Exploring the Mechanism of Shikimate Kinase through Quantum Mechanical and Molecular Mechanical (QM/MM) Methods
نویسندگان
چکیده
The chemical step of Shikimate Kinase Helicobacter pylori, involving the transfer a phosphoryl group, has been studied by using quantum mechanical and molecular (QM/MM) methods. Understanding mechanism this step, present in bacteria other microorganisms but absent humans, can lead to development novel drugs for treatment common diseases caused those pathogenic organisms. Different mechanisms including associative, dissociative, concerted have proposed up now there is not consensus on type pathway that reaction follows. Herein, we found features from associative types. An analysis free energy landscape reveals two-step process without well-defined intermediate state.
منابع مشابه
determination of some physical and mechanical properties red bean
چکیده: در این تحقیق، برخی خواص فیزیکی و مکانیکی لوبیا قرمز به-صورت تابعی از محتوی رطوبت بررسی شد. نتایج نشان داد که رطوبت بر خواص فیزیکی لوبیا قرمز شامل طول، عرض، ضخامت، قطر متوسط هندسی، قطر متوسط حسابی، سطح تصویر شده، حجم، چگالی توده، تخلخل، وزن هزار دانه و زاویه ی استقرار استاتیکی در سطح احتمال 1 درصد اثر معنی داری دارد. به طوری که با افزایش رطوبت از 54/7 به 12 درصد بر پایه خشک طول، عرض، ضخام...
15 صفحه اولDevelopment and Application of Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Methods
ion reaction is a hydroxo intermediate and a radical. Therefore, the obtained TS geometry is reasonable. In this view, the H atom at the active site should be closer to O atom than to the C atom. Inspection of the spin density of the RS and TS shows that there Figure 3-8. Visualization of spin densities in TS
متن کاملmodification of nanoclay for improving the physico-mechanical properties of dental adhesives
هدف اصلی این مطالعه تهیه یک سامانه نوین چسب عاجی دندانی بر پایه نانورس پیوند شده با پلی متاکریلیک اسید، نانورس پیوند شده با پلی اکریلیک اسید، مخلوط نانوسیلیکا و نانورس پیوند شده با پلی متاکریلیک اسید، مخلوط نانوسیلیکا و نانورس پیوند شده با پلی اکریلیک اسید و نانورس پیوند شده با کیتوسان اصلاح شده با گلایسیدیل متاکریلات است. پیوند پلی متاکریلیک اسید و پلی اکریلیک اسید بر ری سطح نانورس در حضور و ...
Development of effective quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods for complex biological processes.
Motivated by the long-term goal of understanding vectorial biological processes such as proton transport (PT) in biomolecular ion pumps, a number of developments were made to establish combined quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods suitable for studying chemical reactions involving significant charge separation in the condensed phase. These developments were summarized and dis...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Biophysica
سال: 2021
ISSN: ['2673-4125']
DOI: https://doi.org/10.3390/biophysica1030025