شناسایی و ردیابی Phytophthora erythroseptica و دورگ‌های آن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی

گونه­یPhytophthora erythroseptica ، عامل پوسیدگی صورتی سیب­زمینی، یکی از اُاُمیست­های بیماری­زای گیاهی است که خسارت اقتصادی قابل توجهی را در مزرعه و انبار وارد می­کند. به منظور شناسایی و ردیابی دقیق و حساس P. erythroseptica ، شش توالی هسته­ای و میتوکندریایی برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مورد بررسی قرار گرفت. به دلیل شباهت زیاد توالی­های P. erythroseptica به خویشاوندان نزدیکش، تنها یک توالی هسته­ای (TigA) برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مناسب تشخیص داده شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، شیوه­ای از واکنش زنجیره­ای ساده و تودرتو برای شناسایی و ردیابی P. erythroseptica ابداع شد. اختصاصیت آغازگرهای طراحی شده با استفاده از مجموعه­ای از گونه­های فیتوفتورا متعلق به تبارهای فیلوژنتیکی مختلف و نیز خویشاوندان نزدیک P. erythroseptica ارزیابی شد. ردیابی P. erythroseptica در دی­ان­ای خالص بیمارگر و دی­ان­ای استخراج شده از بافت­های گیاهی آلوده شامل سیب­زمینی، گوجه­فرنگی و اسفناج با استفاده از آغازگرها با موفقیت انجام شد. آغازگرهای اختصاصی10 پیکوگرم از دی­ان­ای خالص P. erythroseptica را در واکنش زنجیره­ای پلیمراز ساده ردیابی کردند، با این حال واکنش زنجیره­ای پلیمراز تودرتو، حساسیت آغازگرها را حداقل صد برابر افزایش داد. همچنین، آغازگرهای اختصاصی قادر به ردیابی P. erythroseptica به عنوان والد پدری یا مادری در جدایه­های دورگ بودند؛ این ویژگی به شناسایی یکی از والدین در دورگ­های P. erythroseptica کمک شایانی می­کند