بررسی نواحی تنظیمی در پروموتور ژن‌های هم بیان تحت شرایط تنش دمای پایین در گوجه‌فرنگی

Authors

  • پرویز حیدری استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه صنعتی شاهرود، ایران
Abstract:

روش‌های نسل نوین توالی‌یابی همچون RNA-Seq توانایی ارائه حجم بالایی از اطلاعات در زمینه رونوشت ژن‌ها را دارند. بازسازی شبکه ژن‌های هم‌بیان بر اساس اطلاعات حاصل از داده‌های RNA-seq اطلاعات ارزشمندی جهت درک سیستم پاسخی گیاهان به تغییرات محیطی را ارائه می‌دهد. لذا در این تحقیق پروفایل کامل بیانی ژن‌های گوجه فرنگی تحت تیمار دمای پایین با استفاده از روش شبکه‌های هم بیان وزن‌دار مورد آنالیز قرار گرفت. نتایج کلاسترهای هم بیان نشان داد که 20267ژن‌ نرمال شده در هشت ماژول معنادار قرار می‌گیرند. نتایج آنالیز عبارات GO نشان داد که بین گروه‌های هم بیان عملکردهای متفاوتی بر حسب فرایندهای بیولوژی و عملکرد مولکولی وجود دارد. بر این اساس ماژول اول به پروتئین‌های شوک دمایی (HSPs) اختصاص یافت. پروتئین کینازها و پروتئین‌های درگیر در تغییرات پس از ترجمه به‌ترتیب در ماژول دوم و سوم قرار گرفتند. پروموتور ژن‌های ماژول پنج با توجه به الگوی بیان متفاوت در ژنوتیپ‌ها مورد بررسی قرار گرفت. عناصر سیس ACGTG و TTGACدر پروموتور همه ژن‌ها مشاهده شدند. عوامل رونویسی خانواده AP2/ERF و ZF-HD دارای بیشترین جایگاه اتصال در پروموتور ژن‌های ماژول پنج بودند. نتایج حاصل توانست عناصر تنظیمی کلیدی که در تنظیم بیان یک شبکه ژنی تحت تنش سرما و فرایندهای آنتی‌اکسیدانتی درگیر بودند، را معرفی نماید.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

گروه بندی و بررسی الگوی بیان ژن های خانواده bZIP در ریشه گیاه گوجه فرنگی تحت تنش دمای پایین

Transcription factors (TFs) are master regulators that control gene clusters Plant bZIP (basic region/leucine zipper) transcription factors play crucial roles in biological processes. The Tomato genome sequence contains 73 genes of bZIP transcription factors.  The bZIPs in tomato have never been classified. In this study, 73 genes of bZIP transcription factors were classified in 11 groups by th...

full text

تجزیه پروتئوم بذر علف گندمی بلند(Agropyronelongatum) تحت شرایط تنش خشکی و دمای پایین

در طی دوره رسیدگی بذر و جوانه¬زنی پس از آن، تغییرات عمده¬ای در بیان ژن¬ها، فرایندهای متابولیک و وضعیت فیزیولوژیک بذر رخ می¬دهد.به¬منظور ارزیابی الگوی پروتئوم بذرهای علف گندمی بلند در شرایط متفاوت رشدی شامل: بهینه (دمای C̊ 20 و پتانسیل آبی صفر بار)، تنش خشکی (دمای C̊ 20 و پتانسیل آبی 6- بار) و تنش دمای پایین (دمای C̊ 6 و پتانسیل آبی صفر بار) برای جوانه¬زنی قرار گرفتند. نمونه¬برداری از بذرهای خشک (ز...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

بررسی الگوی نواحی هم شیب تغییرات میانگین دمای سالانه ایران

دما یکی از عناصر مهم آب و هوایی است که از عوامل متعددی تأثیر می‌پذیرد. بررسی آن می‌تواند نقش عوامل مذکور را منعکس کند. هدف از این مطالعه، بررسی الگوی نواحی هم شیب تغییرات میانگین دمای سالانه ایران می­باشد. بدین منظور میانگین دمای سالانه‌ی ایران طیّ دوره‌ی آماری 50 ساله بررسی گردیده است. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که شیب تغییرات دمای ایران به پنج ناحیه‌ی تغییرات افزایشی شدید (ناحیه 1)، تغی...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 8  issue 23

pages  17- 26

publication date 2018-10-23

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023