مقایسه روش‌های FTIR و تحلیل توالی ژن 16S rDNA در شناسایی و رده‌بندی باکتری‌های متیلوتروف

تحلیل توالی 16S rDNA اگر چه روشی نسبتاً دقیق و قابل اعتماد برای شناسایی و تاکسونومی باکتری‌هاست اما فرآیندی وقت‌گیر و پُر هزینه است. به همین دلیل یافتن راه‌های جایگزین همواره مورد توجه پژوهشگران بوده است. یکی از روش‌های مطرح FTIR (Fourier Transform Infrared) است که روشی فیزیکو-شیمیایی است مبتنی بر اندازه‌گیری لرزش پیوندهای مولکولی یک ترکیب که به وسیله فرکانس مناسبی از پرتو مادون قرمز تحریک شده‌اند. در این پژوهش که به منظور بررسی کارآیی روش FTIR در شناسایی وتاکسونومی باکتری‌ها و مقایسه آن با روش تحلیل توالی 16S rDNA بر روی باکتری‌های متیلوتروف (مهم‌ترین گروه تجزیه‌کننده مشتقات کلردار متان) صورت گرفت، از ۳۰ باکتری جداسازی شده هفت باکتری انتخاب و ابتدا از طریق تکثیر قسمتی از ژن 16S rDNA و توالی‌یابی آن شناسایی شدند و با نرم‌افزار MEGA5 درخت فیلوژنیک آنها ترسیم گردید. همچنین، با روش FTIR طیف عبور این باکتری‌ها در محدوده cm-1۴0۰۰-۴۰۰ به دست آمد. داده‌های حاصل از این روش با نرم‌افزار SPSS تحلیل شد که دندروگرام حاصل از آن شباهت زیادی (بیش از 80 درصد) به دندروگرام به دست آمده از بررسی توالی 16S rDNA داشت. نتایج نشان داد که FTIR روشی خوبی برای تمایز باکتری‌ها از یکدیگر است اما هنوز نمی‌تواند به تنهایی برای تاکسونومی استفاده شود و اگر بانک اطلاعاتی مناسبی برای داده‌های FTIR ارایه شود این روش می‌تواند به عنوان رقیبی برای تحلیل توالی 16S rDNA مطرح گردد.