Carbamylation des protéines

Des spectres MS/MS à l'identification des protéines - Interprétation des données issues de l'analyse d'un mélange de protéines d'un organisme non séquencé

Mass spectrometry is a general method used in proteomics to identify unknown proteins in a sample. The mass spectrometer measures the masses of several protein’s fragments and provide spectra. A spectrum is a series of peaks that indicate the presence of those fragments. By studying these spectra, we aim at retrieving the analyzed protein in a reference databank. In this thesis, we propose a ne...

Simuler la Dynamique des Protéines: Simulation Protein Dynamics

L’étude de la dynamique des protéines a connu un essor considérable depuis une dizaine d’années, avec la disponibilité accrue des super-ordinateurs parallèles. Mais l’augmentation des ressources informatiques n’est pas suffisante et il faut développer de nouvelles approches numériques qui permettent d’échantillonner plus efficacement l’espace des configurations. Dans cette présentation, je disc...

Etude comparée des performances de SVM multi-classes en prédiction de la structure secondaire des protéines

Résumé. Les SVM bi-classes, introduites en bioinformatique à la fin des années 90, font aujourd’hui référence pour de nombreux problèmes de traitement de séquences biologiques. Les SVM multi-classes, de conception plus récente, sont progressivement appliquées à ces problèmes, singulièrement en biologie structurale prédictive. Dans cet article, nous proposons une étude comparée des performances ...

BicMIN : Développement et validation d'une nouvelle méthode de classification croisée des séquences de protéines

Résumé. Les biologistes proposent des classifications de protéines, la classification non supervisée de séquences de protéines en groupes fonctionnels appelés aussi familles permettent de valider ces classifications. Ce problème est très important en bioinformatique, particulièrement depuis l'avènement des méthodes à grande échelle qui produisent une énorme quantité de séquences à analyser. Nou...

Extraction et fractionnement des lipides sur les protéines sériques préalablement précipitées