کاربرد روش RE-SNPs در مطالعه های فیلوژنی باسیلوس آنتراسیس در ایران

  زمینه: علی­رغم این که امروزه SNP ژنوتایپینگ به عنوان روش استاندارد در مطالعه های تکاملی و همه­گیرشناسی آنتراکس مطرح است، اما به دلیل نیاز به تعیین توالی در این روش، امکان اجرای آن در آزمایشگاه­هایی که با محدودیت بودجه مواجه هستند، وجود ندارد.   هدف: مطالعه به منظور بررسی امکان استفاده از آنزیم­های محدودکننده در اجرای سیستم SNP ژنوتایپینگ ون ارت Van Ert) ) انجام شد.   مواد و روش­ها: این مطالعه کاربردی در سال 1393 در آزمایشگاه تحقیق و توسعه بخش واکسن­های هوازی دام­پزشکی مؤسسه رازی کرج انجام شد. به منظور شناسایی آنزیم­های محدودکننده مناسب جهت هضم لوکوس­های SNP ، قطعه­های مربوطه بر روی ژنوم سویه 34F2 باسیلوس آنتراسیس بررسی شدند. صحت نتایج با استفاده از تعیین توالی محصولات PCR تأیید شد.   یافته­ها: از میان 13 لوکوس بررسی شده، 3 لوکوس به واسطه نوع SNP خود، توسط آنزیم­های محدودکننده قابل افتراق بودند. قطعه 560 جفت بازی مربوط به لوکوس A.Br004 در سویه استاندارد و جدایه حاد تحت تأثیر آنزیم BsmI قرار داده شد که دو قطعه با اندازه­های 336 و 224 جفت باز حاصل شد . در بررسی امکان اجرای روش، سویه استاندارد به واسطه نوع SNP خود توسط آنزیم شکسته شد.   نتیجه­گیری: با توجه به یافته­ها به نظر می­رسد پس از تکمیل فرآیند تحقیق، RE-SNP تایپینگ روشی ساده و مناسب جهت اجرای سیستم ژنوتایپینگ ون ارت باشد و نیاز به انجام روش پرهزینه تعیین توالی مرتفع شود.