تعیین میزان بیان ژن در آزمایش های ریزآرایه با استفاده از روشهای نرمال سازی

پایان نامه
چکیده

بیان ژن، پدیدهای حیاتی در سایر موجودات زنده میباشد. ارزیابی این پدیده میتواند در سه سطح کلی ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس انجام گیرد. از ارزشمندترین روشها در سطح ترنسکریتومیکس، تکنولوژی ریزآرایهها بوده که قادرند بیان دهها هزار ژن را بطور همزمان اندازهگیری کنند. اما آزمایشات ریزآرایه، از ابتدا تا انتها، در معرض تغییرات ناخواسته ای بوده که ناشی از بایاسها یا ناهماهنگیهای آزمایشگاهی و تکنیکی میباشند. جهت حذف یا حداقل کردن برخی از تغییرات، روشهای آماری با عنوان نرمالسازی استفاده میشود. این روشها با فرضیات آماری و بیولوژیکی متفاوت، سعی در حذف یا کاهش بایاسهای مختلف نظیر بایاس ناشی از رنگ، وابسته به شدت رنگ، اثرات فضایی و مقیاس دارند. نرمال سازی، بعد از انجام آزمایش ریزآرایه، تولید داده و پردازشهایی نظیر تصحیح پیش زمینه انجام خواهد گرفت. در ابتدا با استفاده از نمودارهایی مانند نمودارهای جعبهای، پراکنش، فضایی و چگالی به بررسی ویژگیهای داده، شناسایی انواع مختلف بایاس و انتخاب آرایههای لازم جهت آنالیز پرداخته میشود. ده روش نرمالسازی به صورت منفرد یا ترکیبی جهت پردازش دو مجموعه داده cdna، آزمایشهای swirl و apoai، در نظر گرفته شده و مقایسه آنها با کمک بررسی تغییرات درون و بین آرایهها و تأثیر نرمالسازی در انتخاب ژنهایی که به صورت متفاوت بیان میشوند، انجام میگیرد. نتایج آنالیزهای انجام گرفته نشان داد که روش نرمالسازی twodloess، به صورت منفرد و ترکیبی با روش های نرمالسازی بین آرایهای مقیاس و کوانتیل بهترین عملکرد را خواهد داشت.

۱۵ صفحه ی اول

برای دانلود 15 صفحه اول باید عضویت طلایی داشته باشید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

ارزیابی الگوهای بیان ژن مشتق از ریزآرایه در مدل‫های موشی تراژن بیماری آلزایمر (تائو و آمیلوئید بتا) با استفاده از ابزارهای زیست داده‏ورزی‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬

هدف: در این پژوهش تغییرات بیان ژن و تاثیر آن بر شبکه­های پروتئینی، عوامل رونویسی، مسیرهای سلولی و RNAهای کوچک در مدل‏های موشی تراژن بیماری آلزایمر (آمیلوئید بتا و تائو) بررسی شد.مواد و روش‏ها: نتایج داده­های ریز آرایه ژن‏های بافت مغز در پایگاه داده GEO تجزیه و تحلیل، پیش بینی شبکه‏ها به‏کمک پایگاه داده String انجام و توسط نرم افزار Cytoscape آنالیز شد. پی...

متن کامل

کلون سازی و بررسی بیان ژن ureB هلیکوباکتر پیلوری با استفاده از وکتور بیانی pcDNA3.1(+)

مقدمه: هلیکوباکتر پیلوری عامل بیماری هایی مانند گاستریت، زخم های گوارشی و سرطان غدد لنفاوی و دستگاه گوارشی است. هنوز واکسن موثری علیه هلیکوباکتر پیلوری تولید نشده است. آنزیم اوره آز یکی از عوامل مهم تحریک سیستم ایمنی میزبان است. بنابراین هدف این تحقیق کلون سازی و بررسی بیان ژن ureB به عنوان کاندیدای واکسن ژنی علیه هلیکوباکتر پیلوری می باشد. روش کار: در این بررسی تجربی، ژن کد کننده ی ureB از ژنو...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده فنی و مهندسی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023