مقایسه پروفایل تنوع CNV در ژنوم گوسفند با گاو هلشتاین

author

Abstract:

هدف از این پژوهش مقایسه CNV در تعدادی از نژاد­های گوسفند ایتالیا با گاو هلشتاین بود. از 580 راس گاو نر هلشتاین و 360 راس گوسفند نمونه خون تهیه و  DNAآن استخراج شد. ژنوتیپ چند شکلی­های تک نوکلئوتیدی سراسر ژنوم با تراشه 50k گاوی و گوسفندی در هر دو گونه تعیین شد. با استفاده از نرم افزار PennCNV تعداد 904 تنوع با میانگین طول kb 7/154 و میانه kb 7/103 در گوسفند و 744 مورد با میانگین طول kb 7/213 و میانه kb 5/124 در گاو شناسایی شد. کل طول این تنوع در ژنوم گوسفند Mb 5/8 و در ژنوم گاو Mb 80 بود. پس از ترکیب نواحی مشابه تعداد 35 ناحیه تنوع پر تکرار در ژنوم گوسفند و 141 مورد در ژنوم گاو شناسایی شد، فقط 20 درصد نواحی CNV در ژنوم نژاد­های گوسفند با ژنوم گاو هلشتاین همپوشانی داشت. علاوه بر این، نواحی این تنوع در ژنوم گوسفند با 40 ژن مرجع و 62 QTLدر ژنوم گاو، و 110 ژن مرجع در ژنوم انسان بطور کامل یا جزئی همپوشانی داشت. توزیع تنوع­ها در هر دو گونه در نواحی ساب­تلومریک و پری سانترومریک بیشتر بود. بر اساس این نتایج، شاید بتوان از روی پیوستگی این تنوع با نواحی ژنی در ژنوم گاو ژن­ها و QTL­های ژنوم گوسفند را شناسایی نمود. برای کسب نتایج دقیق­تر مطالعات بیشتری نیاز است.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq

این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه­ای از هریک از جمعیت­های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانش­ها قبلاً با استفاده از فناوری توالی­یابی نسل جدید به‌صورت داده­های RNA-Seq تولید شده بودند...

full text

بررسی تنوع گونه‌ای و فراوانی کنه‌های سخت (خانواده : ایکسودیده) انگل گاو و گوسفند در استان مازندران

هدف این مطالعه، بررسی میزان تنوع گونه ای و فراوانی کنه های سخت در دام های( گاو– گوسفند )استان مازندران می باشد. برای این منظور چهار منطقه( شهرستان)استان ( نور- آمل – بابل و ساری) انتخاب و نمونه گیری بصورت ماهیانه و در طول یک سال انجام گردید. در مجموع 2712 عدد کنه از سطح بدن دام ها جمع آوری شده است که شامل 13 گونه کنه سخت می باشد. این گونه ها عبارتند از: Rhipicephalus annulatus 77/35% ، Rhipicep...

full text

بیوتکنیک فیستول گذاری شکمبه در گاو هلشتاین

هدف پژوهش، دسترسی مستقیم به اکوسیستم شکمبه گاو هلشتاین میباشد. آزمایش با دو راس گاو هلشتاین ماده (دو ساله با وزن تقریبی20±670 کیلوگرم) در مزرعه دانشکده کشاورزی دانشگاه ایلام، شروع و سپس فیستول پلاستیکی اصلاح شده، از جنس پلی اتیلن و دارای بدنه، پولک داخلی، پولک خارجی، مهره و درپوش ساخته شدند. قطر داخلی بدنه و پولک داخلی فیستول بترتیب 10 و20 سانتیمتر و متناسب با شکمبه گاوهای هلشتاین، تعیین شدند. ...

full text

شناسایی تنوع ژنتیکی در دو ژن کاندیدا TLR2، TNFα و ارتباط آن با بیماری ورم پستان در گاو هلشتاین

Mastitis is one of the most common diseases in dairy cattle, which has imposed therapy heavy costs to farmers through significant reduction in total milk production. Identification of nucleotide polymorphism of two candidate immunity response genes and its effects on SCS as a mastitis incidence indicator was carried out in this research. The genes were exons 1 and 2 of TLR2 and 3 and 4 of TNFα....

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 19  issue 1

pages  47- 58

publication date 2017-04-21

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023