رسال? حاضر با استفاده از چارچوب نظری ساختار ـ محیط و کارکردگرایی و در پاسخ به این پرسش که آسیب ها و چالشهای جنبشهای اسلامی افغانستان از 1357 تا 1380 چه بودند تدوین گردیده و به نتایج و استنباطهای دست یافته است مبنی بر اینکه آسیب ها و چالشهای جنبشهای اسلامی دارای ریشه های تاریخی و به سبب تأثیرپذیری ساختارهای داخلی از محیطهای بیرونی بویژه از سه محیط شرق (پاکستان و هندوستان) شمال (آسیای مرکزی) و غرب (ایران) بوده است و در دور? اشغال افغانستان بوسیل? شوروی و برپایی دولت کمونیستی مورد حمایت آن و همینطور در ظهور و پیدایش جنبشهای اسلامی مورد حمایت جمهوری اسلامی و پاکستان و دولتهای غربی و عربی همسو با آن به روشنی و ووضح بازتاب آن تأثیرپذیری را مشاهده می کنیم. علاوه بر آنچه بیان شد لازم به ذکر است که جنبشهای اسلامی از سه طیف عمد? اسلام گرایان، بینادگرایان و سلطنت طلبان تشکیل شده بودند و این طبقه بندی جنبشهای اسلامی نیز از ساختارهای داخلی و محیط های خارجی متأثر بودند و همین تأثیرپذیری از ساختارهای داخلی و محیط های بیرونی زمینه های تعدد، تکثر، وابستگی و تضاد منافع آنها را فراهم کرده و آنها را در ابعاد مختلف سیاسی، اقتصادی، تسلیحاتی ـ نظامی، فرهنگی و اجتماعی دچار آسیب کرده و از همان ابتدای مبارزه آنها را با چالشهای عمده مواجه ساخته بودند اما به دلیل وجود دشمن مشترک (شوروی) چالشها و آسیب ها امکان و مجال بروز پیدا نمی کرد و لی همزمان با خروج نیروهای شوروی بویژه با سقوط دولت کمونیستی در سال 1371 و برطرف شدن تهدید مذکور چالشهای نهفته در پیکر? جنبشهای اسلامی بر اثر عدم تجربه سیاسی سران جنبشها و پررنگ شدن منافع قومی، نژادی و کم رنگ شدن محوریت دین و مسایل مذهبی و تحریک حامیان خارجی برای دستیابی به منافع سیاسی بویژه ایجاد دولت همسو با خود به یکباره خود را نشان داده و جنبشهای اسلامی را از دستیابی به اهدافشان یعنی ایجاد حکومت اسلامی مورد قبول هم? ملت افغانستان بازداشته و زمینه های اشغال افغانستان بوسیله غربیها بویژه آمریکا را فراهم ساخت.