پیش‌بینی آثارSNPهای غیرمترادف ژن استروژن رسپتور بر ساختار و عملکرد پروتئین آن در گاومیش‌ خوزستانی

Authors

  • آرزو عسکری راد دانشجوی کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان
  • جمال فیاضی دانشیار دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان،گروه علوم دامی
  • محمود نظری استادیار دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان، گروه علوم دامی
Abstract:

پیشرفت‌های اخیر در توالی‌یابی DNA و الگوریتم‌های محاسباتی منجر به تشخیص SNPهایی با ارزش بالاتر شده است. در این تحقیق از چندین الگوریتم محاسباتی برای بیان تاثیر SNP‌های ژن استروژن رسپتور آلفا (ESRα) بر عملکرد پروتئین در ژنوم گاومیش استفاده شد.در این بررسی از تراشه Affymetrix90KSNP در112 گاومیش خوزستانی استفاده شده است. دو SNP (Argenin43Histedin,Thronin15Alanin) برای ژن ESRα یافت شد. آنالیز اینSNPها با استفاده از سرورهای Sift ،Panther و Provean انجام گردید. Sift با محاسبه ضریب صفر اثر SNPها را مخرب و موثر بر عملکرد پروتئین پیش‌بینی کرد و Panther برای دو SNP اثرات مخرب و موثر بر عملکرد پیش‌بینی کرد. الگوریتم Provean با محاسبه ضریب 08/0- برای SNP-Thronin15 Alanin و با محاسبه امتیاز 13/0- برای SNP-Argenin43Histedin اثرات این SNP را طبیعی پیش‌بینی کرد. برای بررسی بیشتر اثرات این SNPها بر پایداری پروتئین و استحکام ازالگوریتم I-mutant استفاده شد. الگوریتم I-mutant تاثیر SNP بر پایداری پروتئین را با کمک رگرسیون و براساس تغییر در انرژی آزاد (49/0-=DDG) پیش‌بینی کرد. SNP-Thronin15Alanin در دمای25 درجه و 7=pH ثبات پروتئین را کاهش می‌دهد. SNP-Argenin43Histedin با محاسبه امتیاز (53/0-=DDG) ثبات پروتئین را کاهش می‌دهد. مدل‌سازی پروتئین ESRα با سرور I-taser انجام شد. اعتبارسنجی مدل‌ها به‌کمک نقشه‌های راماچاندران و سرور Pro-SAحاکی از انحراف پروتئین جهش‌یافته در مقایسه با مدل طبیعی است. مقایسه نتایج داکینگ در دو مدل، نشاند‌هنده‌ی تغییر غیرمستقیم آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن در مدل جهش‌یافته است.SNPها در اکتیوسایت نمی‌باشند ولی با تغییر ساختار پروتئین، به طور غیرمستقیم بر آمینواسیدهای درگیر در اینترکشن تاثیرگذار بوده‌اند و باعث کاهش میل اتصالی لیگاند در مدل جهش‌یافته شده‌اند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی ژنومی ساختار جمعیتی و ارتباط فیلوژنتیکی گاومیش نژاد خوزستانی

زمینه مطالعاتی: باتوجه به اهمیت گاومیش در جهت سازگاری با محیط­های خشک، مقاومت در برابر بیماری­ها، پایین بودن هزینه­های نگهداری و استفاده موثر از  مواد خشبی کم ارزش در جهت تولید مواد پروتئینی با ارزش، ارتقا ژنتیکی آن حائز اهمیت فراوانی است. هدف:  این تحقیق به منظور یافتن فواصل ژنتیکی گاومیش­های مناطق مختلف خوزستان و ارتباط ژنتیکی آنها به کمک آرایه چندشکلی تک نوکلئوتیدی اجرا شد. روش کار: در این م...

full text

مقایسه نرخ آبستنی حاصل از روش‌های مختلف همزمانی فحلی و تخمک‌ریزی در گاومیش خوزستانی

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

کلونینگ ژن پروتئین F ویروس نیوکاسل و تعیین توالی آن

ویروس عامل بیماری نیوکاسل (NDV) یکی از مهمترین عوامل بیماری های ویروسی طیور می باشد ، که سبب واگیری و مرگ ومیر شدید در طیور و گونه های متعددی از پرندگان می شود.پروتئین F ویروس جهت نفوذ و تکثیر ویروسی در حیوانات آلوده نقش محوری دارد. کلونینگ و بیان ژنوم کد کننده پروتئین F جهت تولید واکسن تحت واحد و همجچنین تولید آنتی بادی مونوکلنال علیه پروتئین F می تواند گتمهای جدیدیبرای شناسایی و پیشگیری از بی...

full text

بررسی ساختار آناتومی مچ دست گاومیش

هدف : در این بررسی به مطالعه کپسولهای مفصلی و نحوه ارتباطات آنها با هم، رباطهای اتصاف دهنده استخوانهای مچی با هم و با استخوانهای ساعد و قلم و رباط معلقه مربوط به مچ دست گاومیش آذربایجان غربی پرداخته شده است. طرح : مطالعه اکتشافی. حیوانات: تعداد ده عدد دست گاومیش (پنج عدد برای بررسی کپسول مفصلی و پنج عدد برای بررسی رباطات) از کشتارگاه صنعتی ارومیه جمع‌آوری شد. روش : در بررسی کپسول مفصلی نمونه...

full text

Degenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers

In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 31  issue 1

pages  31- 39

publication date 2018-03-21

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023