شبیه سازی دینامیک مولکولی مولکولهای زیستی بر روی سطوح و درون غشاها: جذب و الگوی تشکیل باز های دی. ان. ای بر روی سطح (111) طلا و پپتید آمیلین در درون غشا دولایه ای دی اولوئیل فسفاتیدیل کولین.

در بررسی مکانیسم خود تجمعی باز های دزوکسی ریبونوکلئیک اسید(dna) بر سطح (111) طلا مشخص شد که در دما های k 300 و k 400 و در پوششهای کم، گوانین، آدنین و تیمین روی سطح به صورت زنجیر مانند شکل می گیرند، در حالی که مولکولهای سیتوزین به صورت خوشه ای مجتمع می شوند. شبیه سازی پوشش های بالاتر نشان می دهد که مولکولهای آدنین ساختار شش ضلعی دو بعدی، در حالی که مولکولهای گوانین، سیتوزین و تیمین ساختار های خوشه ای را روی سطح تشکیل می دهند. این مشاهدات با نتایج حاصل از میکروسکوپ تونل زنی روبشی(stm) باز های dna بر روی سطح طلا همخوانی دارد. انرژی پیوندی و پایداری جفت های همسان که کوچکترین واحد سازنده ساختارهای خود تجمعی روی سطح طلا است محاسبه شد و با محاسبات انرژی پیوندی جفت های همسان در فاز گازی و مقادیر قابل دسترس در مطالعات قبلی مقایسه شد. انرژی های پیوندی به ازای یک مولکول باز روی سطح با افزایش پوشش سطح کاهش می یابند و سپس در پوشش های بالا به مقداری ثابت می رسند. همچنین مکانیسم تحرک بازها در پوشش های تک مولکولی در دو دمای متفاوت تجزیه و تحلیل شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی برای مطالعه پپتید آمیلین در غشا دو لایه ای dopc استفاده شد. دینامیک و خواص انتقالی پپتید و فسفولیپید دولایه در این سامانه بررسی شد. مقدار نفوذ جانبی لیپید از مرتبهcm2 s-1 8- 10 است و در توافق با مقدار تجربی است. پارامتر نظم لیپید، ضخامت، توزیع دانسیته لیپید دو لایه و مساحت سر هر گروه لیپید درغشا نیز محاسبه شدند. بررسی ساختار دوم پپتید نشان داد که اسید آمینه ها در دو پایانه بدون ساختارند. ساختار دوم نشان دهنده وجود دو ساختار آلفا پایدار است که با استفاده از یک رابط بدون ساختار به هم متصل شده اند. این ساختاردوم مشابه ساختار تجربی در محیط شبه غشا است. از جمله خواص دینامیکی که برای پپتید محاسبه شد، افت و خیز جذر میانگین مربع (rmsf)و انحراف جذر میانگین مربع است. همچنین محاسبات انرژی آزاد جهش ile26 ? pro26 پپتید آمیلین در حلال آب و در غشا dopc با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی و چرخه ترمودینامیکی صورت گرفت. نشان داده شد که مقدار ساختار های مارپیچ آلفا پپتید جهش یافته در حلال آب کاهش می یابد و مارپیچ 5 افزایش می یابد، در حالی که پپتید ضمن جهش در غشا ساختار مارپیچ آلفا خود را همچنان حفظ می کند. نکته جالب این است که با تغییر پارامتر جفت شدگی از صفر به یک در محیط غشایی، مساحت سطح قابل دسترس آمینواسید های آب گریز افزایش می یابد، در حالی که در محیط آبی مساحت سطح قابل دسترس آمینواسید های آب دوست بیشتر می شود. در انتها، شعاع چرخش میانگین پپتید جهش یافته و rmsf در هر دو سامانه محاسبه شد