بررسی اثر جهش ‏H230M‏ ژن ‏CoxB‏ در ‏باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎‌‎فرواکسیدانس با ‏استفاده از شبیه‎‌‎سازی دینامیک مولکولی

در باکتری اسیدیتیوباسیلوس­فرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقال­الکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد.  CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن می‌شود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وحشی یکی دیگر از دلایل انتخاب جهش H230M در جایگاه CuA است. پروتئین وحشی و جهش­یافته در حضور غشاء دو­لایه POPC با استفاده از  gromacs نسخه 5.1.4 شبیه­سازی می‌شود. تغییرات ساختاری پروتئین جهش­یافته توسط RMSD، RMSF، SASA،Rg ، DSSP،density ،thickness ، PCA، ED، DCCM وFEL  بررسی شد. نتایج حاصل از تجزیه­و­تحلیل پروتئین‌های وحشی و جهش­یافته نشان می­دهد که باکتری پایداری خود را بعد از جهش حفظ می­کند. به نظر می‌رسد جهش منجر به افزایش میزان دریافت الکترون می­شود که نیاز به مطالعات بیشتر در این زمینه دارد. شبیه­سازی دینامیکی مولکولی و نتایج آنالیزها نشان می‌دهد که جهش به افزایش پایداری پروتئین کمک می­کند. بنابراین، این یافته رویکردهای جدیدی را از نظر خصوصیات ساختاری و احتمال انتقال­الکترون ارائه می­دهد.