تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه‌یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری
Authors
Abstract:
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه‌سازی‌شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت‌های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه‌ای متراکم حاوی 75000 SNP به اضافۀ QTLهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه‌ای با تراکم متوسط حاوی 7500 SNP بود. ژنوتیپ افراد جمعیت‌های آزمون بر مبنای تراشه‌ای با تراکم پایین حاوی 500 SNP تعیین گردید. ایمپیوتیشن ژنوتیپی طی دو راهبرد انجام گرفت. در راهبرد دو‌مرحله‌ای، ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین به‌طور مستقیم از تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. در راهبرد سه‌مرحله‌ای، ابتدا ژنوتیپ تراشۀ تراکم پایین از تراشۀ تراکم متوسط ایمپیوت و سپس ژنوتیپ تراشۀ متراکم ایمپیوت شد. ایمپیوتیشن ژنوتیپی با روش BEAGLE صورت گرفت. بررسی همبستگی بین فراوانی آلل نادر با نرخ خطای ایمپیوتیشن نشان داد که نرخ خطای ایمپیوتیشن تحت تأثیر فراوانی آلل نادر قرار دارد. نرخ خطای ایمپیوتیشن زمانی که از تراشۀ SNP تراکم متوسط استفاده شد، کاهش یافت. با افزایش فاصله بین جمعیت مرجع و جمعیت‌های آزمون، نرخ خطای ایمپیوتیشن افزایش یافت.
similar resources
تعیین برخی عوامل مؤثر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن ژنوتیپی برای استفاده در مطالعات رابطه یابی سراسری ژنومی در گاوهای شیری
در این مطالعه اثر دو راهبرد متفاوت، تأثیر رابطۀ خویشاوندی بین جمعیت مرجع و جمعیت های آزمون، و اثر فراوانی آلل نادر بر نرخ خطای ایمپیوتیشن با استفاده از جمعیتی شبیه سازی شده، بررسی شد. جمعیت مرجع حاوی 1000 فرد و جمعیت های آزمون حاوی 500 فرد بود. ژنوتیپ افراد در جمعیت مرجع با دو تراشه تعیین شد. تراشۀ اول تراشه ای متراکم حاوی 75000 snp به اضافۀ qtlهای مؤثر بر صفات بود. تراشۀ دوم، تراشه ای با تراکم...
full textاستراتژیهای تعیین ژنوتیپ انتخابی گاوهای ماده در برنامه‌های انتخاب ژنومی با شبیه‌سازی جمعیت گاو شیری
زمینه مطالعاتی: افزودن اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی گاوهای ماده به جمعیت مرجع، راهبردی سودمند در افزایش میزان صحت و کاهش اریب برآورد ارزش اصلاحی ژنومی ارزیابی شده است. هدف: مطالعه حاضر تأثیر بکارگیری دادههای ژنومی گاوهای ماده در جمعیت مرجع توسط استراتژیهای متفاوت انتخاب، تعداد افراد ژنوتیپ شده و وراثتپذیری بر صحت و اریبی ارزش اصلاحی ژنومی را در جمعیت تأیید مورد بررسی قرار داد. روش کار: پس از ای...
full textتعیین عوامل مؤثر بر نرخ ارز در ایران
چکیده در یک اقتصاد باز، نرخ ارز به دلیل ارتباط متقابل آن با سایر متغیر‌های اقتصادی، متغیری کلیدی محسوب شده و از این‌رو توجه بسیاری از سیاست‌گذاران اقتصادی را به خود جلب کرده و در کانون توجه مطالعات تجربی قرار گرفته است. در این مطالعه عوامل مؤثر بر نرخ ارز در ایران با استفاده از آمار سری زمانی دوره‌ی 1392- 1357و با بهره‌گیری از روش خود توضیحی با وقفه‌های توزیعی (ARDL) بررسی شده است. نتایج ...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textتعیین برخی عوامل مؤثر بر طول عمر گاوهای هلشتاین (مطالعه موردی: گاوداری‌های مؤسسه اقتصادی رضوی)
چکیده: طول عمر به‌عنوان فاصله بین تولد و حذف بیان می‌شود که صفت مهم اقتصادی در گاوهای شیری برای افزایش سودآوری مدیریت گاو شیری است. هدف از این مطالعه تعیین عوامل مؤثر بر طول عمر در گاوهای شیری گاوداری‌های سازمان اقتصادی رضوی (خراسان رضوی، ایران) است. مجموعه داده‌ها شامل تولید شیر، طول عمر و پرونده بهداشتی مربوط به 11481 رأس گاو هلشتاین است که از شش گلهدر طول سال‌های1364 تا 1393جمع‌آوری شد...
full textMy Resources
Journal title
volume 45 issue 1
pages 9- 15
publication date 2014-04-21
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023