بررسی مقایسه‌ای موتاسیون‌های نقطه‌ای ژن Cyc1 در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک

Authors: not saved

Abstract:

چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c552 (Cyc1) یک پروتئین پریپلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هِم A و B در ساختار Cyc1 و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc2) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند بیولیچینگ، گلوتامات 122 و هیستیدین 54 Cyc1 برای جهش نقطه‌ای در مطالعات بیوانفورماتیک انتخاب شد. ابتدا جهش‌ها توسط نرم‌افزار پایمول انجام و شبیه ‌سازی دینامیک مولکولی برای پروتئین‌های وحشی و جهش ‌یافته‌ E122D و H54I در Cyc1 صورت گرفت. تغییرات ساختار فضایی پروتئین‌های وحشی و جهش‌ یافته‌ توسط آنالیزهایRMSD ،RMSF ، Rg، SASA و پیوندهای هیدروژنی انجام شد. نتایج حاکی از پایداری دو پروتئین جهش‌ یافته پس از پایان شبیه ‌سازی بود. با تبدیل گلوتامات 122 به آسپارتات، یک مولکول اسیدی، اسیدی‌تر ‌شده و با کاهش بیش ‌از پیش پتانسیل ردوکس در مرکز راستیسیانین، باعث سرعت انتقال الکترون به Cyc1 خواهد شد. همچنین، با کاهش پتانسیل ردوکس در محل جهش سرعت انتقال الکترون به هِم A نیز افزایش خواهد یافت. در صورت تبدیل هیستیدین 54 به ایزولوسین، حلقه ایمیدازول الکترواستاتیک به اسیدآمینهای باریشه بدون بار تغییر کرده و درنتیجه منجر به تشکیل یک پیوند هیدروژنه قوی بین دو اسیدآمینه می‌شود. بنابراین، انتقال الکترون بین Cyc1 و CcO از طریق یک مولکول آب (W79) بهبود یافته و بهدنبال آن احتمالاً سرعت بیولیچینگ افزایش خواهد یافت.

Upgrade to premium to download articles

Already have an account?login

similar resources

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

full text

تاثیر غلظت های مختلف کانسنگ اورانیوم در فرآیند بیولیچینگ از طریق آنالیز بیان ژن سیتوکروم A1 باکتری اسیدیتیوباسیلوس گونه FJ2

فرایند اکسیداسیون و احیاء کانسنگ اورانیوم توسط باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس، با کمک زنجیره انتقال الکترون انجام می گیرد که یکی از مهم ترین اجزاء این زنجیره که در فرایند اکسیداسیون آهن دخیل است، ژن cycA1 می باشد. در این پروژه، جهت افزایش راندمان بیولیچینگ اورانیوم، بیان ژن cycA1 در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس در حضور چگالی های مختلف از کانسنگ اورانیوم، بررسی شده است. بدین منظور، باک...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

بررسی تأثیر پارامترهای مختلف در استحصال زیستی اورانیوم با استفاده از باکتری Acidithiobacillus ferrooxidans و کانسنگ آنومالی 2 ساغند یزد

بیولیچینگ عبارت است از تبدیل زیستی یک ترکیب فلزی نامحلول به شکلی محلول در آب که در این فرایند پارامترهای متعددی تاثیر گذار هستند. یکی از مهم ترین میکروارگانیسم های دخیل در فرایند بیولیچینگ اورانیوم باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس می باشد. با توجه به اهمیت و تأثیر پارامترهای محیطی مختلف در فرایند بیولیچینگ اورانیوم و فعالیت باکتری ها، هدف از این تحقیق، به دست آوردن مقادیر بهینه 5 پارامتر مهم ...

full text

بررسی اثر جهش ‏H230M‏ ژن ‏CoxB‏ در ‏باکتری اسیدیتیوباسیلوس‎‌‎فرواکسیدانس با ‏استفاده از شبیه‎‌‎سازی دینامیک مولکولی

در باکتری اسیدیتیوباسیلوسفرواکسیدانس، پروتئین‌های موجود در مسیر زنجیره انتقالالکترون از جمله پروتئین سیتوکروم C اکسیداز (CoxB)، پروتئین CoxB حاوی دو اتم مس (CuA, CuB) در ساختار خود می‌باشد. CuAنقش مهمی در انتقال الکترون دارد. طبق مطالعات قبلی، تبدیل هیستیدین به متیونین در پروتئین مشابه، منجر به افزایش پایداری پروتئین و بهبود عملکرد آن می‌شود. همچنین، اتصال متیونین به CuB در ساختار پروتئین وح...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}

Journal title

زیست شناسی جانوری تجربی

volume 7 issue 2

pages 135- 146

publication date 2018-11-22

unfollow

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com