توسعه سیستم‌های Multiplex PCR-STR جهت آنالیز داده‌های ژنتیکی جمعیت ایرانی

Authors

  • علی‌مقدم, کامران تهران ـ ایران
  • غفاری, سید حمید تهران ـ کارگر شمالی ـ تهران ـ ایران
  • قره‌باغیان, احمد تهران ـ ایران
  • قوام‌زاده, اردشیر تهران ـ ایران
  • چهاردولی, بهرام تهران ـ ایران
Abstract:

  چکید ه   سابقه و هدف   تکثیر لکوس‌های STR (توالی‌های تکرار شونده کوتاه، (Short Tandem Repeats به عنوان یک روش مفید در تعیین هویت انسان به کار می‌رود. در حال حاضر آنالیز پلی‌مورفیسم‌های STR نه تنها در پزشکی قانونی و تعیین ابوت بلکه در زمینه‌های مختلف تشخیص پزشکی شامل ارزیابی وضعیت کایمریسم و بررسی بیماران پس از پیوند آلوژنیک مغز استخوان (BMT) نیز معرفی می‌گردد.   مواد و روش‌ها   در این مطالعه توصیفی، نمونه‌های خون از 100 نفر از جمعیت ایرانی به صورت تصادفی به دست آمد. به منظور گسترش سیستم‌های مولتی پلکس STR ، ارزیابی فراوانی از نظر نحوه ترکیب و تکثیر لکوس‌ها انجام گرفت و 3 سیستم تریپلکس STR بدون هم‌پوشانی به دست آمد. تریپلکس DDT شامل لکوس‌های TH01 ، D4S2366 ، D16S539 ؛‌تریپلکس VFF حاوی لکوس‌های F13A01 ، FES/FPS و VWA و تریپلکس DTC حاوی لکوس‌های CSF1PO ، Tpox و D13S317 می‌باشند.   یافته‌ها   از اطلاعات آماری رایج، در تعیین ابوت و پزشکی قانونی از قبیل هتروزیگوسیتی( H )، احتمال تشابه دو فرد در یک نمونه جمعیتی( PM )، قدرت تمایز بین افراد یک جمعیت( PD )، قدرت حذف( PE ) و اندیکس ابوت( PI ) و نیز فراوانی آللی برای جمعیت ایرانی با استفاده از هر 3 سیستم مولتی‌پلکس و لکوس‌های نماینده‌شان تعیین شد. برای تمام لکوس‌ها هیچ انحرافی از معادله هاردی ـ وین‌برگ دیده نشد.   نتیجه گیری   گسترش این سیستم‌های مولتی پلکس STR ، باعث ایجاد درجه بالایی از قدرت تمایز (9999999997/0 (PD= و احتمال تشابه دو فرد در یک نمونه جمعیتی( = PM 1 در 109 * 6/3) می‌گردد که بر کاربردی بودن این سیستم‌ها در پزشکی قانونی و تعیین هویت انسان تاکید می‌نماید.    

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

توسعه سیستم های multiplex pcr-str جهت آنالیز داده های ژنتیکی جمعیت ایرانی

چکید ه   سابقه و هدف   تکثیر لکوس های str (توالی های تکرار شونده کوتاه، (short tandem repeats به عنوان یک روش مفید در تعیین هویت انسان به کار می رود. در حال حاضر آنالیز پلی مورفیسم های str نه تنها در پزشکی قانونی و تعیین ابوت بلکه در زمینه های مختلف تشخیص پزشکی شامل ارزیابی وضعیت کایمریسم و بررسی بیماران پس از پیوند آلوژنیک مغز استخوان (bmt) نیز معرفی می گردد.   مواد و روش ها   در این مطالعه تو...

full text

Constructing STR multiplex assays.

Multiplex polymerase chain reaction (PCR) refers to the simultaneous amplification of multiple regions of deoxyribonucleic acid (DNA) using PCR. Commercial short tandem repeat (STR) assays that can coamplify as many as 16 different loci have become widely used in forensic DNA typing. This chapter will focus on some of the aspects of constructing robust STR multiplex assays, including careful de...

full text

STR-typing of ancient skeletal remains: which multiplex-PCR kit is the best?

AIM To comparatively test nine co mmercially available short tandem repeat (STR)-multiplex kits (PowerPlex 16, 16HS, ES, ESI17, ESX17, S5 [all Promega]; AmpFiSTR Identifiler, NGM and SEfiler [all Applied Biosystems]) for their efficiency and applicability to analyze ancient and thus highly degraded DNA samples. METHODS Fifteen human skeletal remains from the late medieval age were obtained an...

full text

Performance characteristics of commercial Y-STR multiplex systems.

In this work, a number of performance checks were carried out to evaluate the efficacy of commercial Y-short tandem repeats (Y-STR) kits for casework applications. The study evaluated the sensitivity, specificity and stability of the Y-STR markers used and the ability to obtain a male profile from postcoital samples taken at various time points after intercourse. All systems performed well with...

full text

Fluorescent multiplex analysis of nine STR loci: Spanish population data.

A total of 171 Caucasians living in Andalucia (southern Spain) have been typed for nine short tandem repeat (STR) loci by multiplex PCR amplification using a commercially available kit (Profiler Plus; Perkin-Elmer, Norwalk, CT, USA) and semi-automatic electrophoresis (ABI Prism 377 DNA Sequencer, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). The kit enables typing of the STR loci D3S1358, VWA, FGA...

full text

Multiplex PCR design strategy used for the simultaneous amplification of 10 Y chromosome short tandem repeat (STR) loci.

The simultaneous amplification of multiple regions of a DNA template is routinely performed using the polymerase chain reaction (PCR) in a process termed multiplex PCR. A useful strategy involving the design, testing, and optimization of multiplex PCR primer mixtures will be presented. Other multiplex design protocols have focused on the testing and optimization of primers, or the use of chimer...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 11  issue 4

pages  306- 317

publication date 2015-01

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023