ایجاد درخت ژنی با استفاده از واگرایی کولبک-لیبلر روی ژنهای موثر بر تولید شیر در گاو شیری
Authors
Abstract:
نظریه اطلاعات، شاخهای از ریاضیات است که با مهندسی ارتباطات، زیستشناسی و پزشکی همپوشانی دارد. هدف از بررسی حاضر ارائه روشی جهت خوشهبندی تعدادی از ژنهای موثر روی تولید شیر در گاو شیری با استفاده از الگوریتمی متکی بر واگرایی کولبک - لیبلر بود. در این پژوهش بعد از استخراج توالی DNA ژن و اگزون‌های موثر بر تولید شیر در گاو شیری، فراسنجه آنتروپی در مراتب یک تا چهار برای هر ژن و اگزون‌های هر ژن محاسبه شد. جهت استخراج فاصله میان ژن‌ها از یکدیگر، از واگرایی کولبک - لیبلر در سه روش مختلف استفاده شد. روش‌های اول و دوم مبتنی بر همترازی ولی روش سوم غیر مبتنی بر همترازی و بر پایه آنتروپی نسبی ژن‌ها بود. نتایج هر سه روش واگرایی کولبک - لیبلر روی توالی DNA ژن‌ها و اگزون‌ها با استفاده از هفت روش معمولSingle ،Complete ،Average ،Weighted ، Centroid، Medianو KMeansخوشهبندی شدند. تجمیع نتایج هر خوشهبندی که با الگوریتم AdaBoost انجام شد، و خود نوعی درخت ژنی را تداعی کرد، نشان داد که روش سوم، خوشهبندی معقولی را از نظر زیستی برای مجموعه‌ای از ژن‌ها حاصل نمود چرا که با نتایج حاشیهنویسی ژنومی ژنهای حاصل ازGeneMANIA مطابقت داشت. این اعتقاد وجود دارد که روش ارائه شده برای ایجاد درخت ژنی می‌تواند با سایر روش‌های متکی بر توالی DNA ژن‌ها جهت خوشهبندی مجموعه‌ای از ژن‌ها، رقابت نماید و لذا می‌تواند در گروه‌بندی ژنهای سایر گو‌نه‌ها نیز بکار رود.
similar resources
امکان سنجی آنتروپی نسبی در خوشه بندی تعدادی از ژنهای موثر بر تولید شیر در گاو شیری
چکیده سابقه و هدف: جدا از اینکه شیر نقش مهمی در تغذیه انسان ایفا می‌نماید، افزایش تولید شیر و یا تغییر در میزان ترکیبات آن بیشترین توجه اصلاحگران گاو شیری را به خود اختصاص داده است به همین علت پژوهش و بررسی ژنهایی که روی تولید و ترکیب شیر نقش موثری دارند، بسیار با اهمیت است. نظریه اطلاعات، شاخهای از ریاضیات است که با مهندسی ارتباطات، زیست شناسی و پزشکی همپوشانی دارد. آنتروپی اندازه‌ای از عدم...
full textتجزیه وتحلیل ریسک کولبک-لیبلر
انتخاب مدل به منظور استنباط بیش بینی رفتار آینده جوامع تحت بررسی از اهمیت ویژه ای برخوردار است. هدف انتخاب مدل انتخاب مدل بهینه از میان مجموعه مدل های بیشنهادی است معمولا مدل مولد داده ها مجهول است و در صدد براورد یا تقریب این مدل هستیم در این بایان نامه دو ملاک اطلاع ناسازگار aicو kicبرای انتخاب مدل بررسی شده اند و دو ملاک اطلاع سازگار aicو kic برای انتخاب مدل به ترتیب به جای ملاک اطلاع aicوki...
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
full textMy Resources
Journal title
volume 6 issue 3
pages 11- 28
publication date 2017-11-22
By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023