بررسی تغییرات ترانسکریپتو در سلول های اولیه شبکه ترابکولار انسانی در اثر سرکوب بیان فاکتورهای رونویسی pitx2 و foxc1

هدف: شناسایی ژن هایی که در کشت های اولیه سلول های شبکه ترابکولار (tm) بیانشان تحت تأثیر فاکتورهای رونویسی pitx2 و foxc1 قرار می گیرد. همچنین شناسایی ژن هایی که در بیماری گلوکوم نقش دارند. ژن های عامل بیماری گلوکوم که تاکنون شناخته شده اند تنها در کسر کوچکی از بیماران عامل بیماری می باشند. هدف ما در این مطالعه شناسایی ژن های دیگری است که ممکن است به علت نقش های ظریف، به راحتی توسط روشهای ژنتیکی قابل شناسایی نباشند. روش ها: با استفاده از ریزآرایه بیانی، بیان ژنها در سلو های tm تیمارشده با scrambled sirna با سلول های tm تیمار شده با sirna های اختصاصی foxc1 و pitx2 مقایسه شدند. برای به حداقل رساندن نتایج اشتباه منفی و مثبت از سه روش مختلف برای آنالیز داده ها استفاده شد. نتایج ریزآرایه بر روی تعدادی از ژن ها با روش های real time pcr، وسترن بلات و ایمنوهیستوشیمی تأیید شدند. تأثیرات بر روی دو ژن cxcl6 و aldh1a1 بیشتر پیگیری شدند. نتایج: سرکوب pitx2 و foxc1 به ترتیب منجر به شناسایی 5 و 26 ژن توسط هر سه روش شد. 41 و 849 ژن نیز توسط حداقل یک پروتکل شناسایی شدند. همه نتایج ریزآرایه نیز بر روی ژن های بررسی شده با سایر روش ها تأیید شدند. نتایج در دو سلول tm دیگر تهیه شده نیز تأیید شدند. نقش pitx2 در پاسخ aldh1a1 به استرس اکسیداتیو نشان داده شد. نتیجه گیری: روش های بیوانفورماتیکی نشان دادند که ژن های شناسایی شده بر عملکردها و مسیرهای مرتبط با گلوکوم تأثیر می گذارند. نقش pitx2 و foxc1 در بیان بسیاری از ژن ها و بعضی از مسیرها برای نخستین بار ارائه می شود. از آنجا که بسیاری از ژن های شناسایی شده در رابطه با گلوکوم مطالعه نشده اند، ما احساس می کنیم که این ژن ها چشم اندازهای جدیدی برای درک اتیولوژی این بیماری می گشاید.