YASS: Similarity search in DNA sequences

We describe YASS – a new tool for finding local similarities in DNA sequences. The YASS algorithm first scans the sequence(s) and creates on the fly groups of seeds (small exact repeats obtained by hashing) according to statistically-founded criteria. Then it tries to extend those groups into similarity regions on the basis of a new extension criterion. The method can be seen as a compromise between single-seed (BLAST) and multiple-seed (FASTA, BLAT) approaches, and achieves a gain in both sensitivity and selectivity. The method is flexible and can be made more efficient by using spaced seeds, and in particular transitionconstrained spaced seeds. We provide examples of applying YASS to Saccharomyces Cerevisiae and Drosophila Melanogaster chromosomes. Key-words: YASS, local alignment, spaced seeds, transitions YASS: Recherche de similaritées dans les séquences d’ADN Résumé : Nous présentons YASS – un nouvel outil par la recherche locale de similaritées dans les séquences d’ADN. L’algorithme de YASS parcours la séquence dans un premier temps, et crée des groupes de graines (petites répétitions exactes obtenues par hachage) selon des critères reposant sur des propriétées statistiques. Dans un deuxième temps, il essaie d’étendre ces groupes en régions de similaritées selon un nouveau critère d’extension. La methode proposée peut être vue commme un compromis entre les stratégies à une seule graine (BLAST) et celles à multiples graines (FASTA, BLAT), elle atteind des gains à la fois sur la sensibilitée et la selectivité. La méthode reste flexible et peut être rendue encore plus efficace en utilisant des graines espacées, particulièrement en considérant des graines espacées contenant des elements spécifiques contraints aux transitions. Nous donnons des examples d’utilisation de YASS sur des chromosomes de Saccharomyces Cerevisiae et Drosophila Melanogaster. Mots-clés : YASS, alignement local, graines espacées, transitions YASS: Similarity search in DNA sequences 3