برآورد اجزای واریانس وزن بدن گوسفند مرینوس در تولد و شیرگیری با استفاده از نشانگرهای تک نوکلئوتیدی و دو رویکرد حداکثر درست‌نمایی محدود شده و بیزی

Authors

Abstract:

مقدمه: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی با اطلاعات شجره‌ای و ژنومی، از ملزومات پیش‌بینی صحیح ارزش‌های اصلاحی می‌باشد. دسترسی به آرایه‌های چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی (SNP) با تراکم بالا و افزایش تعداد حیوانات با اطلاعات ژنوتیپی، دقت و صحت برآوردهای مبتنی بر جمعیت را افزایش می‌دهد. انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه‌ای قادر است بیشتر واریانس ژنتیکی را توسط نشانگرها توجیه نماید. هدف از مطالعه حاضر، برآورد مؤلفه واریانس ژنتیکی افزایشی برای صفات وزن تولد و وزن شیرگیری در گوسفند مرینوس با دو روش حداکثر درست‌نمایی محدود شده و بیزی بود. مواد و روش‌ها: برای انجام این پژوهش از اطلاعات گوسفندان مرینوس استرالیایی که با تراشه نشانگری SNP50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، استفاده شد. پس از کنترل کیفیت داده‌های فنوتیپی و نشانگری، 2189 فرد و 45875 نشانگر برای انجام تجزیه و تحلیل استفاده شدند. صفات مورد بررسی در این تحقیق، وزن تولد (1331 رکورد) و وزن شیرگیری (2136 رکورد) بودند. برای مطالعه رابطه بین فراوانی آللی و مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده، SNPها در پنج گروه مختلف از فراوانی آللی کمیاب (MAF)، با تعداد تقریبا برابر در هر گروه، طبقه بندی شدند (18/0-0، 28/0-18/0، 36/0-28/0، 43/0-36/0 و 499/0-43/0). تجزیه و تحلیل با دو رویکرد حداکثر درست‌نمایی محدود شده (REML) و بیزی با استفاده از تکنیک نمونه‌گیری گیبس و مدل RKHS انجام گرفت. یافته‌ها: مقدار وراثت‌پذیری ژنومی برآورد شده با همه SNPها در رویکر REML برای وزن تولد و وزن شیرگیری به ترتیب برابر 07/0±58/0 و 05/0±46/0 بود. این مقدار وراثت‌پذیری در آنالیز بیزی و به روش RKHS برای صفات مذکور به ترتیب برابر 07/0±58/0 و 05/0±46/0 برآورد شد. برآوردهای به دست آمده از 5 گروه مختلف MAF، در آنالیزهای جداگانه و توأم، با هم متفاوت بود. برای هر دو صفت، در دو رویکرد REML و بیزی، مقادیر واریانس ژنتیکی افزایشی در تجزیه‌های جداگانه، برای همه گروه‌ها، بیشتر از مقادیر به دست آمده در آنالیز توأم بود. در تجزیه و تحلیل مجزای گروه‌های مختلف MAF، در هر دو رویکرد ، مقدار وراثت‌پذیری ژنومی به دست آمده، برای گروه‌های مختلف، مشابه بود ولی در تجزیه توأم، بین دو رویکرد REML و بیزی مقدار واریانس ژنتیکی توجیه شده در زیرگروه‌های مختلف MAF، تفاوت زیادی وجود داشت. در رویکرد REML در تجزیه و تحلیل توأم، مقدار وراثت‌پذیری برای گروه 2 (28/0-18/0MAF=) در وزن تولد و برای گروه 5 (499/0-43/0MAF=) در وزن شیرگیری مقدار صفر به دست آمد. در رویکرد Bayes برای هیچ‌کدام از گروه‌ها، مقدار وراثت‌پذیری برابر صفر نبود. در مجموع واریانس‌های ژنتیکی پنج گروه مختلف MAF، که در آنالیز جداگانه نسبت به واریانس محاسبه شده به وسیله همه SNPها به صورت همزمان، بسیار بزرگتر بود. اما مجموع این واریانس‌ها در آنالیز توأم، مشابه مقدار به دست آمده از کل SNPها، برای هر دو صفت و در هر دو رویکرد بود. نتیجه‌گیری: در رویکرد بیزی یک توزیع پیشین مشترک برای واریانس‌ها در نظر گرفته می‌شود، بنابراین به نظر می‌رسد نتایج حاصل از رویکرد بیزی دقیق‌تر و معتبرتر از رویکرد‌ دیگر باشد. اگر چه تعداد SNPها در گروه‌های مختلف، مشابه بود، اما مقدار واریانس ژنتیکی توجیه شده توسط گروه‌های مختلف MAF متفاوت بود.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مقایسه رویکرد حداکثر درست نمایی محدود شده با بیزی در برآورد اجزای واریانس ژنومی صفات پشم گوسفند مرینوس

برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیرژنتیکی با اطلاعات شجره‌ای و ژنومی، از ملزومات پیش‌بینی صحیح ارزش‌های اصلاحی می‌باشد. از آنجایی که تراشه‌های چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی (SNP) کل ژنوم را پوشش می‌دهند، نشانگرها تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان مرینوس استرالیایی استفاده شد. صفات طول و قطر تار پشم مو...

full text

The Study of Stressful Factors in Clinical Education for Nursing Students Studying in Nursing and Midwifery College in Khorramabad

کچ هدي پ شي مز هني فده و : شزومآ لاب يني شخب ساسا ي شزومآ مهم و راتسرپ ي تسا . و هنوگ ره دوج لکشم ي شزومآ رد لاب يني ، آراک يي هدزاب و ا ني شزومآ زا شخب راچد ار لکشم م ي دنک . فده اب رضاح شهوژپ سررب ي لماوع سرتسا از ي شزومآ لاب يني رد وجشناد ناي راتسرپ ي هدکشناد راتسرپ ي و يامام ي ماـجنا داـبآ مرـخ تسا هتفرگ . شور و داوم راک : رضاح هعلاطم کي هعلاطم صوت يفي عطقم ي تسا . د...

full text

بررسی تأثیر فراوانی‌های مختلف آللی بر اجزای واریانس ژنومی وزن بدن گوسفند سافوک با استفاده از داده‌های چند شکلی تک نوکلئوتیدی

نشانگرهای تک‌نوکلئوتیدی تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان سافوک استرالیایی که با تراشه نشانگری 50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، به منظور برآورد اجزای واریانس ژنومی، استفاده شد. صفات مورد بررسی وزن تولد و وزن شیرگیری بودند. کنترل کیفیت برای فراوانی آللی کمیاب (MAF) در دو آستانه یک و پنج ...

full text

The effect of cyclosporine on asymmetric antibodies and serum transforming growth factor beta1 in abortion-prone model of mice CBA/J x DBA/2

كچ ي هد فده و هقباس : ي ک ي طقس زورب للع زا اه ي ،ررکم ا لماوع تلاخد ي ژولونوم ي ک ا رد ي ن قم طققس عون ي وراد دقشاب ي س ي روپسولک ي ،ن ح لدم رد طقس شهاک بجوم ي ناو ي CBA/j×DBA/2 م ي تنآ ددرگ ي داب ي اه ي ان و راققتم TGF-β لماوع زا عت مهم يي ن گلماح تشونرس هدننک ي سررب روظنم هب رضاح هعلاطم تسا ي ات ث ي ر اس ي روپسولک ي ن م رب ي از ا ي ن تنآ عون ي داب ي س و اه ي اکوت ي ن TGF...

full text

برآورد اجزاء (کو)واریانس و پارامتر‌های ژنتیکی صفات وزن بدن در گوسفندان زندی با استفاده از روش آماری بیزی

در این مطالعه، اجزای (کو)واریانس و پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی صفات رشد، در گوسفندان زندی، برآورد شدند. داده‌های مورد استفاده در این پژوهش، مربوط به صفات وزن‌های تولد (7684 رکورد)، شیرگیری (6131 رکورد)، شش‌ماهگی (3414 رکورد)، نه‌ماهگی (2698 رکورد) و یکسالگی (1680 رکورد) بودند که طی سال‌های 1370 تا 1390، توسط ایستگاه نخجیر جمع‌آوری شدند. اجزای (کو)واریانس و فراسنجه‌های ژنتیکی، به­دلیل دقت بالای ...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 5  issue 2

pages  29- 44

publication date 2017-06-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023