استفاده از آنالیز به روش (Single Nucleotide Polymorphism (SNP به عنوان یک راهبرد بررسی ژنتیکی در مطالعات پاراتوبرکولوزیس در ایران
نویسندگان
چکیده مقاله:
ژنوتایپینگ مایکوباکتریوم ایویوم زیرگونه پاراتوبرکولوزیس (MAP) حتی با وجود دسترسی به تکنیک‌های مولکولی متعارفی نظیر PFGE, RFLP, SSR and MIRU-VNTR همچنان به عنوان یک چالش محسوب می‌گردد بدان سبب که این باکتری از نظر ژنتیکی بسیار یکنواخت و همگن می‌باشد. به نظر می‌رسد که در شرایط امروزی پاراتوبرکولوزیس در سراسر ایران انتشار یافته است چرا که گزارشات مربوط به وقوع بیماری در گله‌های گاو گوسفند و بز بصورت فزاینده در هر سال انتشار می‌یابند. میزان اطلاعات موجود از ساختار جمعیت این باکتری در ایران محدود می‌باشد. یافته‌های موجود حاکی از فعالیت جدایه‌های متعلق به تیپ معروف به گاوی می‌باشند و این در حالی است که تاکنون نشانه‌ای از وجود تیپ گوسفندی در ایران یافت نشده است. در این تحقیق یک سیستم ژنوتایپینگ (Single Nucleotide Polymorphism (SNP متشکل از 13 لوکوس و با اتکا به PCR بر روی یک جدایه بومی MAP اجرا گردید. آزمون به گونه‌ای انجام گردید که از یک پروتکل واحد PCR برای همه لوکوس‌ها استفاده شد. محصولات تکثیر DNA به روش Sanger تعیین توالی شدند. نوکلئوتیدهای هدف تعیین و شناسایی گردیدند. این نوکلئوتیدها بطور کامل با نوکلئوتیدهای هم ارز در ژنوم سویه آزمایشگاهی MAP K10 مطابقت داشتند و هویت جدایه ایرانی را به عنوان جدایه تیپ گاوی نشان دادند. ما معتقدیم اگر روش SNP معرفی شده توسط Leao در مقیاس گسترده در ایران بکار گرفته شود امکان دستیابی به دانش جامع‌تر از اتفاقات و جریانات تکاملی که وقوع آنها وضعیت اپیدمیولوژیک امروز پاراتوبرکولوزیس در ایران را شکل داده‌اند، فراهم گردید.
منابع مشابه
Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in the Adiponectin Gene and Cardiovascular Disease
Dear Editor, The recent article by Mohammadzadeh et al.[1] on the latest issue of this Journal showed that the T allele +276G/T SNP of ADIPOQ gene is more associated with the increasing risk of coronary artery disease (CAD) in subjects with type 2 diabetes. Adipocytes were described in myocardial tissue of CAD patients and their role recently discussed[2,3]. Susceptibility to CAD by polymorp...
متن کاملA graphene-based platform for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping.
A facile, rapid, stable and sensitive approach for fluorescent detection of single nucleotide polymorphism (SNP) is designed based on DNA ligase reaction and π-stacking between the graphene and the nucleotide bases. In the presence of perfectly matched DNA, DNA ligase can catalyze the linkage of fluorescein amidite-labeled single-stranded DNA (ssDNA) and a phosphorylated ssDNA, and thus the for...
متن کاملHypothesis driven single nucleotide polymorphism search (HyDn-SNP-S).
The advent of complete-genome genotyping across phenotype cohorts has provided a rich source of information for bioinformaticians. However the search for SNPs from this data is generally performed on a study-by-study case without any specific hypothesis of the location for SNPs that are predictive for the phenotype. We have designed a method whereby very large SNP lists (several gigabytes in si...
متن کاملPublication of stand-alone single nucleotide polymorphism (SNP) discovery data.
In the recent past, several publications have appeared in Drug Metabolism and Disposition that described the results of single nucleotide polymorphism (SNP) discovery projects. The publications were limited to only this aspect of the science and failed to include any studies that extended beyond the discovery phase. No attempt was made to elucidate the possible functional significance of the id...
متن کاملSingle nucleotide polymorphism (SNP) discovery in porcine expressed genes.
High-throughput genotyping of swine populations is a potentially efficient method for establishing animal lineage and identification of loci important to animal health and efficient pork production. Markers were developed based upon single nucleotide polymorphisms (SNPs), which are abundant and amenable to automated genotyping platforms. The focus of this research was SNP discovery in expressed...
متن کاملتعیین ویژگی‌های ژنتیکی سویه‌های مایکوباکتریوم ایویوم زیر گونه پاراتوبرکولوزیس III & V و 316F با استفاده از یک راهبرد چندگانه
دو سویه غیر بومی (Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP 316F و MAP III & V به مدت نیم قرن در موسسه رازی نگهداری و از آنها برای تهیه پاراتوبرکولین استفاده شده است. به منظور شناسایی خصوصیات ژنتیکی این دو سویه یک استراتژی سه محور تعیین هویت (PCR-IS900, PCR-F57)، تعیین تیپ (PCR-Collins, PCR-gyrA, PCR-gyrB) و تعیین ژنوتیپ (MLVA-Thibault, SSR-Amonsin) به کار گرفته شد. در نتیجه اجرای ا...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 32 شماره 1
صفحات 48- 54
تاریخ انتشار 2018-12-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023