مقایسه عملکرد ابزارهای سرهمبندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)
Authors
Abstract:
زعفران گیاه دارویی و ادویهای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و بهعنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب میشود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالییابی آن بهعنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیکهای توالییابی نسل بعد، توالییابی RNA بهعنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهمبندی ترنسکریپتومها از تعداد بیشمار خوانشهای کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونههایی که ژنوم مرجع آنها در دسترس نیست فراهم میکند. اما سرهمبندی قرائتها و رسیدن به نتیجه مطلوب بهویژه برای گیاهان پلیپلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب میشود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهمبندی با توجه به فاکتورهایی همچون طول N50، تعداد کل یونیژنها و درصد همردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger بهعنوان ابزاری بهتر جهت سرهمبندی قرائتهای ترنسکریپتوم زعفران است که میتواند سرهمبندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپتها، طول N50، اندازه کل سرهمبندی و درصد همردیفی قرائتها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهمریختگی را نشان میدهد که منجر میشود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهمبندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق میتواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهمبندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.
similar resources
رابطه بین تغییرات ترکیبات فنولی و نیتروژن در گیاه زعفران (Crocus sativus L.) در شرایط زراعی
این مطالعه با هدف ارزیابی روند تغییرات ترکیبات فنولی و نیتروژن در ریزوسفر و اندامهای هوایی و زیرزمینی این گیاه در طول فصل رشد، در قالب طرح بلوکهای کامل تصادفی با چهار تکرار طی دو سال 1387 و 1388 انجام شد. چهار نوبت نمونهبرداری از ریزوسفر، بنه و برگ زعفران طی مهر و بهمن ماه 1387 و اردیبهشت و تیر ماه 1388 از مزارع چهار ساله زعفران در بخش مرکزی روستای آبرود در شهرستان تربت حیدریه انجام شد. به ...
full textمقایسه روشهای مولکولی و ریختشناسی در مطالعه همزیستی قارچهای میکوریزی آربوسکولار گیاه زعفران (Crocus sativus L.)
مقدمه: شناسایی قارچهای همزیست میکوریزا آربوسکولار گیاه زعفران که در فصلهای سال با تنشهای محیطی فراوان اعم از اقلیمی و خاکی مواجه است، جهت کاربرد، افزایش رشد و تولید گیاه و مقاومت به عوامل بیماریزا اهمیت ویژهای دارد. مواد و روشها: وجود اسپور قارچهای همزیست میکوریزا آربوسکولار در خاک ریزوسفر گیاه زعفران سه منطقه از مزارع شهرستان گناباد بررسی شد. همچنین کلنیزاسیون ریشه و تنوع قارچهای همزی...
full textCrocus sativus L.: A comprehensive review
Crocus sativus L. belonging to the family Iridaceae (syn - kesar) comprises the dried red stigma and is widely cultivated in Iran and other countries such as India and Greece. Saffron contains more than 150 volatile and aroma-yielding compounds mainly terpenes, terpene alcohol, and their esters. The bitter taste and an iodoform or hay-like fragrance are caused by chemicals picrocrocin and safra...
full textمطالعه تنوع ژنتیکی و برخی از صفات زراعی و کیفی در زعفران (.Crocus sativus L)
بهمنظور مطالعه تنوع ژنتیکی و زراعی زعفران، شش اکوتیپ از نقاط مختلف استان خراسان (مشهد، تربتجام، گناباد، تربتحیدریه، قاین و بیرجند) جمعآوری و در طی دو سال زراعی 93-1391 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج مزرعهای نشان داد که اختلاف معنیداری بین اکوتیپها از لحاظ اکثر صفات زراعی و کیفی مورد مطالعه وجود دارد. بهطوریکه تجزیه خوشهای، اکوتیپهای ت...
full textتجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرمافزارهای SOAPdenovo و Trinity
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...
full textتجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرمافزارهای SOAPdenovo و Trinity
زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده Iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه...
full textMy Resources
Journal title
volume 7 issue 1
pages 69- 80
publication date 2019-03-21
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023