اثرات استفاده از حیوانات برتر در گروه پایه بر صحت ارزیابی ژنومیک در صفاتی با وراثت پذیری بالا و پایین در جمعیت گاو شیری
نویسندگان
چکیده مقاله:
چکیده سابقه و هدف: پیشرفت ژنتیکی گاو شیری در نیمه دوم قرن بیستم با به کارگیری اطلاعات شجره ای و عملکردی بسیار موفقیت آمیز بوده است. انتخاب ژنومیک با کاهش فاصله نسل و افزایش صحت ارزشهای اصلاحی برآورد شده در بدو تولد، می تواند سرعت این پیشرفت را افزایش دهد. موضوعات زیادی در رابطه با به کار گیری ارزیابی ژنومیک مطرح می باشد. در مطالعه حاضر در صفاتی با وراثت پذیری‌های بالا و پایین، برخی از استراتژی ها جهت بررسی تاثیر استفاده از حیوانات برتر به عنوان گروه پایه بر صحت ارزیابی ژنومیک، مورد مقایسه قرار گرفته است. مواد و روش‌ها: برای هر حیوان سه کروموزوم هر یک با 1000 نشانگر SNP با فواصل یکنواخت (هر 1/0 سانتی مورگان یک SNP) شبیه سازی شد. جهت ایجاد عدم تعادل پیوستگی به میزان کافی، برای 50 نسل تلاقی تصادفی صورت گرفت. در نسل 51 اندازه جمعیت به 4000 فرد گسترش یافت. تا نسل 55 این اندازه جمعیت حفظ شد. در طی این نسلها 5 درصد از حیوانات نر برتر و 80 درصد از گاوهای ماده برتر هر نسل به عنوان والدین نسل بعد انتخاب می‌شدند. حیوانات نسل 55 (نسل 5) به عنوان گروه تایید و حیوانات نسلهای 51 تا 54 (نسلهای 1 تا 4) به عنوان جمعیت پایه در نظر گرفته شدند. در استراتژی 1 برترین و ضعیف ترین حیوانات، در استراتژی 2 حیوانات برتر و در استراتژی 3، یک نمونه تصادفی از جمعیت به عنوان گروه پایه مورد استفاده قرار گرفتند. این پژوهش برای صفات با وراثت پذیری پایین (1/0) و وراثت پذیری بالا (5/0) انجام شد. یافته‌ها: نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که صحت ارزیابی ژنومیک در استراتژی 1 در مقایسه با استراتژی 2 و 3 بالاتر بود. وقتی نسبت و تعداد حیوانات در گروه پایه افزایش یافت، تفاوت بین سه استراتژی کاهش یافت. به طور مثال در شرایط استفاده از 20 درصد از حیوانات نسلهای 1 تا 4، در صفتی با وراثت پذیری 1/0 استفاده از استراتژی 1 منجر به 29 درصد صحت ارزیابی بیشتر نسبت به استراتژی 2 شد. در حالی که در شرایط مشابه و در صورت استفاده از 40 درصد حیوانات این تفاوت به 14 درصد رسید. صحت ارزیابی ژنومیک برای صفاتی با وراثت پذیری بالا در همه استراتژی ها، بالاتر بود و تفاوت بین استراتژی ها نیز در این صفات کمتر بود. به طور مثال، وقتی 40 درصد از حیوانات نسلهای اول تا چهارم به عنوان گروه پایه در نظر گرفته شدند، تفاوت بین استراتژی 1 و 2 برای صفاتی با وراثت پذیری 1/0 برابر 14 درصد و برای صفاتی با وراثت پذیری 5/0 برابر 4 درصد بود. نتیجه گیری: استفاده منحصر به فرد از حیوانات برتر، در گروه پایه می تواند منجر به کاهش صحت ارزیابی ژنومیک شود، لیکن این اثر در صفاتی با وراثت پذیری بالا کمتر است. همچنین استفاده از تعداد زیادتری حیوان این اثر را با افزایش واریانس ژنتیکی توصیف شده توسط نشانگرها، تعدیل می کند.
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملمقایسه صحت پیش‌بینی ژنومی صفاتی با وراثت پذیری پایین در گاوهای شیری تحت روش‌های تک‌مرحله‌ای و چند مرحله‌ای با استفاده از داده‌های شبیه‌سازی
صفات تولیدمثل بدلیل تاثیر زیاد بر سودآوری، در صنعت پرورش گاوهای شیرده جزء صفات عملکردی محسوب می‌شوند. به دلیل وراثت‌پذیری پایین این صفات، پیشرفت ژنتیکی آن‌ها به کندی صورت می‌گیرد. بنابراین، انتخاب ژنومی یک روش موثر برای افزایش پیشرفت ژنتیکی این صفات می‌باشد.صحت انتخاب ژنومی وابسته به عوامل زیادی از جمله، وراثت‌پذیری صفات، روش آماری محاسبه اثرات نشانگر تک نوکلئوتیدی SNP در جمعیت مرجع و تعداد افر...
متن کاملتأثیر راهبرد‌های مختلف انتخاب حیوانات گروه مرجع بر درستی ارزیابی ژنگانی برای صفات با وراثت‌پذیری متوسط در جمعیت گاو شیری
یکی از پرسش‌های مطرح در زمینة ارزیابی ژنگانی (ژنومیک)، تأثیرگذاری یا تأثیرگذار نبودن استفاده از حیوانات برتر به‌عنوان گروه مرجع، بر درستی ارزش اصلاحی برآوردی کاندیدای انتخاب است. در این تحقیق درستی ارزیابی ژنگانی در شرایطی که تنها حیوانات برتر در جمعیت مرجع بودند (راهبرد1) با شرایطی که حیوانات گروه مرجع نمونه‌ای تصادفی از جمعیت بودند (راهبرد2) و شرایطی که این گروه از بین برترین و ضعیف‌ترین حیوا...
متن کاملDegenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers
In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...
متن کاملاثر تراکم نشانگر و سطوح مختلف وراثت پذیری بر صحت انتخاب ژنومیک در سه نسل متوالی
هدف این پژوهش، بررسی تاثیر تراکم¬های متفاوت نشانگر، سطوح متفاوت وراثت پذیری، افزایش اندازه ی جمعیت و شمار نسل¬های کاندیدا، اندازه¬ی موثر جمعیت، و تراکم¬های متفاوت qtl¬، بر صحت ارزیابی ژنومیک است. یک صفت با وراثت پذیری 10، 25 و 40 درصد شبیه¬سازی شد. برای هر حیوان یک ژنوم با اندازه¬ی 20 مورگان شبیه¬سازی شد. شمار نشانگرها در ژنوم، 2000، 4000 و 6000 و فاصله¬ی بین آن¬ها به¬ ترتیب یک، 0/5 و 0/33 سانت...
15 صفحه اولمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 5 شماره 1
صفحات 63- 80
تاریخ انتشار 2017-03-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023