طراحی بیوانفورماتیکی دئوکسی ریبوزایم 23-10 علیه ناحیه غیر ترجمه شونده قبل از کدون آغاز ژن بتاگالاکتوزیداز (lacZ) در ناقل pGEM-T
Authors
Abstract:
زمینه و هدف: دئوکسی ریبوزایم‌ها الیگودئوکسی ریبونوکلئوتیدهایی هستند که کاتالیز واکنش‌هایی مثل برش RNA را انجام می‌دهند و کاربردهای تشخیصی و درمانی دارند. دئوکسی‌ریبوزایم 23-10 شامل یک دومین کاتالیتیک وابسته به کاتیون 15 نوکلئوتیدی ثابت و دو بازوی متصل شونده متغیر است که باعث اختصاصیت آنزیم میشوند. اپران لاکتوز در فرایند غربالگری سفید- آبی کاربرد دارد، این اپران شامل 3 ژن به صورت پلی سیسترونیک است. در این تحقیق بیوانفورماتیکی دئوکسی ریبوزایمی علیه ژن آلفا پپتید بتاگالاکتوزیداز در اپران لاکتوز طراحی شد. روش بررسی: نقشه ژنی پلاسمید pGEM-T از سرور addgene گرفته و توالی ژن آلفا پپتید مشخص شد. سپس با مقایسه توالی پروتئینی با قالب‌های خوانشی مختلف منتج از سایت expasy، قالب خوانشی صحیح انتخاب گردید. در این مرحله، کل توالی مکمل معکوس شد تا توالی mRNA به دست آید. ساختار ثانویه با کمترین انرژی آزاد از سرور mfold گرفته شد و یک ناحیه فاقد ممانعت فضایی در آن پیدا شد. با توجه به اینکه دئوکسی‌ریبوزایم 23-10 قابلیت برش بین یک پورین جفت نشده و یک پیریمیدین جفت شده را دارد؛ یک AC در جایگاه اتصال ریبوزوم در ناحیه غیر ترجمه شونده انتخاب شد و ۹ باز در طرفین آن، به‌عنوان بازوهای متصل شونده در نظر گرفته شد. بررسی عدم وجود توالی مشابه در باکتری میزبان توسط سرور NCBI انجام شد. درنهایت فعالیت و اتصال دئوکسی‌ریبوزایم توسط سرور mfold پیش‌بینی شد. یافته ها: نتایج این تحقیق نشان داد که دئوکسی ریبوزایم طراحی شده دارای Tm نسبتاً بالا با دو بازوی هم اندازه 9 نوکلئوتیدی است که کارایی آن را افزایش می دهد. نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از این پژوهش می‌تواند برای کنترل بیان ژن lacZ به‌عنوان یک نشانگر زیستی مورد استفاده قرار گیرد.
similar resources
طراحی، ساخت، آنالیز تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیکی کاست ژنیRTB-ipaD: راهی نوین در جهت تولید واکسن شیگلوزیس
زمینه و هدف: شیگلا شایع ترین عامل اسهال می‌باشد. آنتی‌ژن پلاسمیدی IpaD برای تهاجم باکتری به درون سلول میزبان ضروری می‌باشد. یکی از چالش‌ها در باره واکسن مخاطی علیه شیگلا بر پایه پروتئین IpaD قدرت پایین آن می‌باشد. به نظر می‌رسد که با متصل کردن IpaD به یک ناقل و ادجوانت مناسب همچون زیر واحد B سم ریسین، می‌توان پروتئین IpaD را بسیار ایمنوژنیک نمود. این مطالعه به منظور تولید وکتور بیانی نوترکیب دا...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textارزیابی بیوانفورماتیکی پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) بیماری‌زا در ناحیه کد‌کننده ژن پروتئین پریون انسانی (PRNP)
زمینه و هدف: پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی عامل ایجاد تنوع ژنتیکی در جانداران میباشند و در این میان، پلیمورفیسمهای تک نوکلئوتیدی غیر مترادف (nsSNPs) باعث تغییر در باقیمانده‌های اسیدآمینه میشوند. تحقیق اخیر با هدف بررسی احتمال ارتباط بین تمامی چندشکلی‌های گزارش‌شده از ژن پریون انسانی و بروز بیماری انجام‌شده است. مواد و روش‌ها: در این مطالعه توالی اسیدآمینه ایزوفرم اصلی ژن پروتئین پریون انسان...
full textطراحی، ساخت، آنالیز تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیکی کاست ژنیrtb-ipad: راهی نوین در جهت تولید واکسن شیگلوزیس
زمینه و هدف: شیگلا شایع ترین عامل اسهال می باشد. آنتی ژن پلاسمیدی ipad برای تهاجم باکتری به درون سلول میزبان ضروری می باشد. یکی از چالش ها در باره واکسن مخاطی علیه شیگلا بر پایه پروتئین ipad قدرت پایین آن می باشد. به نظر می رسد که با متصل کردن ipad به یک ناقل و ادجوانت مناسب همچون زیر واحد b سم ریسین، می توان پروتئین ipad را بسیار ایمنوژنیک نمود. این مطالعه به منظور تولید وکتور بیانی نوترکیب دا...
full textنقش پلی مورفیسم کدون 10 ژن TGF-β1در بیماران مبتلا به عفونت مزمن هپاتیت C
سابقه و هدف: فاکتور رشد (Transforming Growth Factor-Beta 1 (TGF-β دارای نقش مهاری در هموستاز پاسخ ایمنی سلولهای T و سلول های T تنظیمی است و عامل تنظیم کننده پاسخ ایمنی بر ضد عفونت های ویروسی می باشد. کدون شماره 10 این پروتئین در پپتید نشانه آن واقع شده و در فرایند ترشح سایتوکاین ایفای نقش می نماید. این مطالعه به منظور بررسی پلی مورفیسم لوسین- پرولین کدون 10 TGF-β در بیماران مبتلا به عفونت مزمن ...
full textMy Resources
Journal title
volume 19 issue 6
pages 1- 12
publication date 2018-02
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
No Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023