Use of Interaction Energies in QM/MM Free Energy Simulations

نویسندگان
چکیده

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

analyzing patterns of classroom interaction in efl classrooms in iran

با به کار گیری روش گفتما ن شنا سی در تحقیق حا ضر گفتا ر میا ن آموزگا را ن و زبا ن آموزا ن در کلا سهای زبا ن انگلیسی در ایرا ن مورد بررسی قرار گرفت. ا هداف تحقیق عبا رت بودند از: الف) شنا سا ئی سا ختارهای ارتبا ط گفتا ری میا ن معلمین و زبا ن آموزا ن ب) بررسی تا ثیر نقش جنسیت دبیرا ن و زبا ن آموزان بر سا ختا رهای ارتبا ط گفتا ری میا ن آنها پ) مشخص کردن اینکه آ یا آموزگاران غا لب بر این ارتبا ط گف...

Escorted free energy simulations.

We describe a strategy to improve the efficiency of free energy estimates by reducing dissipation in nonequilibrium Monte Carlo simulations. This strategy generalizes the targeted free energy perturbation approach [C. Jarzynski, Phys. Rev. E 65, 046122 (2002)] to nonequilibrium switching simulations, and involves generating artificial, "escorted" trajectories by coupling the evolution of the sy...

متن کامل

Coarse-grained vs. atomistic simulations: realistic interaction free energies for real proteins

Motivation: To assess if two proteins will interact under physiological conditions, information on the interaction free energy is needed. Statistical learning techniques and docking methods for predicting protein-protein interactions cannot quantitatively estimate binding free energies. Full atomistic molecular simulation methods do have this potential, but are completely unfeasible for large-s...

متن کامل

Coarse-grained versus atomistic simulations: realistic interaction free energies for real proteins

MOTIVATION To assess whether two proteins will interact under physiological conditions, information on the interaction free energy is needed. Statistical learning techniques and docking methods for predicting protein-protein interactions cannot quantitatively estimate binding free energies. Full atomistic molecular simulation methods do have this potential, but are completely unfeasible for lar...

متن کامل

Computing free energies of protein conformations from explicit solvent simulations.

We report a fully general technique addressing a long standing challenge of calculating conformational free energy differences between various states of a polymer chain from simulations using explicit solvent force fields. The main feature of our method is a special mapping variable, a path coordinate, which continuously connects two conformations. The path variable has been designed to preserv...

متن کامل

ذخیره در منابع من


  با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ژورنال

عنوان ژورنال: Journal of Chemical Theory and Computation

سال: 2019

ISSN: 1549-9618,1549-9626

DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00084