مطالعه پیوندهای هیدروژنی در زنجیره های پلی آلانین در نانوساختار آلفاهلیکس با بکارگیری نظریه تابعی چگالی

thesis
abstract

نظریه تابعی چگالی از جمله روش های مطالعه دستگاه های زیستی به شمار می آید. در این پایان نامه برآنیم که به مطالعه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با استفاده از کد محاسباتی wien2k بپردازیم. آلانین از جمله آمینواسیدهایی است که تمایل زیادی برای قرارگرفتن در ساختار آلفاهلیکس از خود نشان می دهد. ساختار آلفاهلیکس را به این دلیل انتخاب کرده ایم که می توان اثر برهم کنش پپتید-پپتید را بر قدرت پیوند هیدروژنی مطالعه کرد. پیوند هیدروژنی بدان لحاظ دارای اهمیت است که همیاری این پیوندها عامل اصلی پایداری ساختارهای دومین در بین ساختارهای پروتیینی است. از آنجا که تابعی pbe-gga قدرت پیوند و طول پیوند هیدروژنی را به خوبی توصیف می کند از این تابعی در انجام محاسبات استفاده می-کنیم. در ابتدا نگاهی مختصر به بانک داده پروتیینی خواهیم داشت و سپس به نحوه شبیه سازی ساختارهای پروتیینی می پردازیم. برای انجام محاسبات 10 ساختار پلی آلانین شامل 5 ساختار کاملا" کشیده و 5 ساختار آلفاهلیکس شبیه سازی می شوند. سپس به بهینه سازی خلا برای ساختارهایی با طول متناهی می پردازیم و در نهایت به محاسبه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با طول بی نهایت می پردازیم و چگالی بار الکترونی را برای پیوندهای هیدروژنی رسم می کنیم. نشان داده می شود که همیاری پیوندهای هیدروژنی باعث می شود که در یک ساختار آلفاهلیکس نامتناهی پیوندهای هیدروژنی تا حدود 2 برابر قویتر از تک پیوند هیدروژنی شود. همچنین نشان داده ایم که زنجیره های کوچک پپتید نمی توانند عامل پایداری یک ساختار پروتیینی باشند که این مطلب با نتایج تجربی در توافق است. چگالی بار الکترونی نیز نشان می دهد که پیوند هیدروژنی نتیجه قطبش ابر الکترونی از اتم هیدروژن به سمت اتم الکترونگاتیو اکسیژن است.

First 15 pages

Signup for downloading 15 first pages

Already have an account?login

similar resources

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

بررسی اثر محلول بر طیف EPR ناشی از رادیکال‌های آلانین بر پایه نظریه تابعی چگالی

In this study, based on Density Functional Theory (DFT), the effect of solution on the g-tensor, hyperfine coupling constant of atoms and finally the EPR spectrum of alanine free radicals induced by ionizing radiation such as electron and gamma was investigated using implicit models such as COSMO, and explicit models such as introducing hydrogen bonds to the cluster structures. The obtained res...

full text

محاسبه ثابت جفت‌شدگی ساختار ریز و تانسور g رادیکال‌های آلانین در دماهای مختلف بلور بر پایه نظریه تابعی چگالی

In this paper, Density Functional Theory (DFT) was utilized for the calculation of the hyperfine coupling constant and the g tensor alanine radicals at different crystal temperatures. The cluster approach was used for considering the effects of crystal environment. In the cluster approach, the careful selection of the cluster size is very important for the geometry structure of alanine and the ...

full text

بررسی تکینگی PrBa2Cu3O7 در قالب نظریه تابعی چگالی

  In order to study some theories about nonsuperconductivity of PrBa2Cu3O7, based on the density functional theory and with APW+lo/LAPW method some calculations for PrBa2Cu3O7 (Pr123) and YBa2Cu3O7 (Y123) were performed. The LSDA+U approximation was used for Pr(4f) orbitals and the effect of changing UPr on the band structure, Pr(4f)-DOS, distribution of electrons on the planes and chains, and ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023