بررسی همخوانی گروه‌بندی ژنوتیپ‌های برنج آپلند و لولند با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره و شاخص‌های تحمل به تنش خشکی

یکی از روش‌هایی که می‌تواند میزان اعتبار نشانگرهای شناسایی شده را ارزیابی کند، بررسی هم‌خوانی گروه بندی افراد برپایه نشانگر‌های مولکولی و داده‌های فنوتیپی به‌دست‌آمده از آزمایش در شرایط عادی و تنش خشکی است. این پژوهش به منظور بررسی وجود ارتباط احتمالی بین نشانگر‌ SSR و شاخص‌های تحمل به تنش خشکی در ژنوتیپ‌های مورد نظر و همچنین گروه‌بندی ژنوتیپ‌ها بر اساس این نشانگر SSR و شاخص‌های تحمل به تنش خشکی با 40 ژنوتیپ برنج در دو محیط تنش و بدون تنش در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی با سه تکرار به همراه 26 نشانگر ریزماهواره مرتبط با تحمل به تنش خشکی اجرا شد. در مجموع، 128 آلل چندشکل با میانگین 92/4 آلل به ازای هر جایگاه نشانگری تکثیر شد. بالاترین میزان PIC مربوط به نشانگر RM5672 (829/0) و کم‌‌ترین آن مربوط به نشانگر RM523(047/0) بود. تحلیل همبستگی بین عملکرد و شاخص‌های تحمل به تنش در دو شرایط تنش و بدون تنش، شاخص‌های تحمل به تنش (STI)، میانگین هندسی بهره‌وری (GMP)، شاخص میانگین عملکرد (MP) و شاخص عملکرد (YI) را به عنوان شاخص برتر در شناسایی ژنوتیپ‌های متحمل و حساس معرفی کرد. تجزیه خوشه‌ای ژنوتیپ‌های برنج مورد مطالعه به روش Ward براساس شاخص‌های تحمل به خشکی، آن‌ها را به سه گروه متحمل نیمه متحمل و حساس تقسیم کرد. با توجه به‌ این‌که ژنوتیپ‌های گروه دوم از لحاظ شاخص‌های فوق، دارای ارزش بالاتر از میانگین کل بودند، به عنوان ژنوتیپ‌های متحمل معرفی شدند که اغلب شامل ژنوتیپ‌های آپلند و یک ژنوتیپ هاشمی بودند. گروه اول نیمه متحمل و گروه سوم حساس شناخته شدند. تجزیه خوشه ای برپایه نشانگر‌های ریزماهواره نیز ژنوتیپ‌ها را به دو گروه تقسیم کرد. مقایسه این دو نوع گروه‌بندی بیانگر همخوانی شایان توجهی بین آن‌ها بود، طوری که در هر دو گروه‌بندی ژنوتیپ هاشمی قرابت نزدیکی با ژنوتیپ‌های آپلند نشان داد و همراه آن‌ها در یک گروه قرار گرفت.