مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی shp-2 و بررسی اثرجهش y62d بر ساختار آنزیم
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم
- نویسنده سمیرا صدرپور
- استاد راهنما نوید مقرب ایرج سعادت مصطفی سعادت
- سال انتشار 1391
چکیده
پروتئینتیروزین فسفاتاز shp-2 انسانی توسط ژن ptpn11 کد میشود و نقش مهمی در مسیرهای مختلف پیامرسانی در سلولهای انسانی ایفا مینماید. وقوع برخی از جهش‌های فعالکننده در این ژن در سلولهای زایشی، سبب بروز اختلال در رشد و نمو و ایجاد برخی ناهنجاریهای ژنتیکی، از جمله سندرم نونان میگردد که در بیماران مبتلا به این سندرم ریسک ابتلا به لوکمیا افزایش مییابد. shp-2 از یک دومین کاتالیتیکی (ptp) و دو دومین تنظیمی (n-sh2 و c-sh2) تشکیل شده است. در این پژوهش برای بررسی تغییرات ساختاری ناشی از جهش فعالکنندهی تیروزین 62 به آسپارتیکاسید (y62d)، ساختارهای آنزیم shp-2 طبیعی و جهشیافتهی y62d ، با استفاده از ساختار کریستالوگرافی ثبت شده در بانک دادهی پروتئین (کدبانک 2shp)، مدلسازی و در بازهی زمانی 60 نانوثانیه، شبیهسازی دینامیک مولکولی گردید. نتایج مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی نشان داد که در این جهش، تغییرات ساختاری قابل ملاحظه ای در دو دومین ptp و n-sh2 روی میدهد. درنواحی برهمکنش بین دو دومین، فاصله بین جایگاه کاتالیتیک در دومین ptp و لوپ بلوکه کننده در دومین n-sh2 در پروتئین جهشیافته افزایش یافته است؛ ازاینرو انتظار میرود در مدل جهشیافته دسترسی به جایگاه کاتالیتیکی آنزیم برای سوبسترا و نیز پیشرفت پروتئین به سمت فعالشدن تسهیل گردد. همچنین در ساختار طبیعی پروتئین، آسپارتیکاسید 61 با سیستئین 459، که در جایگاه فعال آنزیم واقع شده است، پیوند هیدروژنی میدهد و مانع فعالیت کاتالیتیکی سیستئین 459 میگردد. نتایج مطالعهی ما نشان داد بین باقیماندههای اسیدآمینهای آسپارتیکاسید 61 و آرژنین 465 در شکل جهشیافته پلنمکی تشکیل شده است. به علت درگیر شدن آسپارتیکاسید 61 درایجاد پلنمکی، انتظار میرود برهمکنش آن با سیستئین 459 کاهش یابد. همچنین پس از جهش، دو لوپ lf و fh در دومین ptp از یکدیگر فاصله میگیرند. این تغییر میتواند تبدیل فرم غیرفعال به فعال پروتئین را آسانتر نماید. نتایج مطالعهی حاضر نشان میدهد علاوه بر تغییرات ساختاری ایجاد شده در جایگاه فعال آنزیم، بر اثر این جهش، فاصلهی بین دو لوپ ef و bg واقع در دومین n-sh2 در مدل جهشیافته کاهش یافتهاست. این تغییر ممکن است ورود لیگاند به این ناحیه دشوارتر کند. درکل، با توجه به تغییرات ساختاری ایجاد شده بر اثر جهش در دومین ptp و درنواحی برهمکنش بین دو دومین انتظار میرود برهمکنش بین دو دومین ptp و n-sh2 کاهشیافته و شکلگیری فرم فعال پروتئین تسهیل گردد.
منابع مشابه
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی پروتئین shp-2 و بررسی اثر جهش y63c بر ساختار آن
پروتئین shp-2 یکی از تیروزینفسفاتازهای مهم در مسیرهای پیامرسانی سلولهای انسانی است. این پروتئین شامل یک دومین کاتالیتیک (ptp) و دو دومین تنظیمی c-sh2) و (n-sh2 است. وقوع برخی از جهش‌های تغییردهندهی معنا در ژن ptpn11 که کدکنندهی shp-2 است، این آنزیم را فعالتر کرده و منجر به بروز برخی ناهنجاریهای ژنتیکی، از جمله سندرم نونان میگردد. برای بررسی اثر جهش فعالکنندهی تیروزین 63 به سیستئین بر...
مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure
کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...
متن کاملمدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدیstk11/ lkb1 و بررسی اثر جهش d194a بر ساختار آنزیم
ژن lkb1 یکی از پروتئینهای خانواده سرین-ترئونین کیناز سلولی را رمز مینماید که قطبیت و تکثیر سلولهای اپیتلیال را متناسب با وضعیت انرژی سلول تنظیم میکنند. جهش‌های غیرفعال کننده در این ژن به سندروم peutz-jeghers منجر می شوند که در افراد مبتلا، استعداد ابتلا به انواع سرطانها افزایش مییابد. lkb1 با اتصال به یک سودوکیناز غیرفعال به نام strad و یک پروتئین آداپتور به نام mo25 فعال میشود. در این ...
مدلسازی و شبیهسازی دینامیک مولکولی ساختار سهبعدی cdk2 و بررسی اثر جهش e172a بر ساختار آنزیم
از ویژگیهای پروتئین کینازهای یوکاریوتیک، وجود دو ناحیه ساختاری با هم تکاملیافته قطعه فعالکننده و زیردمین ghi میباشد. قطعه فعالکننده بین و شامل دو موتیف حفاظتشده آسپارتات-فنیلآلانین-گلیسین (dfg) و آلانین-پرولین-گلوتامات (ape) میباشد و زیردمین ghi نیز از مارپیچهای g، h و i تشکیل شده است. این دو قطعه توسط پلنمکی حفاظتشدهایی که بین گلوتامیکاسید موتیف ape و آرژنینی که در زیردمین ghi ق...
بررسی تأثیر جهش‌های نقطه‌ای ژن آنزیم آسیل کوآ- دهیدروژناز زنجیر کوتاه (SCAD) بر ساختار آنزیم با مدلسازی
متن کامل
بررسی اشاعه ترک در نانوکریستال آهن- نیتروژن به روش شبیهسازی دینامیک مولکولی
در سالهای اخیر فوالدهای نیتروژن دار به دلیل داشتن خواص خوبی از استحکام و انعطاف پذیری مورد توجه محققان و متخصصان صنعتی قرار گرفته است. شناسایی خواص مکانیکی فوالدهای نیتروژن دار به منظور استفاده از این آلیاژها با قابلیت اطمینان باال در تجهیزات مختلف از اهمیت باالیی برخوردار است. در این میان توانایی مقاومت ماده در برابر اشاعه ترک، از پارامترهای مهم به شمار می رود. هدف از این پژوهش، شبیهسازی اشاعه...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شیراز - دانشکده علوم
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023