مقایسه توالی های بیان شده گندم(est) در پاسخ به تنش های شوری و خشکی

مطالعه ملکولی تنش های غیرزیستی در گندم به دلیل پیچیدگی و اندازه بزرگ ژنوم آن با مشکلاتی روبرو می باشد. با نگرش به بخش بیان شده ژنوم گندم از طریق تجزیه est های آن، می توان به بخشی از مشکلات فوق غلبه کرد. این تحقیق با هدف شناسایی ژن های تحت شرایط نرمال، تنش شوری و خشکی و تعیین گروه های کارکردی کتابخانه ها انجام پذیرفت. 11 کتابخانه cdna پس از اخذ از پایگاه داده ncbi و دانشگاه هاروارد با استفاده از نرم افزار egassembler دسته بندی و هم گذاری شدند و سپس با استفاده از نرم افزار clc protein workbench بلاست شدند. نتایج بلاست نشان داد بیشترین شباهت توالی های ترجمه شده به ژنوم ترجمه شده آرابیدوپسیس در تنش خشکی به ترتیب به کل بافت ها، ریشه و سپس برگ تخصیص یافته است. در تنش شوری بیشترین توالی های مشابه مختص به بافت تاج گل، سپس غلاف و کمترین آنها مختص بافت ریشه بود. بالاخره در شرایط نرمال جوانه بذری دارای بالاترین درصد تشابه و ریشه دارای کمترین درصد تشابه بود. ژن ها در ریشه بر اساس هستی شناسی ژن شناسایی و گروه بندی شدند. تعیین گروه های کارکردی در 11 کتابخانه نشان داد که بعضی از اجزای سلولی مثل کلروپلاست، پلاستید، سیتوسول و غشای پلاسمایی در پاسخ به تنش یا پاسخ به محرک های زیستی یا غیرزیستی با داشتن عملکردهای مولکولی خاص مثل فعالیت ترانسفرازی، فعالیت هیدرولازی بیشترین درصدها را دارا بودند. ژن های ریشه بر اساس همردیفی انجام شده با پایگاه داده آرابیدوپسیس مورد شناسایی قرار گرفت که بعضی از گروه های مهم مورد بررسی قرار گرفت.