استخراج رابطه علّی- معلولی ترانسکریپتومی در بافت غدد پستانی گاو شیری با استفاده از شبکه بیزی
نویسندگان
چکیده مقاله:
هدف از این مطالعه، شناسایی ژن‌های تنظیمی مؤثر در بروز بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از داده-های ریزآرایهDNA بود. بدین منظور فایل بیان ژنی با بیشترین تعداد آرایه و متعلق به پلتفرم افی‌متریکس GPL1221 با شماره دسترسی GSE24560از پایگاه GEO استخراج شد. برای آزمون کنترل کیفیت داده از بسته‌یArrayQualityMetrics و برای پیش‌پردازش داده‌ها از تابع Threestep بسته‌ی AffyPLM در محیط R استفاده شد. پس از شناسایی ژن‌های متفاوت بیان‌شده، الگوریتم جستجوی تابو در بسته bnlearn برای شناسایی ژن‌های تنظیمی مورداستفاده قرار گرفت. نتایج حاصل از این پژوهش بیانگر نقش علّی و تنظیمی ژن‌های BCL2A، CCL2، S100A12، AOX1 و MGP بر بیان سایر ژن‌ها در بافت پستانی گاو شیری بود. بررسی هستی‌شناسی ژن‌ها، تفاوت معنی‌داری را در 7 گروه عملکردی مولکولی، 48 گروه فرآیندهای زیستی و 11 گروه اجزای سلولی در شرایط بروز بیماری ورم پستان در بافت غدد پستانی نشان داد. همچنین نتایج غنی-سازی مجموعه داده‌های بیان ژنی نشان داد بیشتر ژن‌های متفاوت بیان‌شده در این پژوهش به طور معنی داری(P< 0.05) در مسیرهای متابولیکی (GO:0009605، GO:0002376 و GO:0006954) فعال بوده و در فرآیندهای پاسخ به بروز عوامل بیماری‌زا، پاسخ ایمنی و پاسخ به التهاب در بافت پستانی گاو شیری نقش دارند.
منابع مشابه
استخراج شبکه بین زیست نشانگرهای ترانسکریپتومی ورم پستان گاو شیری ناشی از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس با استفاده از ژنوم انسان
ورم پستان یکی از بیماری‌های عفونی غدد پستانی در گاوهای شیری است که در چند دهه اخیر، به عنوان یکی از مهم‌ترین بیماری‌هایی که منجر به ضرر اقتصادی در صنعت گاو شیری می‌شود، مورد توجه زیادی قرار گرفته است. وراثت‌پذیری ورم پستان پایین است و لذا مدیریت اصلاح نژادی آن کار سختی به شمار می‌رود. با توجه به اهمیت بیماری ورم پستان در مدیریت واحد‌های پرورش گاو شیری و ساز و کار مولکولی پیچیده درگیر در این ب...
متن کاملبررسی رابطه علت و معلولی متغیرهای مرتبط با سرطان پستان با استفاده از شبکه‌های بیزی
Background and Objectives: Breast cancer is the most common cancer in Iran. It can be prevented by rapid diagnosis of the disease. Thus, it is necessary to determine the causal relationships between variables related to breast cancer. Bayesian network is a data mining tool that shows the causal relationship between different variables. In this paper, a Bayesian network was applied to find causa...
متن کاملبررسی شبکه تنظیمی مؤثر در شروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری با استفاده از داده‌های RNA-seq
در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر درشروع شیردهی در بافت پستان گاو شیری، در ابتدا ژن های با بیان بالا با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های RNA-Seq در سه حالت زیر شناسایی گردید: حالت اول) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 35 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان ، حالت دوم) مقایسه بافت پستان گاو شیری در 7 روز قبل از زایمان با 3 روز بعد از زایمان، حالت سوم) مقایسه بافت پستان گاو شی...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملتحلیل ریسک استفاده از پساب تصفیه شده در کشاورزی با استفاده از شبکه بیزی
پساب تصفیه شده به دلیل مزایایی نظیر کاهش محدودیت منابع آبی و کاهش آلودگی محیط زیست مورد توجه و استفاده در بخش کشاورزی قرار گرفته است. اما آلاینده‌های احتمالی موجود در پساب باعث ایجاد محدودیت هایی در استفاده از آن می‌گردد. ارزیابی ریسک یکی از ابزارهای مهم برای شناخت خطرات احتمالی یک پروژه و پیامدهای بالقوه ناشی از آن می‌باشد. در این تحقیق ارزیابی ریسک استفاده مجدد از پساب با استفاده از تکنیک شبک...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 32 شماره 123
صفحات 197- 216
تاریخ انتشار 2019-08-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023