مدل‌سازی و مطالعۀ بیوانفورماتیکی کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ نوع انسانی

Authors

  • جهانبازی جهان آباد, علی مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا، بیمارستان خاتم الانبیاء، تهران، ایران.
  • پرتو, فرشته آزمایشگاه غذا و دارو، معاونت غذا و دارو، دانشگاه علوم پزشکی قزوین، قزوین، ایران.
  • یلمه, رحمان مرکز تحقیقات علوم اعصاب شفا، بیمارستان خاتم الانبیاء، تهران، ایران.
Abstract:

  مقدمه : تعیین ساختار سوم پروتئین‌ها با استفاده از روش کریستالوگرافی اشعۀ X ، روشی زمان‌بر بوده که نیازمند تسهیلات خاص و اپراتور‌های متخصص می‌باشد. تعیین ساختار سوم با استفاده از روش ‎ های بیوانفورماتیک برای مطالعات آزمایشگاهی و به ویژه اکتشاف داروها و ارتباطات تکاملی ارزشمند است. در مطالعۀ حاضر با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی و پایگاه‌های اطلاع رسانی، ساختارهای سوم انواع کانال‌های سدیمی انسان تعیین و ارتباطات تکاملی آن‌ها بررسی شد . مواد و روش‌ها : توالی ‎ های آمینو اسیدی کانال‌های سدیمی از Uniprot به دست آمد و از SWISS-MODEL جهت پیشگویی ساختار سوم استفاده شد. ساختار سوم این کانال‌ها با استفاده از نرم‌افزار SWISS-MODEL با استفاده از الگوریتم ‌تعریف شده برای Protein BLAST ، پیشگویی شدند . ساختارهای پیشگویی شده با استفاده از نرم افزار Molegro Virtual Viewer تصویربرداری شد. برای تعیین ارتباطات تکاملی انواع کانال‌های سدیمی از نرم‌افزار Mega 5 جهت رسم درخت فیلوژنی براساس توالی کانال‌ها، استفاده شد. شناسایی ارتباطات متقابل کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ از طریق نرم‌افزار String db صورت گرفت . یافته‌ها : بر اساس اطلاعات پایگاه‌ داده-های نورون، 9 نوع کانال یونی سدیم در انسان وجود دارد که به‌ صورت SCN1A-5A و SCN8A-11A نام‌گذاری می-شوند . نرم افزار SWISS-MODEL تنها قادر به پیشگویی برخی دُمین‌های کانال‌های سدیمی با درصد شناسایی بالا می‌باشد. درصد یکسانی توالی‌ها برای هر کانال‌های سدیمی وابسته به ولتاژ متفاوت و از 57/16 درصد (SCN4A) تا 100 درصد (برای SCN2A و SCN5A) متغیر بود. نتایج حاصل از انجام هم‌ترازی توالی‌ها (BLAST) و ترسیم درخت فیلوژنیک، حاکی از آن است که پروتئین کانال سدیمی حیواناتی نظیر شامپانزه، میمون و گوریل نسبت به سایر جانوران، دارای درصد تشابه توالی بیشتری با انسان هستند . نتیجه ‎ گیری : در اغلب موارد SWISS-MODEL برای پیشگویی ساختار سه ‌بعدی پروتئین‌های کانال سدیمی مناسب نمی‌باشد. بنابراین پیشنهاد می‌شود که در مدل-های آزمایشگاهی مطالعات کانال‌های سدیمی و طراحی یا ارزیابی داروها بهتر است از حیوانات فوق الذکر استفاده شود. در این صورت نتایج حاصل از کارآزمایی‌های حیوانی قابلیت تعمیم بیشتری به انسان خواهند داشت .

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مدل سازی و مطالعۀ بیوانفورماتیکی کانال های سدیمی وابسته به ولتاژ نوع انسانی

مقدمه : تعیین ساختار سوم پروتئین ها با استفاده از روش کریستالوگرافی اشعۀ x ، روشی زمان بر بوده که نیازمند تسهیلات خاص و اپراتور های متخصص می باشد. تعیین ساختار سوم با استفاده از روش ‎ های بیوانفورماتیک برای مطالعات آزمایشگاهی و به ویژه اکتشاف داروها و ارتباطات تکاملی ارزشمند است. در مطالعۀ حاضر با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی و پایگاه های اطلاع رسانی، ساختارهای سوم انواع کانال های سدی...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

بررسی تاثیرات درهم تنیدگی در کانال وابسته به ولتاژ سدیمی و معرفی معادله هاجکین-هاکسلی تصحیح شده کوانتومی

در این پایان نامه تاثیرات درهم تنیدگی کوانتومی در کانال وابسته به ولتاژ سدیم بررسی شده و به دنبال اعمال این تاثیرات معادله هاجکین-هاکسلی کلاسیک به شکل کوانتومی تصحیح می شود. حقیقتا معادله هاجکین-هاکسلی از سال 1952 تاکنون کارآمدترین معادله ای بوده است که در توضیح رفتار پالس های نورونی و رفتار شبکه نورون ها کارایی داشته است. اما انگیزه اصلی برای تصحیح این معادله کلاسیک تحقیقاتی بود که در سال 2006...

15 صفحه اول

جداسازی مونت موریلنیت از بنتونیت نوع سدیمی و کلسیمی

معمولا در ذخیره بنتونیت علاوه بر کانی اصلی مونت موریلنیت کانی های رسی و غیر رسی بعنوان ناخالصی می توانند وجود داشته باشند. در برخی از صنایع مانند صنایع دارویی، غذایی، تولید نانو کامپوزیت ها و کاتالیست ها نیاز به مونت موریلنیت با خلوص بالا هست، بنابراین جداسازی مونت موریلنیت از کانی های همراه ضروری است. بعلت ریز دانه بودن بلورهای مونت موریلنیت نسبت به ناخالصیهای همراه می­توان آنها را بر اساس اند...

full text

بررسی اثرات نوع الکترود و گرادیان ولتاژ بر تغلیظ آب انگور به روش گرمایش اهمی

گرمایش اهمی، فرآیندی گرمایشی است که با عبور جریان الکتریسته متناوب از داخل ماده غذایی ایجاد گرما می­کند. در این تحقیق، اثر گرادیان­ولتاژ (10، 14، 18 و V/cm22) و نوع الکترود (فولاد زنگ​نزن، آلومینیوم و برنجی) در فرآیند تغلیظ آب­انگور به کمک سامانه گرمایش اهمی، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج به​دست آمده نشان داد که گرایان­ولتاژ و نوع الکترود بر روی مدت​زمان گرمایش، انرژی مصرفی و همچنین عملکرد سامانه...

full text

جداسازی مونت موریلنیت از بنتونیت نوع سدیمی و کلسیمی

معمولا در ذخیره بنتونیت علاوه بر کانی اصلی مونت موریلنیت کانی های رسی و غیر رسی بعنوان ناخالصی می توانند وجود داشته باشند. در برخی از صنایع مانند صنایع دارویی، غذایی، تولید نانو کامپوزیت ها و کاتالیست ها نیاز به مونت موریلنیت با خلوص بالا هست، بنابراین جداسازی مونت موریلنیت از کانی های همراه ضروری است. بعلت ریز دانه بودن بلورهای مونت موریلنیت نسبت به ناخالصیهای همراه می­توان آنها را بر اساس اند...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 2  issue 2

pages  21- 30

publication date 2014-06

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023