مدل ساز ی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مونومر Aβ (1-42) و Aβ (1-40) ، به منظور مقایسه نقش آن‌ها در ایجاد بیماری آلزایمر
Authors
Abstract:
سابقه و هدف: مطالعه های آسیب‌شناختی، تشکیل پلاک‌های فیبری و توده‌های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (Aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده‌اند. از آنجا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از Aβ، Aβ (1-42) و Aβ (1-40) مورد بررسی قرار میگیرد. مواد و روش ها: ساختار NMR دو پپتید Aβ (1-40) و Aβ (1-42) با کد 1IYT و 1BA4 از بانک اطلاعات پروتئین گرفته شده است. مونومرها در دمای K ۳۱۰ در فشار ثابت ۱ بار در بازه زمانی ۲۰ نانو ثانیه با استفاده از نرم افزار گرومکس شبیه سازی شدند. یافته ها: جذر میانگین مربع انحراف های RMSD، تغییرهای شعاع ژیراسیون و سطح قابل دسترس حلال نشان می دهند که تغییرهای ساختاری و سستی مونومر Aβ (1-42) و استعداد آن در تجمع بیشتر از مونومر Aβ (1-40) است. نتیجه گیری: مقایسه سطح قابل دسترس حلال نشان میدهد هیدروفوبیسیتی نقش مهمی در ایجاد کانفورماسیون معیوب مونومر Aβ (1-42) دارد. سایر خواص از جمله سستی ساختاری نیز Aβ (1-42) را مستعد تجمع و ایجاد بیماری آلزایمر نشان می دهند.
similar resources
مدل ساز ی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مونومر aβ (۱-۴۲) و aβ (۱-۴۰) ، به منظور مقایسه نقش آن ها در ایجاد بیماری آلزایمر
سابقه و هدف: مطالعه های آسیب شناختی، تشکیل پلاک های فیبری و توده های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده اند. از آنجا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از aβ، aβ (1-42) و aβ (1-40) مورد بررسی قرار میگیرد. مواد و روش ها: ساختار nmr دو پپتید aβ (...
full textStructural Discrimination between Aβ(1-40) and Aβ(1-42) Peptides in Films with Vibrational Circular Dichroism Spectroscopy.
The secondary structure of full-length Aβ(1-40) and Aβ(1-42) peptides in films has been investigated with IR and vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy. From IR spectra, it is shown that the prepared films of Aβ(1-40) and Aβ(1-42) mainly comprise the β-sheet conformation that is characteristic of aggregated and fibrous Aβ. In the VCD spectra, the Aβ(1-42) film shows an intense and sh...
full textInteraction between soluble Aβ-(1-40) monomer and Aβ-(1-42) fibrils probed by paramagnetic relaxation enhancement.
The most common isoforms of amyloid-β (Aβ) proteins are composed of 40 or 42 amino acid residues. While Aβ-(1-40) is the predominant species, Aβ-(1-42) is more fibrillogenic and neurotoxic, suggesting that Aβ-(1-42) plays a critical role in the initiation of amyloid fibril formation. We investigated the mechanisms by which soluble Aβ-(1-40) associates with preformed Aβ-(1-42) seeds. A paramagne...
full textGinsenoside Rg1 attenuates oligomeric Aβ(1-42)-induced mitochondrial dysfunction.
Mitochondrial dysfunction is one of the major pathological changes seen in Alzheimer's disease (AD). Amyloid beta-peptide (Aβ), a neurotoxic peptide, accumulates in the brain of AD subjects and mediates mitochondrial and neuronal stress. Therefore, protecting mitochondrion from Aβ-induced toxicity holds potential benefits for halting and treating and perhaps preventing AD. Here, we report that ...
full textDirect Observations of Amyloid β Self-Assembly in Live Cells Provide Insights into Differences in the Kinetics of Aβ(1–40) and Aβ(1–42) Aggregation
Insight into how amyloid β (Aβ) aggregation occurs in vivo is vital for understanding the molecular pathways that underlie Alzheimer's disease and requires new techniques that provide detailed kinetic and mechanistic information. Using noninvasive fluorescence lifetime recordings, we imaged the formation of Aβ(1-40) and Aβ(1-42) aggregates in live cells. For both peptides, the cellular uptake v...
full textAβ(39-42) modulates Aβ oligomerization but not fibril formation.
Recently, certain C-terminal fragments (CTFs) of Aβ42 have been shown to be effective inhibitors of Aβ42 toxicity. Here, we examine the interactions between the shortest CTF in the original series, Aβ(39-42), and full-length Aβ. Mass spectrometry results indicate that Aβ(39-42) binds directly to Aβ monomers and to the n = 2, 4, and 6 oligomers. The Aβ42:Aβ(39-42) complex is further probed using...
full textMy Resources
Journal title
volume 6 issue None
pages 43- 50
publication date 2016-10
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
No Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023