بررسی ترمودینامیکی و مطالعه ساختاری برهم کنش ترکیبات کاتیونی و آنیونی مزو-تتراکیس(3-متیل پیریدیل) پورفیرین و مزو-تتراکیس(4-سولفوناتو فنیل)پورفیرین با آنزیم آدنوزین دآمیناز

مطالعات سینتیکی و ساختاری اثر پورفیرین های کاتیونی و آنیونی مزو-تتراکیس(3-متیل پیریدیل)پورفیرین و مزو-تتراکیس(4-سولفوناتو فنیل)پورفیرین با آنزیم آدنوزین دآمیناز (ada) در بافر سیترات/فسفات با قدرت یونی 25 میلی مولار درph های 4 تا 8 در دمای 37 درجه سانتیگراد با استفاده از طیف بینی های uv-vis، دورنگ نمایی دورانی (cd) و فلورسانس انجام شد. انرژی ها و مکان های پیوندی به وسیله نرم افزار اتوداک آنالیز شده اند. تغییرات ساختاری ada در حضور این دو پورفیرین به وسیله دینامیک مولکولی انجام شد. نتایج سینتیکی نشان می دهند که این دو پورفیرین به عنوان یک مهارکننده غیر رقابتی عمل می کنند. مقادیر ثابت بازدارندگی (ki) در ph های مختلف محاسبه شد. افزایش ph باعث افزایش ki می شود و در همه ph ها پورفیرین کاتیونی دارای مقادیر ki بیشتری نسبت به پورفیرین آنیونی است. همچنین ثابت های پیوندی به وسیله طیف بینی فلورسانس محاسبه شد که با نتایج سینتیکی هم خوانی دارد. یعنی پورفیرین کاتیونی ثابت اتصال کوچکتری نسبت به پورفیرین آنیونی دارد. انرژی های پیوندی به دست آمده از داکینگ نشان می دهند که لیگاند کاتیونی انرژی داکینگ منفی تری نسبت به لیگاند آنیونی دارد. این قضیه می تواند به این دلایل باشد که (1) در اتوداک اثر حلال در نظر گرفته نمی شود. (2) از طرف دیگر محاسبات داکینگ بر روی یک مولکول از لیگاند در نظر گرفته می شود در حالی که در محلول واقعی، اثر تجمع پورفیرین ها ممکن است این روند را تغییر دهد. نتایج برهم کنش بین این دو پورفیرین نشان می دهد که پورفیرین کاتیونی تمایل بیشتری برای خود تجمعی دارد. خود تجمعی به وسیله اتوداک و دینامیک مولکولی در حضور و غیاب ada آنالیز شد. نتایج دینامیک مولکولی نشان می دهد که در حضور ada، تجمع پورفیرین کاتیونی نسبت به آنیونی بیشتر است. همچنین ada در حضور 13 مولکول از پورفیرین به وسیله دینامیک مولکولی تحت مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان می دهند که پورفیرین آنیونی تمایل بیشتری برای اتصال به ada و تمایل کمتری برای خود تجمعی دارد. همچنین مشاهده شده که ساختار دوم پروتئین در ph های پایین کاهش پیدا می کند که در این مورد لیگاند آنیونی دارای اثر بیشتری است. جزئیات ساختار های دوم همانند مارپیچ آلفا، پیچه تصادفی، صفحات همسو و ناهمسو بتا و دور، توسط cd و دینامیک مولکولی و برنامه vadar به دست آمدند. کلمات کلیدی: پورفیرین، آدنوزین دآمیناز، فلورسانس، دورنگ نمایی دورانی، برهم کنش های الکتروستاتیک و آبگریز، ثابت بازداری