15 ژنوتیپ دیگر نیز در سه گروه مختلف دسته بندی شدند. در گروه بندی بدست آمده، ژنوتیپ های انار با توجه به موقعیت جغرافیایی شان در کنار هم قرار گرفتند. همچنین ژنوتیپ های اهلی و وحشی از یکدیگر جدا شده و در گروه های مجزایی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که روش غنی سازی با استفاده از ذرات مغناطیسی در طراحی آغازگرهای ریزماهواره ای در انار بهتر از سایر روش های بکار برده شده قبلی بوده و به عنوان روشی مفید توصیه می گردد.