بررسی تنوع ژنوم گونه‌های مختلف باکتری Azospirillum جداشده از مزارع گندم و ذرت با استفاده از rep-PCR

سابقه و هدف: جنس آزوسپیریلوم شامل ریزوباکتری‌های آزادزی، تثبیت‌کننده‌ی نیتروژن و محرک رشد گیاه هستند که می-توانند رشد و عملکرد بسیاری از محصولات زراعی مهم از جمله برنج و گندم را تحت تأثیر قرار دهند. این مطالعه با هدف جداسازی و شناسایی گونه‌های بومی مختلف آزوسپیریلوم و بررسی تنوع ژنتیکی آن‌ها به عنوان عوامل محرک رشد گیاه انجام شد.مواد و روش‌ها: در این مطالعه نمونه‌های خاک و ریشه‌ی مزارع گندم و ذرت استان اصفهان جمع‌آوری و در لوله‌های محتوی محیط کشت نیمه‌جامد فاقد نیتروژن NFB (Nitrogen-Free Bromothymol blue) کشت شد. سپس جدایه‌های آزوسپیریلوم براساس خصوصیات مرفولوژیکی برروی محیط کشت‌های اختصاصی و نیمه اختصاصی نظیر NFB جامد وRC (Rojo Congo) جداسازی و خالص‌سازی گردید. جهت شناسایی و تشخیص جدایه‌های آزوسپیریلوم آزمایش‌های مولکولی نظیر آزمون واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)، توالی‌یابی ژن 16S rRNAو تولید انگشت‌نگاری ژنومیکی توسط آزمون rep-PCR (repetitive extragenic palindromic elements-polymerase chain reaction) انجام شد.یافته‌ها: تکثیر قطعات 646 و 263 جفت بازی به ترتیب توسط آغازگرهای اختصاصی Az16S-A و Azo494-F/Azo756-R وجود باکتری‌های آزوسپیریلوم را تأیید نمود. در توالی‌یابی ژن 16S rRNA نیز گونه‌های A. brasilense، A. lipoferum. و A. zeae مشخص گردید. انگشت‌نگاری ژنوم جدایه‌های باکتریایی نیز نقوش منحصر بفرد ژنتیکی را از طریق تکثیر عناصر تکراری BOX (BOX-AIR)، ERIC (ERIC IR, ERIC 2: Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus) و REP (REP IR, REP 2: Repetitive Extragenic Palindromic) برای هر جدایه تولید نمود و وجود تنوع ژنتیکی زیاد بین جدایه‌ها را نشان داد.