توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن‌های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک

مقدمه: یکی از روش‌های جدید کنترل عفونت‌های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سنس (مکمل) برای مهار ژن‌های ضروری است‌. هدف این مطالعه بررسی 4 توالی مکمل علیه ژن rpoD استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن‌های انسانی بود.  روش: نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) مراجعه و ژن rpoD در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mRNA آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی mRNA و بر طبق معیار‌های ترمودینامیک 4 توالی مکمل mRNA انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی‌های مکمل انتخابی به صورت تک‌تک با تمامی ژن‌های انسانی با الگوریتم BlastN مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، GAAGAAGTTGGTA‌، بهترین آنتی‌سنس بود و پایین‌ترین Overall ∆G را داشت. تطابق توالی‌های مکمل نشان داد که آنتی‌سنس شماره‌های 1 و 2 و 4 اهداف زیادی در سطح mRNA‌های انسانی داشته، اما آنتی‌سنس شماره 3 با توالی GAAGCAATTAATT بسیار ایده‌آل بوده و تنها می تواند ژن rpoD را هدف قرار دهد. نتیجه‌گیری:  با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک می‌توان توالی‌های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس‌ها می‌توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول‌های انسانی داشته باشند.