توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن‌های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک

Authors

  • جبالی, علی دکتری تخصصی نانو فناوری پزشکی، استادیار گروه علوم و فناوری‌های نوین پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
  • حکمتی مقدم, سید حسین دکتری حرفه‌ای پاتولوژی، دانشیار گروه علوم آزمایشگاهی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
  • زندی, هنگامه دکتری تخصصی میکروبیولوژی، استادیارگروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
  • شریعت, سیمین دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی پزشکی، گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران.
  • کلانتر, سید مهدی دکتری تخصصی ژنتیک پزشکی‌، استاد گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران
Abstract:

مقدمه: یکی از روش‌های جدید کنترل عفونت‌های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سنس (مکمل) برای مهار ژن‌های ضروری است‌. هدف این مطالعه بررسی 4 توالی مکمل علیه ژن rpoD استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن‌های انسانی بود.  روش: نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) مراجعه و ژن rpoD در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mRNA آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی mRNA و بر طبق معیار‌های ترمودینامیک 4 توالی مکمل mRNA انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی‌های مکمل انتخابی به صورت تک‌تک با تمامی ژن‌های انسانی با الگوریتم BlastN مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، GAAGAAGTTGGTA‌، بهترین آنتی‌سنس بود و پایین‌ترین Overall ∆G را داشت. تطابق توالی‌های مکمل نشان داد که آنتی‌سنس شماره‌های 1 و 2 و 4 اهداف زیادی در سطح mRNA‌های انسانی داشته، اما آنتی‌سنس شماره 3 با توالی GAAGCAATTAATT بسیار ایده‌آل بوده و تنها می تواند ژن rpoD را هدف قرار دهد. نتیجه‌گیری:  با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر‌های ترمودینامیک می‌توان توالی‌های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس‌ها می‌توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول‌های انسانی داشته باشند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن rpod در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک

مقدمه: یکی از روش های جدید کنترل عفونت های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی سنس (مکمل) برای مهار ژن های ضروری است . هدف این مطالعه بررسی 4 توالی مکمل علیه ژن rpod استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن های انسانی بود.  روش: نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (ncbi) مراجعه و ژن rpod در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mrna آن تولید گردید. سپ...

full text

بررسی نقش باکتری انتروکوک فکالیس در مهار رشد باکتری استافیلوکوک ارئوس از طریق تولید یک ترکیب ضد میکروبی

سایقه و هدف: هدف از انجام این تحقیق، بررسی نقش باکتری انتروکوک فکالیس در مهار رشد باکتری استافیلوکوک ارئوس از طریق تولید یک ترکیب ضد میکروبی می‌باشد. مواد و روش ها: پس از کشت انتروکک فکالیس با مشخصه PTCC1394 و ATCC9854 در محیط کشت BHI agar ، سانتریفوژ و جداسازی توده میکروبی، ماده ضدمیکروبی آن توسط روش دیالیز خالص سازی شد.اثر ضدمیکروبی ترکیب حاصل بر باکتری‌های شاخص گرم مثبت و گرم منفی به روش ...

full text

بررسی نقش باکتری انتروکوک فکالیس در مهار رشد باکتری استافیلوکوک ارئوس از طریق تولید یک ترکیب ضد میکروبی

سایقه و هدف: هدف از انجام این تحقیق، بررسی نقش باکتری انتروکوک فکالیس در مهار رشد باکتری استافیلوکوک ارئوس از طریق تولید یک ترکیب ضد میکروبی می باشد. مواد و روش ها: پس از کشت انتروکک فکالیس با مشخصه ptcc1394 و atcc9854 در محیط کشت bhi agar ، سانتریفوژ و جداسازی توده میکروبی، ماده ضدمیکروبی آن توسط روش دیالیز خالص سازی شد.اثر ضدمیکروبی ترکیب حاصل بر باکتری های شاخص گرم مثبت و گرم منفی به روش چاه...

full text

مطالعه تاثیر روغن‌های فرار برخی از گیاهان سنتی بر روی باکتری استافیلوکوک اورئوس در پنیرهای صنعتی

  مقدمه : در این تحقیق تاثیر روغن‌های فرار گیاهان نعناع، زیره، ترخان، آویشن و پونه در دو غلظت (نزدیک به MIC هر روغن فرار) بر روی جمعیت باکتری استافیلوکوکوس ارئوس در پنیر سفید ایرانی بررسی شد.   روش بررسی : برای این منظور تعداد 25 بسته 100 گرمی پنیر برای هر غلظت روغن فرار در نظر گرفته شد و غلظت‌های 3/0 و 4/0 درصد روغن‌های فرار گیاهان نعناع، پونه، زیره و ترخان و غلظت‌های 1/0 و 2/0 درصد برای روغن‌...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 2  issue None

pages  211- 218

publication date 2016-03

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023