مدل‌سازی شبکۀ‌ ژنی و کاوشگری در برخی از بافت‌های گونۀ گاو با استفاده از داده‌های ریزآرایۀ DNA

Authors

  • امیر رشیدی استاد، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
  • امین مرتضوی دانشجوی دکتری، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
  • محمد رزم کبیر دانشیار، ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
  • مصطفی قادری-‌زفره‌ئی استادیار زیست سامانه‌های محاسباتی، گروه علوم دامی دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران
  • پرهام مرادی دانشیار رایانه، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
Abstract:

هدف از این پژوهش، شناسایی ژن‌ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه‌های بیزی در داده­های بیان ژن  و کاوشگری در بافت‌های مختلف گونۀ گاو با استفاده از داده‌های ریزآرایۀ DNA بود. با استفاده از داده­های خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن‌ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی‌شده و سپس شبکۀ بیزی، برای آن‌ها برازش داده شد. ژن­ها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجه­های درجۀ درون و بیرون شناسایی شدند. اندازۀ پوشش مارکفی در شبکه­های مختلف متفاوت بود که به‌احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکه­های یادشده در بافت­های مختلف است. در روش شبکۀ ژن محور­، در بافت ماهیچۀCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871  وINHBA  به‌عنوان ژن‌های هاب شناسایی شدند. هم­چنین در روش ایجاد شبکۀ کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافت­های کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژن­ها در روش ژن محور در ایجاد شبکۀ ژنی به‌عنوان ژن هاب استخراج نشدند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

The effect of cyclosporine on asymmetric antibodies and serum transforming growth factor beta1 in abortion-prone model of mice CBA/J x DBA/2

كچ ي هد فده و هقباس : ي ک ي طقس زورب للع زا اه ي ،ررکم ا لماوع تلاخد ي ژولونوم ي ک ا رد ي ن قم طققس عون ي وراد دقشاب ي س ي روپسولک ي ،ن ح لدم رد طقس شهاک بجوم ي ناو ي CBA/j×DBA/2 م ي تنآ ددرگ ي داب ي اه ي ان و راققتم TGF-β لماوع زا عت مهم يي ن گلماح تشونرس هدننک ي سررب روظنم هب رضاح هعلاطم تسا ي ات ث ي ر اس ي روپسولک ي ن م رب ي از ا ي ن تنآ عون ي داب ي س و اه ي اکوت ي ن TGF...

full text

The Study of Stressful Factors in Clinical Education for Nursing Students Studying in Nursing and Midwifery College in Khorramabad

کچ هدي پ شي مز هني فده و : شزومآ لاب يني شخب ساسا ي شزومآ مهم و راتسرپ ي تسا . و هنوگ ره دوج لکشم ي شزومآ رد لاب يني ، آراک يي هدزاب و ا ني شزومآ زا شخب راچد ار لکشم م ي دنک . فده اب رضاح شهوژپ سررب ي لماوع سرتسا از ي شزومآ لاب يني رد وجشناد ناي راتسرپ ي هدکشناد راتسرپ ي و يامام ي ماـجنا داـبآ مرـخ تسا هتفرگ . شور و داوم راک : رضاح هعلاطم کي هعلاطم صوت يفي عطقم ي تسا . د...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

The study of relationship between the tension-making factors and mental health of Semnan nurses

هديكچ فده و هقباس : راتسرپ هفرح ي م رد سرتسارپ لغاشم ردص رد ي ب لغاشم نا تشاده ي نامرد و ي لـماوع و دراد رارـق سرتسا از ي لغش ي ددعتم ي ناور تملاس ي لغاش ي ا ن ي م رارق رطخ ضرعم رد ار هفرح ن ي دهد . فدـه اـب رـضاح شهوژپ سررب ي ت أ ث ي نت لماوع ر ي گد ي ناور تملاس رب از ي نانمس رهش ناراتسرپ دش ارجا . شور و داوم اه : رامآ هعماج ي زا دوب ترابع لك ي ر ناراتسرپ ه مس ي ب ي ناتسرام اه ي رهش هك ...

full text

مدلسازی حجم تجاری درختان توده‌های آمیختۀ راش جنگل‌های هیرکانی با استفاده از شبکۀ عصبی مصنوعی

پیش­بینی دقیق حجم درختان سرپا برحسب متر مکعب مبنای برآورد هر چه دقیق‌تر مقدار رویش، برداشت مجاز، ترسیب کربن زی‌تودۀ هوایی درختان و مدیریت بهینۀ جنگل براساس اصل توسعۀ پایدار محسوب می‌شود. از این‌رو، تحقیق حاضر با استفاده از شبکۀ عصبی مصنوعی در پی مدلسازی و پیش‌بینی حجم تجاری با حداکثر قطعیت است. پژوهش موردی جنگل سری 3 گلندرود نور بوده و اطلاعات دریافتی مستخرج از جدول‌های تجدید حجم ادارۀ کل منابع...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 49  issue 2

pages  297- 310

publication date 2018-08-23

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023