بررسی کنفور ماسیونی دی پپتید محا فظت شده ی hco-ser-ala-nh2 با استفاده از محاسبات مکا نیک کوانتو می در فاز گازی

در این تحقیق ? کنفورماسیون های دی پپتیدhco–l-ser-l-ala–nh2و hco–d-ser-d-ala–nh2که در پروتئین های متعددی وجود دارد ? در فاز گازی مورد بررسی قرار گرفته است. محاسبات با استفاده از برنامه گوسین 3 و با بهره گیری از سطح تئوری g*31-6b3lyp/انجام شده است. بدین صورت که ابتدا ساختارهای بهینه و انرژی برای کنفورماسیون های حاصل از چرخش زاویه (c) به فواصل30 درجه از صفر درجه تا 360 درجه محاسبه شدند که سه مینیمم در 180c=و60c = و60c = -برایدی پپتید hco–l-ser-l-ala–nh2بدست آمد که به ترتیب آنتی و گوچ مثبت و گوچ منفی نامگذاری شدند و سه مینیمم 180c=و 60c = -و60c =برای دی پپتید hco–d-ser-d-ala–nh2بدست آمد. سپس برای پایدارترین کنفورماسیون حاصل از چرخش? زوایای پیچشی ? انرژی برای تعیین بهینه ترین حالت محاسبه شدند و به بررسی ساختار turn-bها پرداختیم و پایدارترین کنفورماسیون را مشخص کردیم. از 243 کنفورماسیون مورد محاسبه برای دی پپتید hco–l-ser-l-ala–nh2، 104 تا از این کنفورماسیون ها یافت شدند که ?_l^+ ?_dبیشترین پایداری را نشان داد و 40 کنفورماسیون که به صورت turn-bظاهر شدند و کنفورمر ?_d^a ?_d پایدارترین حالت می باشد . و همچنین برای دی پپتید hco–d-ser-d-ala–nh2، 105 تا از این کنفورماسیون ها یافت شدند که ?_d^- ?_lبیشترین پایداری را نشان داد و 38 کنفورماسیون که به صورتturn-bظاهر شدند و کنفورمر ?_l^a ?_l پایدارترین حالت می باشد.