انتخاب ژن و طبقه بندی سلول های سرطانی بر پایه داده های ریزآرایه با استفاده از الگوریتم ترکیبی BPSO و BLDA

Authors

  • حمیدرضا صابرکاری - کارشناس ارشد مهندسی برق، دانشکده مهندسی برق-دانشگاه صنعتی سهند-تبریز-ایران
  • علی مومن نژاد - کارشناس ارشد مهندسی برق، دانشکده مهندسی برق-دانشگاه صنعتی سهند-تبریز-ایران
  • محمدحسین صداقی استاد گروه برق، دانشکده مهندسی برق-دانشگاه صنعتی سهند-تبریز-ایران
  • مهسا جروقی کارشناس ارشد مهندسی برق، دانشکده مهندسی برق-دانشگاه صنعتی سهند-تبریز-ایران
  • موسی شمسی دانشیار گروه برق، دانشکده مهندسی برق-دانشگاه صنعتی سهند-تبریز-ایران
Abstract:

داده های ریزآرایه در تشخیص و طبقه بندی انواع بافت های سرطانی نقش بسزایی دارند. در پژوهش های سرطان همیشه تعداد نسبتا کم نمونه ها در ریزآرایه باعث ایجاد مشکلاتی در طراحی طبقه بندها شده است. بنابراین داده های ریزآرایه قبل از طبقه بندی از طریق تکنیک های انتخاب ژن پیش پردازش و ژن های فاقد اطلاعات آن ها دور ریخته می شود. اساسا یک روش انتخاب ژن مناسب می تواند بطور موثر کارایی دسته بندی بیماری ها (سرطان) را بهبود بخشد. در این مقاله یک روش جدید بر پایه مدل ترکیبی ازدحام ذرات باینری (BPSO) و آنالیز تفکیک کننده خطی بیز (BLDA) جهت طبقه بندی داده های ریزآرایه با ابعاد بالا ارائه شده است. ابتدا موقعیت هر ذره بصورت بردار باینری و بصورت تصادفی نمایش داده می شود. بطوریکه هر بیت نشاندهنده یک ژن است. بیت صفر نشاندهنده این است که ویژگی (ژن) متناظر با آن انتخاب نشده و بیت یک نشاندهنده این است که ژن متناظر با آن انتخاب شده است. لذا موقعیت هر ذره بیانگر یک مجموعه ژن بوده و میزان تناسب هر ذره توسط الگوریتم طبقه بندی آنالیز تفکیک کننده خطی بیز جهت ارزیابی کیفیت مجموعه ژن انتخاب شده توسط آن ذره محاسبه می شود. الگوریتم پیشنهادی بر روی چهار مجموعه از پایگاه داده سرطان اعمال و نتایج آن با سایر روش های موجود مقایسه شده است. نتایج پیاده سازی نشان می دهد که الگوریتم پیشنهادی از دقت و اعتبار بالایی در مقایسه با سایر روش های موجود برخوردار بوده و قادر است یک مجموعه کوچک از ژن های حاوی اطلاعات را به گونه ای انتخاب کند که دقت طبقه بندی افزایش یابد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

طبقه بندی تراکم توده های جنگلی با استفاده از تصویر ماهوارۀ IRS و الگوریتم ناپارامتریک kNN

برآوردهای کمّی و دقیق از مشخصه‌های توده‌های جنگلی لازمه مدیریت صحیح آنها است. تصاویر سنجش از دور با توجه به اطلاعات مکانی دقیق و وسیع، همواره ابزاری مقرون به صرفه در مدیریت جنگل است و یکی از متداول‌ترین کاربردهای تصاویر در علم جنگلداری، طبقه‌بندی مشخصه‌های توده‌های جنگلی و تهیۀ نقشه‌های موضوعی آنها است. هدف این پژوهش بهینه‌سازی طبقه‌بندی تراکم (تعداد درختان در هکتار) در توده‌های جنگلی با استفاده...

full text

تشخیص لوسمی لنفوسیتی و میلوئیدی حاد با استفاده از انتخاب ژن داده های ریز آرایه و الگوریتم های داده کاوی

چکیده سابقه و هدف تکنولوژی ریزآرایه، یک تصویر کلی از میزان بیان هزاران ژن به طور هم زمان ارایه می دهد. تفسیر داده های ریز آرایه بدون آنالیز آماری و روش های هوش مصنوعی ممکن نیست. هدف این مقاله، تشخیص انواع لوسمی حاد با استفاده از مجموعه داده های ریز آرایه و الگوریتم های داده کاوی بود. مواد و روش ها در این مطالعه توصیفی از داده های بیان 7129 ژن مربوط به 72 بیمار مبتلا به لوسمی استفاده شد. سپس با ...

full text

The Study of Stressful Factors in Clinical Education for Nursing Students Studying in Nursing and Midwifery College in Khorramabad

کچ هدي پ شي مز هني فده و : شزومآ لاب يني شخب ساسا ي شزومآ مهم و راتسرپ ي تسا . و هنوگ ره دوج لکشم ي شزومآ رد لاب يني ، آراک يي هدزاب و ا ني شزومآ زا شخب راچد ار لکشم م ي دنک . فده اب رضاح شهوژپ سررب ي لماوع سرتسا از ي شزومآ لاب يني رد وجشناد ناي راتسرپ ي هدکشناد راتسرپ ي و يامام ي ماـجنا داـبآ مرـخ تسا هتفرگ . شور و داوم راک : رضاح هعلاطم کي هعلاطم صوت يفي عطقم ي تسا . د...

full text

طبقه بندی سرطان براساس فناوری ریزآرایه با استفاده از انتخاب ژن

یکی از شاخه های مهم بیوانفورماتیک فن آوری ریزآرایه dna است که امکان بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان، ممکن می سازد. داده های خام ریزآرایه، تصاویری هستند که باید به ماتریس-های بیان ژن تبدیل شوند. ماتریس هایی که ردیفشان بیانگر ژن ها و ستون هایشان بیانگر نمونه های متعدد مانند بافت ها یا آزمایش ها و اعداد سلول ها سطح بیان ژن را در یک ژن و یک نمونه ی خاص بیان می کنند. یکی از محدودیت ها...

15 صفحه اول

The effect of cyclosporine on asymmetric antibodies and serum transforming growth factor beta1 in abortion-prone model of mice CBA/J x DBA/2

كچ ي هد فده و هقباس : ي ک ي طقس زورب للع زا اه ي ،ررکم ا لماوع تلاخد ي ژولونوم ي ک ا رد ي ن قم طققس عون ي وراد دقشاب ي س ي روپسولک ي ،ن ح لدم رد طقس شهاک بجوم ي ناو ي CBA/j×DBA/2 م ي تنآ ددرگ ي داب ي اه ي ان و راققتم TGF-β لماوع زا عت مهم يي ن گلماح تشونرس هدننک ي سررب روظنم هب رضاح هعلاطم تسا ي ات ث ي ر اس ي روپسولک ي ن م رب ي از ا ي ن تنآ عون ي داب ي س و اه ي اکوت ي ن TGF...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 5  issue 2

pages  29- 46

publication date 2014-06-22

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023