توده گرانیتوئیدی ظفرقند در 40 کیلومتری جنوب شرقی اردستان قرار دارد. این توده دارای طیف ترکیبی متنوعی متشکل از گابرو، گابرودیوریت، دیوریت، کوارتزدیوریت، گرانودیوریت و آلکالی فلدسپارگرانیت است. سنگ های میزبان آن را سنگ های آتشفشانی و آتشفشانی- رسوبی ائوسن تشکیل می دهند. سنگ های میزبان توده، توسط تعداد زیادی دایک آندزیتی با روند غالب شمال غربی- جنوب شرقی قطع شده اند. برخی از این دایک ها، توسط تودهگرانیتوئیدی ظفرقند قطع شده اند. این دایک ها به عنوان دایک های نسل اول در نظر گرفته شده اند. به علاوه، برخی دایک های آندزیتی، توده گرانیتوئیدی را قطع می کنند و به عنوان دایک های نسل دوم در نظر گرفته شده اند. براساس شواهد صحرایی، توده ظفرقند در طی یک سازوکار دو مرحله ای جایگزین شده است، که عبارتست از: 1- جایگزینی توده گابرویی تا کوارتزدیوریتی و 2- جایگزینی توده گرانودیوریتی تا آلکالی فلدسپارگرانیتی. حضور گسترده آنکلاوهای میکروگرانولار مافیک، دایک های گسیخته و متاسوماتیسم در مرز بین این دو گروه سنگی (به ویژه در منطقه برگهر) این تقسیم بندی را تأیید می کند. اندازه گیری حساسیت مغناطیسی نمونه ها نشان می دهد که مقادیر میانگین حساسیت مغناطیسی (برحسب µsi) بدین قرار می باشد: گابروها (38120)، دیوریت ها (26558)، گرانودیوریت ها (16922)، گرانیت ها و آلکالی فلدسپار گرانیت ها (9885). بدین ترتیب گابروها دارای بیشترین حساسیت مغناطیسی و گرانیت ها دارای کمترین حساسیت مغناطیسی می باشند. مقادیر بالای حساسیت مغناطیسی بیانگر آن است که این توده گرانیتوئیدی، در زمره گرانیتوئیدهای فرومغناطیس واقع می شود. این نوع گرانیتوئیدها، تقریباً معادل گرانیتوئیدهای نوع i می باشند. همچنین بر اساس نمودارهای ترمومگنتیت، عامل اصلی بروز رفتار مغناطیسی در نمونه های توده ظفرقند، مگنتیت است. بررسی مقادیر شیب خطوارگی های مغناطیسی نشان می دهد که در راستای شمال غرب- جنوب شرق که تقریباً با بخش مرکزی توده گرانیتوئیدی ظفرقند منطبق است، خطوارگی ها و برگوارگی های مغناطیسی دارای شیب زیادی هستند. ترکیب سنگ شناسی این مناطق (گابرو تا کوارتزدیوریت) و شواهد گسترده اختلاط ماگمایی در حاشیه های این مناطق، موید این موضوع است. در حاشیه غربی و شمال غربی توده گرانیتوئیدی ظفرقند، شیب خطوارگی های مغناطیسی بسیار کم است. این ویژگی همراه با شیب کم برگوارگی های مغناطیسی بیانگر آن است که این بخش از توده گرانیتوئیدی به شکل سیل جایگزین شده است. حضور آنکلاوهای میکروگرانولار مافیک بزرگ و تقریباً افقی در گرانودیوریت ها و سطح تماس تقریباً افقی سنگ های گرانودیوریتی با سنگ های آتشفشانی و آتشفشانی- رسوبی میزبان این امر را تأیید می کند. با توجّه به اصول فابریک مغناطیس، توده گرانیتوئیدی ظفرقند به 5 قلمرو (قلمروهای 1a، 1b، 2، 3، 4 و 5) تقسیم بندی شد. قلمروهای 1a، 1b، 3 و 5 دارای ترکیب گرانودیوریتی-گرانیتی می-باشند و رفتار مغناطیسی آن ها نشان می دهد که به صورت سیل جایگزین شده اند. در حالی که قلمروهای 2 و 4 به صورت مناطق تغذیه کننده عمل نموده اند. تجزیه و تحلیل نهایی داده ها نشان می دهد که توده گرانیتوئیدی ظفرقند طی دو مرحله اصلی جایگزین شده است. ابتدا سنگ های مافیک- حدواسط با ترکیب گابرو تا کوارتزدیوریت در امتداد یک زون شمال غربی- جنوب شرقی جایگزین شده اند. سپس در مرحله بعد، ماگماهای تفریق یافته در اتاق ماگمایی عمدتاً از بخش های حاشیه ای سنگ های مافیک- حدواسط به ترازهای بالاتر راه یافته و به شکل سیل گرانودیوریتی- گرانیتی جایگزین شده اند. شواهد ساختاری موجود نشان می دهد که گسل قم- زفره و شاخه های فرعی آن در جایگزینی توده های نفوذی منطقه اردستان تا کاشان سهم بسزایی داشته و توده گرانیتوئیدی ظفرقند در راستای کلی گسل ماربین- رنگان جایگزین شده است