آنالیز اینتگرون‌ها و کاست‌های ژنی مربوطه در ایزوله‌های بالینی اشریشیاکلی

Authors

  • حقی, فخری
  • معصومیان, ندا
Abstract:

Background and Objective: Horizontal transfer of integrons is the most successful transfer of antimicrobial resistance genes and the emergence of multi-drug resistance strains. The aim of the present study was to investigate the prevalence of class I and II integrons and their gene cassette assortments and antibiotic resistance profile in Escherichia coli strains isolated from diarrheal and urine specimens. Materials and Methods: In this cross-sectional study 200 E. coli isolates were collected from the clinical urine and stool specimens. After identification of isolates by biochemical tests, the antibiotic susceptibility test (disk diffusion method) was done according to CLSI advice against 13 antibiotics. DNA extraction was performed and class 1 and 2 integrons and associated gene cassettes were determined using PCR method. Results: The highest resistance was found against erythromycin (96.5%) and %98.5 of isolates were susceptible to imipenem. Out of 200 isolates, class 1 integron was detected in 181 (90.5%) isolates and 78.5% of these isolates were positive for the gene cassettes. Also, class 2 integron was detected in 15 (7.5%) isolates and 2% of them were positive for the gene cassettes. Dihydrofolate reductase (dfrA) and aminoglycoside adenyl transferase (aad) gene cassettes were found most frequently in intI1 positive isolates. Conclusion: These results indicate that class 1 integrons are widespread among E. coli isolates. Therefore, appropriate surveillance and control measures are essential to prevent further spread of integron producing isolates. References 1- Goossensa H, Grabeind B. Prevalence and antimicrobial susceptibility data for extended- spectrum β- lactamas and AmpC- producing Enterobacteriaceaefrom the MYSTIC program in Europe and United States (1997- 2004). Diag Microbiol Infect Dis. 2005 53: 257-64. 2- Foxman B. Epidemiology of urinary tract infections: incidence, morbidity and economic costs. Dis Mon. 2003 49: 53-70. 3- Turner PJ. Extended-spectrum β-lactamases. Clin Infect Dis. 2005 41: 273-5. 4- Gillings MR. Integrons: past, present and future. Microbio Mol Biol Rev. 2014 78: 257-77. 5- Collis CM, Hall RM. Site-specific deletion and rearrangement of integron insert genes catalyzed by the integron DNA integrase. J Bacteriol. 1992 174: 1574-85. 6- Ravi A, Avershina E, Ludvigsen J, L’Abe e-Lund TM, Rudi K. Integrons in the intestinal microbiota as reservoirs for transmission of antibiotic resistance genes. Pathogens. 2014 3: 238-48. 7- Clinical and Laboratory Standards Institute. 2013. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing 23th informational supplement (M100-S23) Vol. 31 No. 1. CLSI, Wayne, PA. 8- Mndelson G, Hait V, Ben-Israel J, Gronich D, Granot E, Raz R. Prevalence and risk factors of extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in an Israeli long-term care facility. Eur J Clin Microbial infect Dis. 2005 24: 17-22. 9- Chen B, Zheng W, Yu Y, et al. Class 1 integrons, selected virulence genes, and antibiotic resistance in Escherichia coli isolates from the Minjiang river, Fujian province, China. Appl Environ Microbiol. 2011 77: 148-55. 10- Eftekhar F, Rastegar M, Golalipoor M, Mansour N. Detection of extended spectrum β-lactamases in urinary isolates of Klebsiella pneumoniae in relation to blaSHV, blaTEM and blaCTX-M gene carriage. Iran J Public Health. 2012 41: 127-132. 11- David L, Bonomo P, Bonomo R. Extended spectrum lactamases: a Clinical Update. Clinic Microb Rev. 2005 18: 657-686. 12- GhaznaviRad E, Ranjbaran M, et al. Molecular investigation of integrons in Escherichia Coli and Klebsiella Pneumoniae isolated from urinary tract Infections. J Mazand Univ Med Sci. 2013 23: 20-7. 13- Al-Charrakh H, Yousif Y, Al-Janabi S. Occurrence and detection of extended-spectrum β-lactamases in Klebsiella isolates in Hilla, Iraq. Afr J Biotechnol. 2011 10: 657-65. 14- Eslami G, Seyedjavadi S, Goudarzi H, Fallah F, Goudarzi M. Distribution of integrons among multidrug resistant E. coli and Klebsiella strains. Pejouhesh. 2010 34: 61-5. 15- Rijavec M, Starcic EM, Ambrozic AJ, et al. Prevalence of multidrug resistance and ran dom distribution of mobile genetic elements among uropathogenic Escherichia coli (UPEC) of the four major phylogenetic groups. Curr Microbiol. 2006 53: 158-62. 16- Rezaee MA, Langarizadeh N, Aghazadeh M. First report of class 1 and class 2 integrons in multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae isolates from northwest Iran. Jpn J Infect Dis. 2012 65: 256-9. 17- Ibrahim N, Wajidi MF, Yusof MY. The integron prevalence of extended spectrum beta lactamase producing enterobacterial isolates in a Malaysian teaching hospital. J Trop Med. 2011 28: 668-71. 18- Yan H, Li L, Zong M. Occurrenece and characteristic of class I and class II integrons in clinical bacterial isolates from patientsin south China. J Health Sci. 2010 54: 442-50. 19- Bhattacharjee A, Sen M, Prakash P, Gaur A, Anupurba S, Nath G. Observation on integron carriage among clinical isolates of Klebsiella pneumoniae producing extended-spectrum β-lactamases. Indian J Med Microbiol. 2010 28: 207-10. 20- Brolund A, Sundqvist M, Kahlmeter G, Grape M. Molecular characterisation of trimethoprim resistance in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae during a two year intervention on trimethoprim use. PLoS One. 2010 5: e9233.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

آنالیز اینتگرون ها و کاست های ژنی مربوطه در ایزوله های بالینی اشریشیاکلی

زمینه و هدف: انتقال افـقی اینتـگـرون ها موفق ترین راه انتشـار ژن های مـقاومـت ضد میکروبی و پیدایش گونـه هایی با مقاومـت چندگانه می باشد. هدف از این مطالعه، بررسی فراوانی اینتگرون های کلاس 1 و 2 و کاست های ژنی مربوطه و تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی در ایزوله های بالینی اشریشیاکلی جدا شده از نمونه های ادراری و اسهالی می باشد. روش بررسی: در این مطالعه ی توصیفی مقطعی، 200 ایزوله ی اشریشیاکلی از ن...

full text

بررسی بیان افتراقی پروتئین های محافظ در گیاه آرابیدوپسیس تحت تنش شوری با روش iTRAQ-2DLC-MS/MS و آنالیز شبکه ژنی مربوطه

شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالی‌های مربوطه استفاده شد. با توجه به نتا...

full text

بررسی بیان افتراقی پروتئین های محافظ در گیاه آرابیدوپسیس تحت تنش شوری با روش iTRAQ-2DLC-MS/MS و آنالیز شبکه ژنی مربوطه

شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای iTRAQ جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالی‌های مربوطه استفاده شد. با توجه به نتا...

full text

Degenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers

In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...

full text

بررسی بیان افتراقی پروتئین های محافظ در گیاه آرابیدوپسیس تحت تنش شوری با روش itraq-۲dlc-ms/ms و آنالیز شبکه ژنی مربوطه

شناسایی و کمیتسنجی پروتئینها و ژنهای بیان شده در شرایط تنش شوری میتواند منجر به درک هرچه بهتر مکانیسمهای پاسخی شود. بدین منظور در این تحقیق از روش پروتئومیکس مقایسهای itraq جهت بررسی تغییرات پروتئینی در شرایط تنش شوری و کمیتسنجی آنها استفاده شد. سپس جهت بررسیهای بیشتر پیرامون عملکرد ژنهای شناسایی شده از اطلاعات بیان ژن و همبیانی در پایگاهداده و آنالیز توالی های مربوطه استفاده شد. با توجه به نتا...

full text

شبکه های بیان ژنی برای آنالیز داده ماکرواری DNA

بر خلاف دیدگاه تقلیل گرایانه بیولوژی کلاسیک ، رویکرد کل نگر در بیولوژی با انفجار در پیشرفت تکنیک هایی با تکنولوژی بالا و تولید حجم عظیم داده خود را نشان داده است . اکنون چالش بیولوژیست ها کشف روش های تحلیل این داده ها است تا بتوانند در رسیدن به درک سیستم پویای پیچیده حیات کمک کنند. در بین تکنولوژی های بسیار پیشرفته اخیر که بیشترعمومی هستند میکرواری DNA از مشهورترین آن ها است . میکرواری،سطوح بیا...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 23  issue 99

pages  74- 82

publication date 2015-06

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023