همسانه سازی بخشی از قطعه ی ژنومی پوتی ویروس ها و تعیین گونه و تنوع ژنتیکی آن ها

با توجه به اینکه سبزیجات ازجمله خانواده کدوئیان، سیب زمینی و غیره، از منابع مهم در تغذیه ی انسانها، به ویروس های مختلفی حساس هستند و هرساله زیان اقتصادی زیادی را به کشاورزان تحمیل می کنند، شناسایی ویروس های عامل این خسارات از اهمیت زیادی برخوردار است. پوتی ویروس به عنوان مهم-ترین جنس خانواده پوتی ویریده، مهم ترین جنس ویروسی است که موجب کاهش شدید در عملکرد کشت این محصولات میشود. بر اساس آخرین گزارش کمیته بین المللی آرایه بندی ویروس ها (ictv)، جنس پوتی ویروس شامل 146 گونه می باشد. هر ساله نیز گونه های جدیدی به این جنس اضافه می شوند. ژنوم اعضاء این جنس آران ای تک رشته ای با قطبیت مثبت با طولی حدود kb10 میباشد که تنها دارای یک orf بوده و به یک پلی پروتئین ترجمه می شود. در این تحقیق سعی بر این شد که با همسانه سازی قطعات حاصل از آرتی-پی سی آر با آغازگرهای دژنره به شناسایی مولکولی پوتی ویروس های موجود در مزارع آذربایجان شرقی پرداخته شود. جهت این کار، از قطعات ژنومی موجود حاصل از آرتی-پی سی آر با استفاده از یک جفت آغازگر دژنره به نام nib2f/nib3a استفاده شد. قطعات دی ان ای 350 جفت بازی حاصل از این آغازگر به پلاسمید ptz57r/t تهیه شده در این تحقیق، متصل و در باکتری escherichi coli dh5? همسانه سازی شدند. باکتری های تراریخت شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت lb حاوی آمپی سیلین، iptg و x-gal، غربال شده و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید. پلاسمید های استخراج شده با آنزیم های برشی ecor?/hind??? برش داده شدند. به منظور شناسایی گونه ها ی جنس پوتی ویروس و مقایسه ی توالی نوکلئوتیدی بخش تکثیر یافته از ژن nib جدایه ها و مقایسه با سایر جدایه های این جنس، تعیین توالی نوکلئوتیدی انجام گرفت. تمامی 11 جدایه ی مورد بررسی، به عنوان گونه های جنس پوتی ویروس شناخته شدند. هر 11 توالی نوکلئوتیدی به اندازه ی 302 نوکلئوتید (پس از حذف توالی آغازگر ها) در پایگاه اطلاعاتی genbank ثبت گردیدند. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی هر یک از این جدایه ها با توالی های مشابه موجود در genbank انجام گرفت. هفت جدایه به نام های a186, t180, u167, a206, t192,a213 و t41 به عنوان گونه ی ویروس موزائیک هندوانه شناخته شدند و در درخت فیلوژنی در دو گروه مجزا قرار گرفتند بطوریکه 5 جدایه a186, a206 ,t192 ,a213 و t41 در یک گروه قرار گرفته و بیشترین شباهت را با جدایه های ایرانی نشان دادند و دو جدایه-ی t180 و u167 با فاصله ژنتیکی مشخص در گروه دورتری واقع شدند. دو جدایه یa74 و a185 به عنوان ویروس وای سیب زمینی شناخته شده و در یک گروه مجزا و نزدیک به جدایه ایرانی این ویروس قرار گرفتند. جدایه یt209 نیز به عنوان گونه ی ویروس موزاییک سویا شناخته شد و با یک جدایه از کره جنوبی در یک خوشه قرار گرفت. همچنین جدایه ی t210 به عنوان گونه ی ویروس موزاییک زردکدوی فرنگی (زوکینی) شناسایی شد و همراه با جدایه هایی از اسرائیل در یک خوشه قرار گرفتند.